התמנה למהנדס הראשי של חברת "הכשרת היישוב" ועסק יחד עם יהושע חנקין בגאולת קרקעות שהכשירה את הקרקע להקמתם של יישובים עבריים רבים. בין 13 ל-18 בדצמבר 1942 השתתף בסיור בערבה שאורגן על-ידי יוסף ויץ (בהשתתפות מהנדס המים שמחה בלאס, יו"ר הקרן הקיימת אברהם גרנות, הבוטנאי ד"ר מיכאל זהרי ואחרים). ליף נהג להכין מפות טופוקדסטריות של הרכוש היהודי בארץ ישראל. הוא היה יועצו של דוד בן-גוריון ויועץ במשרד החוץ (לאחר קום המדינה) לנושאי קרקעות וגבולות. היה חבר במשלחת הישראלית לדיונים על חלוקת הארץ והקמת מדינת ישראל באו"ם בשנת 1947. בנוסף היה יו"ר ועדת השמות הממשלתית, אשר קבעה שמות ליישובים יהודיים בישראל. כמו-כן היה חבר במשלחת ישראל לוועידת לוזאן ויועץ למשלחת הישראלית בשיחות שביתת הנשק שנערכו ברודוס.

לאחר קום המדינה, הוסיף ויץ לכהן בתפקידו כמנהל מחלקת הקרקע והייעור, ובשנת 1950 נבחר לדירקטוריון הקרן הקיימת. במסגרת תפקידו עסק בניהול מרבית השטח החקלאי של מדינת ישראל, עמד בראש הוועדה העליונה לקביעת שימושי הקרקע במדינה, עסק בהסדרי קרקעות לשם הכנת משבצות קרקע חקלאיות רציפות להתיישבות הקיימת ולהתיישבות החדשה, עסק ברכישות קרקע נוספות ובהרחבת השטח החקלאי של מדינת ישראל, בעיקר על-ידי הכשרת קרקעות באזורי ההר. כן המשיך בייעור הארץ והביא לידי ביטוי את ידיעותיו בתחום זה בספריו. הוא ביקש, בעיקר ממניעים מדיניים וביטחוניים, לחזק באמצעות ההתיישבות את ריבונות המדינה באזורים שנכבשו מעבר לתוכנית החלוקה, מתוך רצון לבסס את גבולות ישראל שלאחר מלחמת העצמאות. בנוסף לכך, הוא הוזמן לעמוד בראש ועדות שונות שסייעו לממשלה בנוגע לבעיית הפליטים הפלשתינים, כגון ועדת הטרנספר שהוקמה ב-1948, והיה חבר בוועדת השמות הממשלתית. במהלך שנות החמישים הגה ויץ את רעיון כפרי העבודה ליישובם של העולים החדשים באזורי ההר בהרי יהודה והגליל ולקראת סוף שנות החמישים עמד מאחורי הקמת ראשון המצפים בגליל - מצפה יודפת. בראשית שנות השישים היה שותף בהקמת מנהל מקרקעי ישראל, מונה למנהלו הראשון ונטל חלק מרכזי בגיבושה של האמנה שנחתמה בשנת 1961 בין ממשלת ישראל לבין קק"ל על הגדרת מעמדה החדש של הקרן במדינת ישראל. במקביל לכהונתו כמנהל מנהל מקרקעי ישראל, שימש גם כמנהל מחלקת פיתוח קרקע בקק"ל.

בקיץ 1949, התבקש זלמן ליף, מודד קרקעות וכרטוגרף שהתמחה בשרטוט מפות ובשאלות הקשורות לבעלות על הקרקע בנגב, להצטרף לצוות המחפש פתרון לשאלת הבדואים. בהסכמתם ובתמיכתם של המושל הצבאי בנגב (מכאל הנגבי) ויוסף ויץ הוחלט שהפתרון הטוב ביותר הוא שיש לרכז וליישב את הבדואים שנותרו לאחר המלחמה בשטח ישראל, בפיקוח הממשלה, והצוות שכלל אישים ומומחים נוספים החל בהכנת תוכנית התיישבות מפורטת עבור השבטים בנגב. בממשלה סברו מספר שרים שהוועדה חסרה מומחה צבאי, ובדצמבר 1949, צורף לצוות על-פי הוראתה, אלוף פיקוד הדרום משה דיין. האלוף השתתף ברבות מיישבות הצוות וייצג בהן את ההיבט הביטחוני-צבאי הקשור בשבטים כגון: מניעת קשר בין בדואי מצרים לירדן; מניעת הברחת נשק וסמים; הרחקת שבטים מצירי תנועה מרכזיים ומניעת תנועה חופשית במרחב ללא רישיון מהממשל הצבאי. במרכז הדיונים עמדה שאלת הסדר מעמדן המשפטי של קרקעות הבדואים והשאלה באיזו מידה ראוי למדינת ישראל, להתיר לשבטים לעבד את אדמותיהם ולהחזיק בהן גם בלא שיש בידם תעודות בעלות שנרשמו בטאבו (ועוד נחזור לבעיה זו). ראוי להדגיש כי שאלת הבעלות פרצה עקב ריב סמכויות פנימי בין האופטרופוס הכללי שהיה כפוף למשרד האוצר וביקש להיות לרשות הכוללת היחידה המטפלת בקרקעות הבדואים ונקודת מבטם הייתה אזרחית-לגאלית לבין משרד ראש הממשלה ושלטונות הצבא, שלחצו על כך שהמושל הצבאי בלבד הוא שיכריע בכל עניין קרקעי בנגב. יועץ ראש הממשלה לענייני קרקעות זלמן ליף, קבע באותה עת "שאת אדמת הנגב, גם זו שהבדואים נטשו אותה, אין לראות כאדמה נטושה לפי תקנות שעת חרום בדבר נכסי נפקדים, השייכת מבחינת הבעלות לנפקדים". למרות הלחץ מצד הצבא הקפיד ליף על שמירת זכויות הבעלים (הבדואים) בקרקע, לפחות זמנית, עד לחקיקת חוק נרחב ומפורט בנושא.

על אף שויץ חלם ליישב את הנגב בחקלאות עברית הוא תמך בעמדת ליף בקבעו כי הממשלה רואה בקרקעות הנגב רכוש המדינה, ואין לאיש, אף לא לבדואים שחיו בה, זכות קניין וחזקה עליה. ויץ הסתמך על התקדים הבריטי בו ממשלת המנדט לא הכירה משפטית ביישובי הבדואים באזור באר-שבע ואף סירבה להעניק לקרקעות אלו מעמד של "מירי", כלומר קרקע פרטית שניתן לסחור בה. יתר על כן ציין ויץ, הבריטים לא גבו מבדואי הנגב את "המס החקלאי המאוחד" אלא הוסיפו וגבו מהם את מעשר היבול בלבד, כפי שנהג השלטון העות'מני (פרט לשנות בצורת) ועל ממשלת ישראל לאמץ נוהג זה גם להבא. הוא הזכיר שנשקל בזמנו צעד מרחיק לכת: לא לגבות מהבדואים מס על היבול כדי שלא יוכלו לתבוע בעלות על הקרקעות שהשבטים מעבדים. למתנגדיו הבהיר ויץ כי הממשלה הסכימה למסור לעיבוד לשנה אחת בלבד לכמה שבטים בלבד שנותרו באזור באר שבע מטעמי ביטחון. בתמורה, נטלה הממשלה לרשותה את הקרקעות שעליהן ישבו קודם לכן.

ליף שלל בכל תוקף את טענת הבדואים שהקרקע נמסרה להם עוד בימי העות'מנים, לא תמיד מול תעודות אך מתוקף אורך הזמן שהם מעבדים אותה - יש להם עליה "זכות חזקה". ליף התעקש, כמיטב המסורת המערבית, וטען/דרש כי אין בידי השבטים תעודות בעלות (קושאנים). יתר על כן הוסיף ליף, לא נעשה רישום חוקי של הקרקעות הללו בספרי האחוזה (במשרדי הטאבו). ליף היה מודע לפגיעה בשבטים אך תמך בעמדת הממשל הצבאי שהיה מוכן להחכיר את קרקעות הנגב לשנה אחת בלבד. עמדה זו נגדה את עמדת השמאל שתבע כי הקרקעות בנגב תופקדנה בידי מנהל נכסי נפקדים כנהוג במרכז הארץ וצפונה. תחת לחצו של ויץ הקצין מעט ליף את עמדותיו והסביר כי הדוגמה שבה נסרו שדות החיטה שהותירו הבדואים בבריחתם נמסרו לאפוטרופוס - אינה מהווה עילה משפטית משום שדין יבול החיטה הוא דין מטלטלין ושונה מדין מקרקעין. במקביל לדיון המשפטי התגבש בצה"ל, רעיון ריכוזם של הבדואים באזור "הסיג" והחרמת קרקעותיהם.

ליף לא חשש לומר דעתו בגלוי: "שומה על הממשלה להחדיר למוחם של הבדואים שהם מחזיקים באדמה לא בזכות אלא בחסד, לפי רישיון שניתן להם מדי פעם בפעם על-ידי הממשלה באמצעות הממשל הצבאי. יש להדגיש ולחזור ולהדגיש שרק מפני שהם הועברו ממקומות חנייתם הקודמים למקומות חדשים אשר בהם נצטוו להתרכז, הרי הממשלה נותנת להם לעבד את אדמתה היא בדמי חכירה סמליים בלבד ומשחררת אותם מתשלום מיסי יבול". ליף היה כרטוגרף מעולה אך לא הכיר את יחסי השבטים לקרקעותיהם ולא את ההיסטוריה הארוכה של ממשלים קודמים שהכירו בבעלותם של השבטים גם ללא רישום בטאבו. יתר על כן משתמע מדבריו שעל הבדואים שהוחל לרכז בסייג לומר תודה לממשלה המאפשרת להם לעבד "קרקעות מדינה" ואף לזכות בתשלום דמי חכירה סמליים ובעיקר משחררת אותם ממסי היבול שהגיעו בשנים טובות לכ-10% מערך היבול. ליף לא היה מודע לכך שהבדואים סברו/האמינו כי העובדה שהעות'מנים והבריטים גבו מהם מיסים פירושה שהקרקע נמצאת בבעלותם החוקית. הוועדה שטיפלה בשאלת יישובם של הבדואים באזור (שבה היו חברים ויץ וליף) האמינה שאזור "הסייג" יספק לשבטים בסיס קרקעי טוב יותר מן השטחים שבהם חיו ונדדו. תחושה זו וכן תמיכת הממשלה ומערכת המשפט שקבעו כי העברת הבדואים מזרחה אין פירושה גזלת רכוש והשתלטות על קרקע אלא מתן שטח רציף לשבטים ופינוי קרקעות הנגב הטובות עבור ההתיישבות היהודית העתידית. שבטי הבדואים נקלעו אפוא לעימות חסר סיכוי עם הממשלה ומוסדותיה. האוכלוסייה היהודית שעמדה מול הבדואים נעזרה בתקציבים נדיבים ובטכנולוגיה מודרנית ופתחה במהלכי פיתוח גדולים בנגב ובה בעת התעלמה ממצבם ומזכויותיהם של השבטים וסירבה לקדם את הדיון בשאלת יישובי הקבע שלהם בנגב. השיפור ברמת הטיפול הרפואי המונע, שיפור התשתיות וריבוי הרכב הממונע - הביאו לגידול דמוגרפי מהיר בקרב הבדואים, תופעה אופיינית באוכלוסיות נוודים בעולם שנחשפו לתהליכי קיבוע). בני השבטים ניסו להשתלב כעובדים שכירים בעבודות התשתית הגדולות בנגב (סלילה, חציבה) וכן בחקלאות המושבית הרחיבו אומנם את תחום המגע בינם לבין היהודים אך הקונפליקט הלך והחרף; מנהיגי המדינה הצעירה נתבעו לתת תשובות מידיות לקשיי הקליטה של מאות אלפי העולים החדשים שזרמו לארץ וכחלק מהפתרונות פנתה המדינה להכשרת תקנות וחוקים שיאפשרו לה להעביר לבעלותה קרקעות נטושות על-מנת ליישב בהן את העולים. הבדואים ספגו מכה אחר מכה - תחילה הטלטול ממקום למקום מיד לאחר המלחמה, לאחר מכן סירובה של המדינה להכיר במסורות הבעלות שלהם בקרקעות. מכה נוספת היה ריכוזם באזור "הסייג" כשהם חסרים מנהיגות וכוח פוליטי-כלכלי. כך נוצר מצב שעד ראשית שנות השישים היו השבטים שקועים הבדואים בנגב במאבק הישרדות כאשר חלק קטן מהשמאל הישראלי (בעיקר מפ"ם ומק"י), שכוחו נחלש מול מפא"י, משמש להם כדוברים בעיתונות, בציבור ובכנסת.

גם בעת התקדמות התוכניות ליישוב הבדואים לא היססו גורמים צבאיים לגרש בדואים אל מעבר לגבול. ראשי הצבא הסבירו זאת בתחילה כי הגירוש נובע מהצורך לאפשר להתיישבות החדשה בנגב לקיים חיי שגרה. בסתיו 1948 ענה בן-גוריון לשאילתה של השר שטרית כי אין פעולת גירוש אולם מתברר על סמך תעודות מהארכיונים כי בוצעו פעולות מעין אלה אך הן כונו "פעולות עונשין". בסתיו 1949, במסגרת מאמצי צה"ל למנוע הסתננות בנגב הצפוני, גורשו כ-500 משפחות לאזור הגבעות שמדרום להר-חברון וגם כאן על-רקע "ביטחוני". דוח רשמי של האו"ם קבע שבשנים הראשונות שלאחר המלחמה גורשו כ-7,000 בדואים מהנגב. הצבא אף תבע גירוש כמה כפרים שלמים הסמוכים לעזה ובאר-שבע משום שחלשו על צירים מרכזיים אך הממשלה לא אישרה צעד רב משמעות מעין זה. בנגב המערבי המשיכו וחדרו הבדואים לחדור בלילות כמסתננים על-מנת להביא מרכושם שנותר מאחור והבולטים היו בני שבת תראבין שחצו את הגבול לצרכי מרע והברחות. יותר ויותר ראשי שבטים סיגלו לעצמם את השקפת השמאל והחלו לדרוש בגלוי מהממשלה להכיר בזכותם על הקרקע (גם זו לא הרשומה בטאבו) במסגרת "זכות החזקה" והשנים הרבות (עיתים יותר ממאתיים וחמישים שנה), שעובדו ברציפות על-ידי השבטים.

במהלך העשור הראשון למדינה בלטו מספר מרכיבים באשר "לפתרון שאלת הבדואים". תחילה ביקשו להדוף רבים מהם אל מעבר לגבולות בטענה ששיתפו פעולה עם האויב ומתוך רצון להשתלט על קרקעות הנגב הצפוני והמערבי שהיו טובות לחקלאות אינטנסיבית עבור העולים החדשים. באמצע שנות החמישים, עם גבור הביקורת באו"ם, במערב ובתנועות פוליטיות בארץ - שינו הממשלה והצבא את גישתם והחלו לרכז את הבדואים באזור מזרחי מרוחק "אזור הסייג" (על קרקע המדינה) ובכך לנתקם מקשרים עם המודיעין המצרי והצבא הירדני. בשלהי שנות החמישים כבר הוקמו ועדות משותפות לגופים שעסקו בשאלת הנגב והדרישה לפתור באופן חוקי ולטווח ארוך את שאלת הבעלות בקרקע בנב מתוך מגמה להגדיל כמה שיותר את שטח "קרקע המדינה". בוועדות אלו השפיעו הדוחו"ת שהוכנו בידי זלמן ליף ויוסף ויץ שעל המשותף ביניהם והמפריד, דיברנו לעיל.