הפרעות בתזמון השינה בחלקן ניתנות לתיקון, לעיתים באופן התנהגותי ולעיתים נדרשת תוספת טיפול תרופתי על-ידי מלטונין. החשיבות בנטילת המלטונין היא בהצמדות לשעת הלקיחה שהוסברה על-ידי הרופא המטפל. יש להבדיל היטב בין יום ללילה - לצאת מדי יום מן הבית ו"לפגוש באור השמש" ובעת השינה להקפיד על חשיכה.
הפרעות שינה נוספות שעניינן בהורמון המלטונין, הינן רמות נמוכות של ההורמון. הפרעה זו שכיחה בגילאים מבוגרים, וממנה נובעת הסברה השגויה שמבוגרים נדרשים למיעוט שעות שינה.
למעשה, מדובר בנדודי שינה בעקבות ניוון של הבלוטה במוח האחראית לייצור ההורמון ובעקבות זאת קושי של הגוף לייצר מלטונין בכמות מספקת על-מנת להשרות רמת שינה כמספקת כמותית. במקרים אלו, יתאים טיפול תרופתי המבוסס על מלטונין בשחרור מושהה ומותווה לטיפול באנשים מעל גיל 55. טיפול זה מחקה את הפרשת המלטונין הטבעית של הגוף ולאחר כחודש של טיפול, מביא את רמות המלטונין ואת השינה למצב תקין וטבעי. חשוב להבדיל טיפול זה מטיפול במלטונין רגיל המשמש להפרעות בתזמון השינה.
עוד יש להבדיל, בין הפרעות בתזמון השינה לנדודי שינה ראשוניים, הנובעים לעיתים מרמות חרדה גבוהות סביב נושא השינה, או מהתופעה הרווחת של הרגלי שינה וטרום שינה שאינם תקינים, בעגה המקצועית, בעיות בהיגיינת שינה.
טיפול בהיגיינת שינה הינו חלק מטיפול כללי בנדודי שינה ראשוניים המכונה טיפול התנהגותי-קוגנטיבי, שבא לספק מנגנוני התמודדות עם החרדה סביב השינה, להקנות הרגלי שינה נכונים ולזהות ולפתור את הטעויות הקוגנטיביות החשיבתיות המתעוררות בעקבות כך.