לאחר ההרדמה (כללית) וריקון שלפוחית השתן, מחדיר המנתח מחט עדינה לחלל הבטן מבעד לדופן באזור הטבור, על-מנת לנפח את הבטן בפחמן דו-חמצני, כדי להרחיק את איברי הבטן והאגן מהדופן ועל-מנת שניתן יהיה להמשיך בפעולה הכירורגית בחלל שנוצר.
לאחר-מכן, מחדיר המנתח מספר שרוולים (טרוקרים) בקטרים של 12-5 מ"מ במקומות שונים בדופן הבטן (לרוב בטבור ועוד שניים-שלושה בדופן הבטן התחתונה), דרכם מחדירים את המכשור האופטי והמכשור הכירורגי העדין לצורך השלמת הפעולה הניתוחית. בהמשך, המנתח סוקר את איברי האגן והבטן לפני שיחליט על המשך ביצוע הניתוח ועל היקפו. התמונה אותה רואה המנתח לאחר החדרת המצלמה לחלל הבטן דומה לתמונה הבאה:
לאחר סקירת איברי הבטן והאגן, מתחילים בניתוח שתוכנן. במהלך הניתוח, במידה של דימום, ניתן לצרוב כלי דם מדממים על-ידי מכשיר מיוחד שמטרתו צריבה וסגירה של כלי דם מדממים. המכשור הלפרוסקופי העדין, מאפשר לנייד איברים, לחתוך, לצרוב ואף לתפור במידת הצורך.
לעיתים נוצר הצורך בהוצאת ממצאים כמו ציסטות שחלתיות, שחלות וחצוצרות או אף שרירנים אשר הם גדולים מהנקבים בדופן הבטן. במקרה כזה, מחדיר המנתח שקית סטרילית לתוך הבטן ולתוכה מחדיר את הממצא שיש להוציאו. לאחר הוצאת שולי השקית מבעד לנקב, ניתן בעדינות ובסבלנות להוציא את הממצא בפיסות קטנות מבלי שחלקיו יתפזרו בבטן. לעיתים יש צורך בהוצאת ממצאים נוקשים יותר כמו שרירנים. במידה שהממצאים שפירים, ניתן להוציאם באמצעות מכשיר צינורי שבקצהו סכין. מכשיר זה הופך ממצאים נוקשים וגדולים לפיסות ארוכות וגליליות, אותן ניתן להוציא מבעד למכשיר.
במקרה של כריתת רחם עם צוואר הרחם בגישה לפרסוקפית, יוצא הרחם מבעד לנרתיק ולאחר-מכן משלים המנתח את הפעולה על-ידי תפירה לפרוסקופית של גדם הנרתיק. את הנקבים בעור תופרים או סוגרים עם סיכות כמקובל בניתוחי בטן רגילים, אולם הפצעים קטנים (עד 1 ס"מ) וההחלמה כפי שתואר מעלה, מהירה.