על הצוללות אומרת הוועדה, כי הדרג המדיני והמל"ל ניסו שוב ושוב לקדם את רכישתן, אך יוזמות אלו לא עלו בקנה אחד עם הצרכים המבצעיים שקבעה הממשלה ועם עבודות שנעשו בנושא. חלק מהיוזמות קודמו ללא דיון וללא תשתית, וחלקן - על יסוד נתונים מוטעים. מאחר שמדובר בכלי הנשק היקר ביותר שבידי צה"ל, ההחלטה לרכוש צוללות משמעותה אי-רכישת מערכות אחרות. החלטות אלו התעלמו מהפגיעה במוכנות לאתגרים ביטחוניים בטווח הקצר והארוך, למרות שצה"ל הציג אותה בזמן אמת. הלהיטות של הדרג המדיני ומל"ל לקדם את רכש הצוללות גרמה נזק כלכלי במיליארדי שקלים. על ספינות המגן אומרת הוועדה, כי מערכת הביטחון לא אישרה בעשור הראשון של המאה את בקשת חיל-הים לרכוש אותן, בשל מחירן הגבוה. לאחר גילוי מאגרי הגז הים התיכון התעורר צורך להגן עליהם, ביקשו חיל-הים ומערכת הביטחון לרכוש ספינות שטח; הן הוצגו כמיועדות להגן על אסדות הגז, במטרה שהרכש לא ייעשה מתקציב מערכת הביטחון. לאחר שהממשלה אישרה את רכישתן, פעל חיל-הים לשנות את ייעודן - מה שהוביל לעיכובים והתייקרויות. בנוגע לספינות נגד צוללות (עוד שתי ספינות "סער 6" במאות מיליוני שקלים) אומרת הוועדה, כי נתניהו העלה את הנושא בפני מרקל למרות שמערכת הביטחון לא ביקשה זאת ואפילו לא ידעה על כך; היוזמה הייתה של המל"ל. רק כאשר התחלף ראש המל"ל, נודע הדבר לצה"ל ומשרד הביטחון, אשר הבהירו שאין בהן צורך והמהלך נבלם. על הפרטת המספנה אומרת הוועדה, כי המל"ל הוביל את המהלך בלא בקשה של מערכת הביטחון ובלא בחינה סדורה של הנושא. המהלך נבלם לאחר פרסומו. לגבי מכירת הצוללות למדינה זרה אומרת הוועדה, כי גרמניה הביאה בחשבון את עמדת ישראל בנושא זה. תוך כדי הרכש הישראלי, חל שינוי בעמדתה של ירושלים בנושא, אך למרות שהיה צורך בהתנהלות זהירה והרמונית המבוססת על ניתוח מעמיק - הדרג המדיני והמל"ל הובילו אותו באופן לא מסודר ולא מאורגן, בערוצים סותרים וללא בקרה. התנהלות זו, לצד הסתרת מידע מגורמים רלוונטיים, יצרה סיכון לביטחון המדינה ופגעה ביחסי החוץ שלה.

באזהרה לבנימין נתניהו נאמר כי הוא עלול להיפגע אם הוועדה תגיע למסקנה שבשנים 2016-2009 הוא קיבל החלטות בעלות השלכות משמעותיות לביטחון המדינה ולבניין הכוח של צה"ל, ללא תהליך סדור של קבלת החלטות; הגיע לסיכומים עם גרמניה בשורה של נושאים מדיניים, ביטחוניים וכלכליים ללא תיעוד מסודר ותוך עקיפת הממשלה; הפך את המל"ל לגוף ביצוע שלו, אשר פעל במקביל ובסתירה למשרד הביטחון בתחומי האחריות והמומחיות של משרד הזה. הוועדה מייחסת לכאורה לנתניהו אחריות אישית להחלטה פגומה על רכש צוללת שישית, ניסה להגדיל את צי הצוללות בלא עבודת מטה ובסטייה קיצונית מהחלטות הממשלה, שיבש את ההליך המקצועי של החלפת הצוללות הישנות, קיבל את ההחלטה בנוגע למכירת הצוללות [למצרים] ללא בחינה סדורה ותוך הדרת גורמים ביטחוניים רלוונטיים, לא תיעד פגישות בנושא זה ובכך שלל את היכולת לעקוב אחרי החלטות בעלות משמעות אסטרטגית לביטחון המדינה, טיפל בנושא בערוצים מקבילים ובכך גרם סיכון לביטחון המדינה ופגע ביחסי החוץ שלה. הוועדה מסכמת: התנהלותו של נתניהו "הובילה לשיבוש עמוק ושיטתי בתהליכי עבודה ובניין הכוח ולפגיעה במנגנוני קבלת החלטות בשורה של סוגיות רגישות. בכך סיכן את ביטחון המדינה ופגע ביחסי החוץ של מדינת ישראל". באזהרה למשה יעלון נאמר כי הוא עלול להיפגע ממסקנות הוועדה לגבי תפקידו כשר לעניינים אסטרטגיים (2013-2009) וכשר הביטחון (2016-2013) בכך שהצהיר בבג"ץ שהצוללת השישית נרכשה שלא לצורך למרות שתמך בעסקה זו, הציג מצג שווא לבג"ץ לפיו גורמים אחרים ולא הוא הובילו לרכש היקר של ספינות ה"סער 6", היה מעורב עמוקות ברכש זה בניגוד להחלטת הממשלה וגרם לעיכוב ביצירת מערך ההגנה על שדות הגז, ופעל באופן נמהר ובלתי זהיר מול גורם זר לבירור האם ישראל שינתה את עמדתה לגבי מכירת הצוללות באופן גרם למבוכה מדינית, למרות שידע או צריך היה לדעת על השינוי. באזהרה ליוסי כהן נאמר כי הוא עלול להיפגע בנוגע לתפקידו כראש המל"ל וכיועץ לביטחון לאומי (2015-2013) אם ייקבע שהוא התנהל בחוסר מקצועיות, בחוסר זהירות ובחוסר שקיפות בנוגע לרכש ספינות ה"סער 6" (כולל פעולות בניגוד להחלטת הממשלה, הדרת מערכת הביטחון ומתן עדיפות לטיסנקרופ), רכש הצוללות (כולל קידום הגדלת הצי בסטייה קיצונית מעבודת הממשלה ובלא עבודת מטה, עיסוק בהחלפת הצוללות הישנות למרות שהנושא לא היה בסמכותו ותוך דחיקת מערכת הביטחון), קידם את רכישת הספינות נגד צוללות והפרטת המספנה למרות שהנושא לא היה בסמכותו ובניגוד לעמדת מערכת הביטחון, טיפל במכירת הצוללות ללא בחינה סדורה של השיקולים הרלוונטיים. גם לגבי כהן אומרת הוועדה, כי לכאורה הוא סיכן את ביטחון המדינה ופגע באינטרסים של ישראל בתחומי יחסי החוץ והכלכלה. באזהרה לרם רוטנברג נאמר כי הוא עלול להיפגע אם הוועדה תגיע למסקנה שהוא אפשר למל"ל לעצב ולהשפיע על חוות הדעת המקצועיות של חיל-הים, פעל עם הדרג המדיני והמל"ל לקדם רכש לחיל-הים תוך עקיפת המנגנונים הסדורים של צה"ל ומשרד הביטחון ומסר לוועדת החקירה מידע לא מדויק. מסקנות לכאורה אלו נוגעים לכל הנושאים, למעט רכש הצוללות, והוועדה סבורה שרוטנברג נהג בצורה החורגת מהנורמות המצופות מקצין בצה"ל, פגע בתהליכי העבודה ובניין הכוח ויצר אפשרות לפגיעה בביטחון, ביחסי החוץ ובאינטרסים כלכליים. באזהרה לאבנר שמחוני נאמר כי הוועדה עשויה לקבוע שהוא פעל עם חיל-הים לקידום הרכש תוך עקיפת הנהלים הסדורים, שיתף את מנהלו לשעבר במידע מסווג לגבי עסקות רכש תוך שהוא מודע לקשר בין האיש לבין טיסנקרופ ועוד. הוועדה מייחסת לשמחוני כשלים אלו בכל הנושאים שבדקה.