במשך תקופה ארוכה נחשבה ישיבת נחלים, אותה ישיבה שראשיתה במגרש ושתי דירות, לספינת הדגל של רשת ישיבות בני עקיבא. היא הייתה הגדולה שבהן, ובימי השיא מנתה כ-1,100 תלמידים. אך בתחילת המילניום נקלעה הישיבה למשבר כלכלי עמוק, שאיים על המשך קיומה.
בסוף 2005 חיבר ראש רשות התאגידים דוח המטיל על ראש הישיבה, הרב יוסף בא-גד, את האחריות הישירה לדרדור מצבה. לפי הדוח של ראש הרשות, עו"ד ירון קידר, "בא-גד שלט ביד רמה בפעילות העמותות, ויותר משעמדה לנגד עיניו טובת העמותות, עמדה לנגד עיניו טובתו האישית, קידום ענייניו וענייני בני משפחתו". כך למשל קיבל בא-גד בשנים 2000-1997 שכר בשל עבודתו בעמותה, אף שכחבר ועד אסור היה לו לקבל תמורה כלשהי. ראש הישיבה סיפר אומנם כי הפסיק לקבל כספים מהעמותה, אולם לא דיווח שכדי לעקוף את הכללים העבירה העמותה כספים לאגודה - שכל פעילותה הייתה תשלום שכרו. בין אוקטובר 2000 לדצמבר 2003 הצטברו התשלומים הללו לסך של קרוב ל-1.3 מיליון שקל.
בנוסף, על קרקע שהוקצתה במושב נחלים לעמותה ונרשמה 'בנאמנות' על שם בתו וחתנו של הרב בא-גד, נבנתה וילה מפוארת, שהושכרה למשפחה תמורת 500 דולר בחודש למשך עשר שנים. בהמשך העמותה אף 'הוזילה', אם אפשר לנסח זאת כך, את גובה שכר הדירה, והעמידה אותו על 250 שקל בחודש - "שגם הם לא שולמו במלואם", קובע דוח רשות התאגידים-רשם העמותות. בבית נוסף שבבעלות העמותה התגוררה גיסתו של בא-גד, בלא לשלם שכר דירה.
הדוח ממשיך ומפרט הטבות אחרות שחילק בא-גד לבני משפחתו, הכול מכספי העמותה. כך עבדה כלתו, כרמלה, כמאיירת גרפית בעמותה. היא קיבלה מחשב, מדפסת ותוכנה גרפית כדי לעבוד מביתה, אך מעולם לא דיווחה על שעות העבודה. בנו של בא-גד, שמעון, מונה על-ידי אביו לראש כולל – משרה שלוותה ב'מלגה' חודשית של 2,000 דולר, רכב צמוד, הוצאות רכב וטלפון נייד. "התנאים המופלגים ניתנו לו מכוח קרבתו המשפחתית", קובע הרשם.
דוח זה לא הבשיל לכדי כתב תביעה. על דעת הצדדים מונה השופט
אורי שטרוזמן כבורר, ופסק הבוררות שלו חייב את הרב בא-גד להחזיר את הנדל"ן שהחזיקה משפחתו. בנוסף חויב בא-גד להחזיר 55 אלף שקלים במה שהוגדר בפסק הבוררות כ"תרומה לישיבה".
בכיר לשעבר בישיבת נחלים אומר לנו כי גירעון הענק של הישיבה לא נבע מה"קנטרנות", כלשונו, שבדוח ראש רשות התאגידים. "זה שטחי ורדוד לומר שהמשכורות של הרב בא-גד הובילו לחובות של 10 מיליון שקלים", הוא אומר. "צריך לזכור שגם ישיבות תיכוניות אחרות שהפנימייה הייתה חלק בלתי-נפרד מהן, כמו המדרשייה וכפר-הרא"ה, קרסו. ההורים כבר לא רוצים שהילדים יישארו בפנימייה, והחזקת פנימיות ריקות עולה הון. בנוסף קמו באזור פתח-תקווה ישיבות חדשות רבות, שפגעו קשות בישיבת נחלים. ואם להודות על האמת, הרי שפעם היינו מקבלים הרבה יותר תקציבים מהמשרדים הממשלתיים. על כל שעה יכולנו לקבל כספים תחת קטגוריות שונות: הוראה, קליטת עלייה, נוער במצוקה וכו'. היום יש מִחשוב מלא. פקיד בחדר 10 במשרד החינוך רואה בזמן אמת מה נתן פקיד בחדר 17 במשרד הדתות, ולהפך. החגיגה הסתיימה. אין יותר 'כפל מבצעים'.
"גם השרים היום משותקים. פעם שר היה יכול לצ'פר, היום הוא פוחד מהחשב של האוצר שנמצא במשרד שלו ויושב לו על הזנב. כששר החינוך לשעבר, יצחק נבון, סיים ביקור בישיבה, הרב בא-גד שאל אותו 'נו, ומה כבודו משאיר לנו למזכרת?'. ונבון ענה לו שהוא מעניק במתנה מאה שעות לימוד. תכפיל את זה ב-5,000 שקלים לשעה, ותראה שזו בהחלט מתנה יקרת ערך. היום זה נשמע סיפור בדיוני".
כך או אחרת, התלמידים הדירו רגליהם מישיבת נחלים. כשזו כבר עמדה בפני סגירה, גייס מרכז ישיבת בני עקיבא את הרב שמואל לורנץ, ר"מ בישיבת ההסדר בעתניאל, כדי להציל את הישיבה בנחלים. ראש הישיבה החדש ערך במקום עירוי דם חינוכי: את רוב צוות הר"מים, שחלקו היה אף בעל אוריינטציה חרדית, הוא החליף בבוגרי מוסדות בני עקיבא. הרב לורנץ גם הטמיע שיטות לימוד חדשות, ותוך זמן קצר התחולל מהפך – הישיבה חזרה להיות אבן שואבת לתלמידי הסביבה. השנה, לראשונה מזה שנים, ישנן בכל המחזורים שלוש כיתות, והישיבה כולה מונה כ-500 תלמידים.
המהלכים הללו אומנם השיבו לישיבת נחלים את כבודה, אך לא פתרו את בעיותיה הכלכליות. עוד בשנת 2006 נחת עליה מבול של תביעות שהסתכמו ב-25 מיליון שקלים. רו"ח חן ברדיצ'ב, שמונה על-ידי בית המשפט המחוזי בתל אביב ככונס נכסים ואחר כך כנאמן הסדר הנושים של הישיבה, קבע כי בפועל הישיבה חייבת לפרוע חובות שנאמדים בקרוב לעשרה מיליוני שקלים. לשם כך מיפּה ברדיצ'ב בפני בית המשפט את נכסי הישיבה הנמצאים בתחומי המושב, מחוץ לקמפוס שלה: משק, משק עזר, בית בהרחבה (בית לדור ההמשך, היושב על 500 מ"ר) ו'בית פרלמוטר'. באמצעות מכירתם, קבע, ניתן יהיה לכסות את החובות.
בתקופה שחלפה מאז אכן נמכרו שלושת הנכסים הראשונים, ואולם כשביקש ברדיצ'ב לממש את בית פרלמוטר, המשמש כיום את הישיבה לדיור ולמחסן, הוא נתקל בקול מחאה. יורשי המקדישה וגורמים אחרים טענו כי מכירת נכס ההקדש היא הפרה של מסמך בעל תוקף חוקי פורמלי, וגם הפרה של אמות מידה מוסריות בסיסיות.
בעקבות הטענות הללו פנה הנאמן ברדיצ'ב אל עו"ד דוד קורצווייל, שיכין בעבורו חוות דעת משפטית בסוגיית מכירתו של בית ההקדש לטובת כיסוי החובות. "ראשית, אני שולל את ההגדרה של בית פרלמוטר כנכס הקדש", מסביר לנו עו"ד קורצווייל את עיקרי חוות הדעת שחיבר. "הקדש זה כשאתה מעביר נכס נדל"ני לעולמים למי שאתה מקדיש לו. כאן מדובר באדמת מושב ששייכת למנהל מקרקעי ישראל, וכל הקשר של הדייר לאותה אדמה הוא חכירה בלבד. לכן פרלמוטר לא הייתה יכולה לקחת דבר ששייך לה לזמן קצוב – ולהקדיש אותו לעולמים, כפי שכתבה במכתב שהפקידה בידי הרב נריה.
"שנית, אפילו אם נגדיר את הנכס הזה כהקדש - על-פי חוק הנאמנות, הקשר הבל-ינותק בין הנכס למי שמקבל אותו, לא חל במציאות של חובות. במילים אחרות: לנכסי הקדש אין חסינות מפני חובות שנוצרו ממטרות ההקדש. ומכיוון שמטרת ההקדש הייתה לקיים ישיבה, ומכיוון שהישיבה יצרה חובות, יש לנאמן זכות מוסרית וחוקית למכור את הנכס".