"ירושלים לא הייתה במרכז ההתעניינות או ההשקעה של התנועה הציונית והמוסדות הציוניים בשנות השלושים והארבעים", מזכיר ארנוולד, "ודאי לא העיר העתיקה שהייתה בתהליך של ירידה מתמדת בד-בבד עם התפתחות העיר החדשה". ועם זאת, כשפרצה המלחמה החליט דוד בן-גוריון שלא נוטשים שום מקום בארץ, ובכלל זה הרובע היהודי. כך הוא גם הורה למפקד מחוז ירושלים דוד שאלתיאל כשמינה אותו לתפקיד בסוף ינואר 1948. בשבועות הראשונים של המלחמה עזבו תושבים רבים את הרובע. באמצע חודש ינואר החליטה ההגנה למנוע את המשך יציאת התושבים כדי שהרובע לא יינטש לחלוטין. ההחלטה כללה גם נטילת אחריות צבאית ואזרחית על כל הנעשה בעיר העתיקה והקצבת כספים לטובת החזקת היישוב ברובע. מוסדות היישוב דאגו לאספקה מסודרת של מזון באמצעות שיירות שהיו מתואמות עם האנגלים, ובעזרתם של שני אחים בעלי מכולות שאחד מהם ישב בעיר החדשה ואחד בעיר העתיקה. מכיוון שהיה ברור שהרובע לא יהיה מסוגל להגן על עצמו רק באמצעות הכוחות שהיו בו, הוכן גם סליק של נשק לשעת חירום. אחריות ההנהגה על הרובע כללה גם טיפול בבני הנוער. משלחת חינוכית ובה מורים, מורות ומדריכים נכנסה לרובע והפעילה את מערכת החינוך. משלחת רפואית של בית החולים הדסה תפעלה את בית החולים 'משגב לדך' שהיה אז בעיר העתיקה. בירושלים החדשה הוקם גם משרד עורף שהיה אחראי לתיאום בין כל הגורמים הפועלים ברובע. מי שהוביל את הסדרת התחום הצבאי והאזרחי בתוך הרובע באותה תקופה היה אברהם הלפרין, מפקד הרובע מ-20 בינואר עד 5 במארס 1948. מדיניות הבריטים בעניין הרובע והר הצופים הייתה דומה. היה להם עניין מיוחד בשמירה על הסטטוס-קוו בשני המקומות בגלל אופיים הייחודי וההתעניינות הבינלאומית בהם. הבריטים תמכו בהמשך החיים הסדירים ברובע ואבטחו את השיירות שהובילו אליו תגבורות אנושיות ומצרכים חיוניים. הבריטים גם הקצו החל מדצמבר 1947 פלוגה לשמירה על הרובע, וזו התמקמה סביב בתי היהודים כדי לחצוץ בינם לבין שאר חלקי העיר העתיקה. בהר הצופים אבטחו הבריטים את הדרך להר ושמרו על נוכחות צבאית ומשטרתית בשכונת שייח' ג'ראח וסביבתה.

ההבדל המשמעותי בין הרובע היהודי להר הצופים נוצר לאחר יציאת הבריטים מירושלים בתאריך 13 במאי 1948. במצב החדש שנוצר לא היה עוד גורם שחצץ בין שני הצדדים. כדי לשמור על הרובע היה הכרח לחבר אותו לירושלים החדשה. ניסיונות הפריצה אליו נכשלו, וההזדמנות שנוצרה במבצע קלשון שהתקיים ב-14 במאי לא נוצלה. במבצע זה השתלטו כוחות מחוז ירושלים על אתרים בירושלים החדשה, ולמרות שבאותה עת הותקף הרובע בידי כוחות ערביים לא סדירים בלבד לא נעשה ניסיון לפרוץ אליו מסיבות מדיניות. ארבעה ימים לאחר מכן פרצה יחידה של הפלמ"ח לעיר העתיקה דרך שער ציון, חברה לרובע והביאה אספקה לאנשיו. לאחר הפריצה התפתח ויכוח בין עוזי נרקיס, מפקד הכוח של הפלמ"ח, לשאלתיאל, מפקד מחוז ירושלים, על האחריות להחזקת הפרצה. נרקיס ביקש לעזוב את המקום ושאלתיאל דרש ממנו להישאר עד שיוחלף בכוח אחר. "הפלמ"ח התנהל ברובע כמו קבלן משנה", אומר ארנוולד. "המפקדים טענו שתפקידם הוא רק לכבוש ושמחוז ירושלים אחראי למקום וצריך לדאוג להחזקת המקום". בסופו של ויכוח עזב כוח הפלמ"ח את העיר העתיקה ואזור הפרצה נותר חופשי במשך מספר שעות עד שהלגיון הערבי תפס את המקום. הצטרפות הלגיון לכוחות הערביים הבלתי סדירים שתקפו את הרובע חיזקה את הצד הערבי ונתנה לו יתרון מכריע, והוא שהביא לכניעת התושבים ברובע ביום שישי 28 במאי. "מאשימים את האוכלוסיה בנפילת הרובע אבל האוכלוסיה לא הייתה אשמה", קובע ארנוולד. "היא סבלה וישבה שם בתנאים נוראיים לאורך כל תקופת הלחימה. לא בגללה נפל הרובע". לאורך השנים הואשם מפקד מחוז ירושלים דוד שאלתיאל בוויתור על הרובע, אבל ארנוולד סבור אחרת. "הרובע נכנע בניגוד לפקודה של שאלתיאל. הוא סבר שאנשי הרובע מסוגלים להחזיק עוד מעמד. צריך להבין שמפקד שישב אז במפקדה לא היה מסוגל לדעת מה קורה במרחק מאות מטרים ממנו. השקיעו ברובע כל מה שהיה אפשר, אבל צריך לזכור שלא עמדה לרשותם חטיבת צנחנים וחטיבת טנקים". ארנוולד מבקש להפריך את התיאוריות שנולדו במהלך השנים ולפיהן ההנהגה הציונית ויתרה מראש על הרובע היהודי. "אתה לא משקיע חמשת אלפים לירות של אז, שזה המון כסף, במקום שאתה לא רוצה להחזיק. הייתה השקעה עצומה ברובע ומאמצים שאי-אפשר לזלזל בהם כדי שהוא יחזיק מעמד. הושקעו שם כוחות רבים ונעשה ניסיון נועז להצניח שם נשק באמצעות מטוסים. אף אחד לא רצה שהרובע ייפול. היו שמחים אם הוא היה נשאר בידינו וזה לא היה רחוק מלקרות". לעומת הלחימה הקשה ברובע, בהר הצופים כמעט לא הייתה לחימה. הלגיון הערבי הסתפק בכיבוש מהיר של אזור שייח' ג'ראח ובית הספר לשוטרים ב-19 במאי, ועשה רק ניסיון קצר אחד לפרוץ לתוך אזור הר הצופים. המגִנים על ההר לא נאלצו להדוף התקפות אלא רק להתמודד עם הלחץ שנוצר בעקבות המצור שבו היו נתונים, ועם ההפגזות של הלגיון. בניגוד ללחימה על הרובע, שם עיקר האבדות היו בשטח הרובע עצמו, רוב האבדות במערכה על הר הצופים היו בדרך להר, כמו למשל בשיירת הדסה שבה נהרגו 78 מנוסעי השיירה. בהר הצופים עצמו נהרגו ארבעה אנשים בלבד. "רק במזל נשאר הר הצופים בידינו", קובע ארנוולד. "אם הלגיון היה תוקף אותו באותה אינטנסיביות ונחישות שבה תקף את הרובע, הוא היה נופל. למזלו, הניסיון היחידי שנעשה לפרוץ אליו נכשל. הגיע טור של שריוניות, הראשון בטור נפגע, והם ברחו חזרה".

ארנוולד מונה בספרו כמה גורמים ללחימה הנחושה של הלגיון דווקא ברובע היהודי. בגזרת העיר העתיקה ההישג הנדרש מהצד הערבי היה כיבוש הרובע כדי שהעיר העתיקה כולה תהיה ערבית. בגזרה הצפונית של העיר זכה הלגיון להשיג את מטרתו העיקרית בכיבוש שייח' ג'ראח וביצירת קשר פיזי יציב בין ירושלים לבין האזורים הערביים שמצפון לעיר. נוסף על כך, הערבים עמדו על חולשתו של הרובע ורצו להגיע להישגים בגזרה זו לנוכח כישלונם לפרוץ לירושלים היהודית. גם שאפתנותו של עבדאללה א-תל, מפקד הכוחות הערביים שלחמו בגזרת הרובע, היוותה רכיב חשוב בהתעקשותם של הכוחות הערביים לכבוש את הרובע. "אני חושב שהערבים גם פחדו לעלות להר הצופים, שנראה מלמטה כמבצר רציני מאוד", מוסיף ארנוולד. "בעוד שהרובע נתפס בעיניהם כנקודת תורפה חלשה, הר הצופים נתפס בעיניהם כמקום חזק מבחינה צבאית. בנוסף, החיילים של הלגיון היו בדווים שלא הורגלו ללוחמה בשטח בנוי. הם ידעו להילחם בשטח פתוח, וגם כיבוש הרובע ארך להם עשרה ימים". הוויכוחים בין הפלמ"ח למפקד מחוז ירושלים באשר להחזקת אזור הפריצה לעיר העתיקה הביאו כאמור לאובדן החיבור הפיזי בין הרובע לירושלים - אבל גם בגזרת הר הצופים, כך חושף ארנוולד בספרו, הביאו הסכסוכים בין הארגונים הצבאיים בצד היהודי לאי-מיצוי של היכולת הצבאית. יחידות האצ"ל וההגנה שהיו אמורות לפעול יחד בגזרת שייח' ג'ראח הסתכסכו בתחילת ההשתלטות על השכונה וחוסר שיתוף הפעולה בין הארגונים בגזרה זו סייע לכוחות הלגיון לכבוש את שייח' ג'ראח ולנתק את הר הצופים לאחר חמישה ימים שבהם הוא היה מחובר לירושלים. גורמים מקומיים ובינלאומיים פעלו כדי למנוע לחימה ולהגיע להסדר בין הצדדים הן ברובע היהודי והן בהר הצופים, בשל מעמדם הייחודי של המקומות. במקרה של הר הצופים הפעילות הייתה יעילה ומוצלחת, ובסוף המלחמה נחתם הסכם על פירוזו של האזור. ארנוולד לא מוצא הבדל משמעותי בין מצבם של הנצורים ברובע למצבם של הנצורים בהר הצופים. "שניהם היו במצב של חוסר ודאות ולחץ אדיר. הם ידעו שיש סביבם כוחות שלא מצליחים לסייע להם. ירו עליהם כל הזמן והם לא ידעו עד מתי יהיה להם אוכל. אני לא מתפלא שאלו שהיו ברובע אומרים שהזניחו אותם. אני מבין אותם. לא היה להם מושג מה מתנהל סביבם ומה עושים לטובתם בחוץ. אחד החיילים שהיה ברובע בזמן המצור התקשר אליי לאחר שקרא את הספר, ואמר לי שרק עכשיו הוא הבין איפה הוא היה. "מגִני הרובע ותושביו עשו את שלהם", אומר ארנוולד. "הרובע החזיק מעמד עשרה ימים ואי-אפשר להאשים את אנשיו בנפילה. במקום כזה המטרה היא להחזיק מעמד עד שהכוח הממונה יבוא ויעזור, וזה מה שהם ניסו לעשות. הלוחמים בעמדות, הן התושבים מהרובע הן אלו שהגיעו מבחוץ, המשיכו להילחם והייתה שם נחישות רבה". התיאוריה שהרובע הוזנח פותחה לדעתו של ארנוולד מחוסר ידע וכנראה גם בגלל ייסורי מצפון של המפקדים בעקבות נפילתו של הרובע. "היו גם ויכוחים בין האצ"ל וההגנה, ואם מתבססים עליהם אפשר בקלות ליצור תיאוריה יפה ומושלמת. אנשים לא מבינים את התנאים שהיו, ובודקים בעיניים של היום את מה שקרה אז".