קיימות מספר שיטות לזיהוי ואיפיון נגיף הפפילומה ממשטח הנלקח מצוואר הרחם. האחת: טכנולוגיית ה-hybrid capture - משתמשת בסמני רנ"א לזיהוי מקטעי דנ"א ויראליים בדגימה. השניה: טכנולוגיות אמפליפיקציה (PCR) - משתמשות בפריימרים ספציפיים אשר גורמים לאמפליפיקציה של הדנ"א הנגיפי באמצעות תגובת PCR, ומאפשרות בדרך-כלל לזהות את הנגיף בסף גילוי נמוך יותר.
הבדיקות המסחריות הקיימות, מאפשרות לזהות את נוכחותם של אחד מ-14-13 זני פפילומה בעלי "סיכון גבוה". התשובה ניתנת בפורמט של "חיובי" או "שלילי".
בדיקת HPV genotyping משתמשת בשילוב טכנולוגיות על-מנת לאפשר זיהוי ואפיון של תת-זנים נגיפיים ספציפיים, ומאפשרת תשובה מדויקת יותר: "שלילי" או "חיובי לתת זנים X ,Y ו-Z.
במעבדה הוירולוגית של המרכז הרפואי תל אביב הוכנסה מערכת חדשה לבדיקת ואפיון HPV במשטחי צוואר (HPV genotyping). המערכת משתמשת בקיט ייחודי המאפשר זיהוי ואפיון של 21 זני HPV שונים בו-זמנית.
בעבודת מחקר ראשונית (pilot study) שנערכה במוסדנו, על אוכלוסיית נשים שהופנו למרפאות צוואר הרחם, נמצא כי כרבע מהזיהומים בנגיף פפילומה בעל "סיכון גבוה" היו בתתי זנים 39 ו-52, ששכיחותם המדווחת בספרות נמוכה הרבה יותר. פרופיל זה מעיד אולי על פיזור שונה של זני פפילומה באוכלוסיה הישראלית.
הבדיקה נעשית כשירות מעבדתי עבור גורמים חיצוניים המפנים חומר לבדיקה, או כחלק מבדיקת סקר של נשים בריאות הפונות למרפאה לבריאות צוואר הרחם.