מצדה הייתה אניית צובר שנבנתה בסוף שנות ה-50 במספנת "דוייטשה וורפט" בהמבורג שבגרמניה במסגרת הסכם השילומים עם גרמניה, ונועדה להובלת מטענים בתפזורת. היא הושקה במאי 1960 והוכנסה לשירות בחברת צים באוגוסט-ספטמבר 1960. אורכה של האונייה בעת בנייתה היה כ-168 מטר. בשנת 1965 הוארך הגוף שלה במספנת מאזורו ביפן ב-38 מטר, אורכה הכללי גדל לכ-206 מ' רוחבה היה 22.6 מטר וכושר המעמס שלה הגיע לכ-31,553 טון. מצדה הייתה באותן שנים אניית המשא הגדולה ביותר בצי הישראלי. היא כללה כשמונה מחסני מטען והייתה משוכללת לאותה תקופה ומצוידת בציוד חדשני ומתקדם.
"מצדה" הפליגה באופן קבוע בקו ישראל - ארצות הברית, לעיתים דרך אירופה וצפון אמריקה והובילה דגנים מארצות הברית לישראל ואשלג ופוספטים מאשדוד לארצות הברית ולאירופה. בשנת 1976 מנה צוות האונייה 32 עובדים, בהם 12 קצינים חלקם ישראלים חלקם ימאים זרים.
יציאה מנמל אשדוד ביום שני 16 בפברואר 1981 בשעה 12:30 הפליגה מצדה מנמל אשדוד לכיוון נמל בולטימור בארצות הברית כשהיא טעונה בכ-30 אלף טון אשלג ממפעלי ים המלח וכשעל סיפונה 34 אנשי צוות ועוד נוסעת, מלכה שטייר אשתו של קצין האלחוט דוד שטייר. צוות האונייה בהפלגה זו כלל את קברניט האונייה רב חובל גרא לוין. קציני האוניה היו חלקם ישראלים, חלקם זרים ומרבית אנשי הצוות שאינם קצינים היו ישראלים.
בעת יציאתה מנמל אשדוד נתקעה האונייה מול פתח הנמל בקרקעית הים ורב החובל גרא פנה במכשיר הקשר לנתב הנמל לשלוח גוררות שיחלצו את האונייה. הנתב הודיע לקברניט כי אין לו כרגע יכולת לסייע לאונייה התקועה ושינסה לשחרר את האונייה בכוחות עצמה. לאחר כ-15-10 דקות הצליחה אניית מצדה להשתחרר בכוחות עצמה ויצאה לים. אונייה שנתקעת בקרקעית הים מוגדרת כעליית כלי שיט על שרטון וכתאונה ימית ומחויבת על-פי נהלים בדיווח לרשות הספנות במשרד התחבורה שכן הדבר יכול לגרום לאונייה לנזקים שונים. רק צוללנים באמצעות צלילה מתחת לאונייה יכולים לקבוע מה אופי ומידת הנזק. ככל שידוע לא דווח האירוע לרשות הספנות, כך לפחות קבעה ועדת חקירה לבדיקת נסיבות טביעת "מצדה".
האניה ניטלטלה מסערה לסערה כבר מרגע עזיבתה את נמל אשדוד ולאורך רוב הפלגתה זו פקד אותה מזג אוויר סוער שכלל רוחות עזות, גלים גבוהים וגשמים עזים. האונייה עברה מדרום לכרתים וב-23-22 בפברואר 1981 עברה במצרי גיברלטר, אז חל שיפור במזג האוויר היא המשיכה לאוקיאנוס האטלנטי. כאן הפך מזג האוויר לסוער במיוחד עם גלים בגובה רב.
בבוקרו של יום רביעי ה-4, במרץ בשעה 7:45 גילה הקצין הראשון שהמנופים בחרטום האונייה משוחררים ויצאו ממקומם וכן שעמדת השליטה של כננת העוגן מנופצת. הוא הודיע על כך לקברניט וזה הורה לחזק המנופים. חיזוק המנופים לסיפון נעשה בעזרת כבלים מאחר שהתושבות לא היו בנמצא. ביום שבת 7.3.81 בשעה 02:00 לפי שעון האונייה נתגלו מים בלחץ במנהרת צנרת האונייה והוחל בשאיבת המים באמצעות משאבות.
עם עלות השחר בשבת, בערך בשעה 6:30, ראו רב החובל והמכונאי הראשי ממקום עמידתם על גשר האונייה שהמכסים במחסן מס' 1 נעלמו והמחסן מוצף במים כמו בריכת שחייה. בנוסף, נתגלו עם אור בוקר נזקים נוספים, נעלם המעקה השמאלי שעל הסיפון ועוד. רב החובל גרא הודיע על מצב האונייה למשמר החופים בארצות הברית וביקש שיהיו במצב הכן.
יום הטביעה ביום ראשון 8.3.81 בסביבות השעה 7:30 שעון האונייה הבחינו הקברניט והקצין הראשון מגשר הפיקוד כי מכסה מחסן מס' 2 נפתח ונשטף למים. רב החובל גרא נתן הוראה לאסוף את צוות האניה ולהכין את סירות ההצלה להורדה כהכנה לקראת נטישה והורה לקצין האלחוט לשגר מיד אות מצוקה Mayday!!! מעדויות של ניצולי האניה הם התהלכו בשעה שעתיים לפני הנטישה באפס מעשה היו המומים ומבוהלים ואיש מהפיקוד האניה לא דיבר איתם או הדריך אותם מה הולך להיות.
דקות ספורות לפני השעה 10 מכסה מחסן מס' 3 מתרומם ונשטף מסיפון האונייה וניתנת פקודה לנטוש את האונייה. אנשי הצוות נטשו בבהלה ובאי סדר וארגון את האונייה. הצוות לא היה מיומן ומאומן כהלכה בהפעלת ציוד ההצלה ובהתנהגות בסירות הצלה בים סוער, ופרצה בהלה ובלבול בעת הנטישה. חלק מאנשי הצוות הצליחו לרדת לסירת ההצלה, ואחרים קפצו למים בבהלה מגובה רב. בשלב מסוים סירה ההצלה מתהפכת על יושביה וכמה מהניצולים נפלו למים. לא היה מי שיפקד על נטישה מסודרת של האונייה.
בסביבות השעה 10:15, כחמש עשרה דקות לאחר פקודת הנטישה, טבעה המצדה וירדה למצולות ים. על-פי עדויות נשאר הקברניט גרא אחרון על סיפון האניה וצלל עימה למצולות ים. בעת טביעתה חג מעליה מטוס של משמר החופים האמריקני שהוזנק למקום בעקבות קריאת המצוקה של האונייה. המטוס דיווח על הנעשה וכיוון את אניות הצי שחשו למקום ואף צילם את רגע שקיעת האונייה ורדתה למצולות.
מקום הטביעה היה כ-95 מיל ימי (כ-176 ק"מ) מזרחית לאיי ברמודה. הים הסוער הקשה על פעולות ההצלה, ומתוך 35 האנשים שהיו על סיפונה ניצלו רק 11. הם נאספו בפעולות ההצלה בהם השתתפו ארבע אניות סוחר: האונייה הראשונה שהגיעה לאזור המצוקה הייתה אונייה הודית, לאחר מכן הגיעו בהפרשי זמן שונים שלוש אניות נוספות, אונייה גרמנית, אונייה נורבגית ואונייה בדגל סינגפור. עוד השתתפו בהצלה ספינות פריגטות ומסוקים של הצי של ארצות הברית.
בסיום פעולות ההצלה התבררו ממדי האסון: עשרים וארבעה מאנשי הצוות, כולל הקברניט לוין ניספו באסון. רק אחד עשר ניצולים נמשו מן הים ונותרו בחיים.
ועדת חקירה שר התחבורה דאז, חיים לנדאו, מינה זמן קצר לאחר האסון ועדת חקירה ממלכתית לבדיקת נסיבות טביעתה של "מצדה" בראשותו של היועץ המשפטי לממשלה לשעבר, הפרקליט משה בן זאב. חברי הוועדה היו אלוף (מיל') בנימין תלם, לשעבר מפקד חיל-הים, רב חובל מרדכי קופר והמהנדס יצחק שכטרמן. הוועדה שמעה עדויות מאנשי צוות מצדה שניצלו. לוועדה הוגשו חוות דעת של אנשי מקצוע. הוועדה קובעת כי "טביעתה של מצדה והמספר הגדול של הנספים נגרמו בגלל ים עוין והצטברות של שגיאות אנוש".
עיינתי עיין היטב בדוח ועדת החקירה הנה כמה דברים ומסקנות שעולים ממנה: מעדות רב החובל הפעם האחרונה שבה בוצעה מדידה יומית של גובה נוזלים במכלים ובשיפולי המחסנים הייתה ב-28.2.81 או ב-1.3.81 כשבוע לפני טביעת האונייה וזאת מחמת תנאי מזג האוויר. הדבר מנע מפיקוד האניה מידע חיוני על מצב האונייה באותם ימים. ועדת החקירה מציינת כי העובדה שלא נעשו מדידות ידניות על-ידי צוות בסיפון במשך שבוע או 8 ימים עד הטביעה - אין לה הסבר וצידוק.
ועדת החקירה קובעת במסקנותיה כי פיקוד האונייה טעה בהערכת המצב ובאי הזעקת עזרה מוקדם יותר. מדוח הוועדה עולה עוד, כי כאשר התברר לפיקוד האונייה שהאונייה תינטש היה צריך להפסיק את פעולת המנוע והמדחף. ולפי עדויות בעת טביעת האונייה פעל המדחף והדבר כנראה החיש את טביעת האונייה.
נטישה לא מסודרת מאורגנת ממסקנות הוועדה עולה כי נטישת האונייה על-ידי הצוות הייתה לא מסודרת ולא מאורגנת וכי צוות האונייה לא היה מיומן ומתורגל דיו בהפעלת ציוד ההצלה ובהתנהגות בסירות הצלה בים סוער במקרה חירום. מעדויות של ניצולים עולה כי איש מפיקוד האונייה, לא הקברניט ולא אנשי הקצונה, לא דיבר בשעות שלפני הנטישה עם האנשים שהיו על ספינה והיו שרויים במצב רוח מדוכדך מלאי חרדה. לא מסרו להם מידע על המתהוה, לא עודדו אותם ולא תרגלו אותם למקרה של נטישה.
בדוח הוועדה נאמר: "רב חובל גרא לוין ז"ל נשאר, לפי כל העדויות ששמענו, אחרון על האונייה, כמיטב המסורת הימית.
הרב גורן התיר את עגונות ימי מצדה אחר הטביעה נשארו כמה מנשות הימאים עגונות. אחת מהם ביקשה להינשא, ופנתה לבית הדין. הנושא הובא בפני הרב הראשי לישראל שלמה גורן וזה לאחר שבחן את המקרים פסק כי יש להתיר אותן מעגינותן מאחר שאין סבירות שיש ניצולים נוספים מטביעת האונייה. נספי אסון אניית מצדה מונצחים באתר ההנצחה בחיפה לימאי צי הסוחר שמקום קבורתם אינו ידוע.