התנהלות הרשויות בפרשה זו עוררה בימים ההם - ומותירה עד היום - שאלות בלתי פתורות: מדוע נושא ההתנקשות לא טופל על-ידי הממשלה והכנסת ולא הוזכר כאחד מן הגורמים האפשריים לפטירתו של פנקס? מדוע נהגה המשטרה ברשלנות קיצונית וטיפלה בנאשמים ב"כפפות של משי"? כיצד שימש השופט זאב צלטנר, שופט אזרחי, כשופט פלילי במשפט זה, וזיכה באופן נחרץ את הנאשמים? ומדוע זיכו שופטי העליון את הנאשמים למרות שביקרו בחריפות את שופט בית המשפט המחוזי?
לפתרון תמיהות אלה ניתן להעלות שלוש השערות אפשריות:
ההשערה הראשונה היא כי החלטת השופטים התקבלה על-פי אמות מידה משפטיות טהורות, ואכן לא היו בידיהם די ראיות להרשעת הנאשמים. הרשלנות המשטרתית בפרשה הייתה מקרית ובלתי מכוונת, והשתיקה נבעה מן הנורמה המקובלת בתקופת ראשית המדינה, שאפיינה גם פרשות רבות אחרות כדוגמת היחס לניצולי השואה או לקשיי העולים החדשים.
ההסבר השני הוא כי פרשה זו הושתקה באופן מכוון והשלטון אכן התערב כדי שהנאשמים יזוכו במשפט, אך ההשתקה לא נבעה מתוך תמיכה במעשה אלא מתוך רצון לתת למשקעי העבר של יוצאי המחתרות לדעוך מבלי לעורר המולה ציבורית. הסבר זה מוכח על-פי מעורבותו של בן-גוריון בהקלת עונשם של חברי מחתרות "ברית הקנאים" ו"מלכות ישראל" באותן שנים.
על-פי ההסבר השלישי, השתיקה או ההשתקה המערכתית נבעה מתוך תמיכה מסוימת של המערכת במעשה ההתנקשות. ידוע שידה של מפא"י לא הייתה נקייה משימוש בטרור פוליטי בעבר. היו שטענו כי השימוש בטרור היה פסול בעיני ראשיה רק כשהכדורים נורו מכיוון אחד לעבר השני, ולא להיפך. ביטא זאת עורך
עיתון "חרות" באותם ימים:
- ...מבלי כל רצון להיכנס למהות הפצצה שהתפוצצה על סף ביתו של שר התחבורה... ברצוננו להזכיר לקוראינו הצעירים כמה עובדות. את לשון האקדוח והפצצות הכניס לרחוב היהודי השמאל היהודי... מפא"י וקודמיה כאן בארץ.
...עניין רצח ארלוזורוב עטוף בסודי סודות. עובדה היא שמפא"י עשתה הכול ובלבד שלא יתגלו הרוצחים האמיתיים... מי רצח את הבית"רי סגל מחיפה? ואחרון אחרון "אלטלנה"... אלה שזרקו את הפצצות בסף ביתו של השר הינם, ביודעים או בלא יודעים, תלמידי פוצעי לישנסקי, די-האן, ארלוזורוב, אלטלנה, ועוד ועוד...
מתחת לפני "הפוליטיקה של ההסדרה" נותרה התנגדות קשה של מנהיגי מפא"י, ואף של רבים מאנשי השלטון והמשפט, לדת ולמייצגיה הפוליטיים, וכן לשיטה שהם הגדירו כ"כפייה דתית". היטיב לבטא זאת הסאטיריקן אפרים קישון במעריב של אותם ימים:
- אתמול קראתי באחד העיתונים הלא-דתיים מאמר ראשי המגנה את הפצצה בהתרגשות רבה. הנה המאמר במלוא חומרתו: מעשה פשע בוצע בימים אלו בישראל... הפצצה שהוטלה בידי פרחחים... אחרי חצות הלילה לפני מפתן מעונו של שר התחבורה אמש מהווה סכנה לא רק לקיום הדמוקרטיה שלנו, אלא גם לקיומו של השר עצמו. יד מי הייתה במעשה מתועב זה? - שואל הציבור הרחב הסולד בחושו הבריא ממעשי חבלה נגד הגזרה על התחבורה, ותהא בלתי פופולרית כל אשר תהא, ויאמרו האנשים בבית ככל אשר יאמרו: "אני בעצם נורא מבסוט מהפצצה. לא יזיק להם. שיראו שתהיה מהפכה אם לא נוסעים בשבת".
כתיבתו הסאטירית של אפרים קישון ביטאה כנראה הלך רוח משמעותי שרחש בקרב הציבור בימים שלאחר ניסיון ההתנקשות: גינויים רשמיים של אופן המעשה, אך הזדהות עם המניעים לו, ואולי גם עם מה שביקשו המתנקשים להשיג. את הטור של עמוס קינן קראו ככל הנראה רבים מאוד, ואף הזדהו עמו במשהו. "הטור הזה נהפך לדבר הכי נקרא באותה תקופה בארץ", תיאר איש הספרות בני ציפר לאחר פטירתו של קינן. והמדובר לא רק בקוראים צעירים שקיבלו את פניו של קינן בבואו לבית המעצר בקריאות "עוזי, עוזי!".
קינן העיד בפני בית המשפט על כך שאפילו איש המשטרה שחקר אותו ידע מי הוא: "פראג התחיל לדבר איתי על הומור. ידע מי אני. שאלני פרטים על המדור שלי. עניתי לו". גם שופטי בית המשפט העליון הכירו, כך מסתבר, את קינן וכתיבתו, ובפסק הדין ציינו שמדובר ב"אדם אינטלקטואלי" העוסק בדברים "הנוגעים ברומו של עולמנו". אמירות אלה בכוחן לחשוף את היחס החיובי שלו זכו קינן ושותפו מצד כל שכבות הציבור, שאולי גם הטה את הכף בטיפול הרך בפרשה שהוביל לזיכוי הנאשמים.
פנקס, פוליטיקאי שלא קיבל את מקומו כ"דרג ב'" במדינה שהיה שותף לייסודה, הרגיז כנראה גם את ראשי מערכות השלטון. הם עצמם לא היו נוקטים נגדו במעשה אלימות, אך כשצעיר כמו עמוס קינן, סאטיריקן נערץ, עשה זאת – הם לא מיהרו לנקוט נגדו יד קשה, ואולי לא בכדי.