למרות פסילת הספרים, חייב פקיד השומה לבסס את השומה לפי מיטב השפיטה שהוציא לנישום על בסיס הנתונים הרלוונטיים לעסק וההיגיון הכלכלי. כך קובע (4.5.15) בית המשפט.
עלי עסק בעיסוקים שונים אשר כללו כריתה, גיזום, מכירת עצים להסקה, הובלות והפעלת מונית. לכן חלה עליו תוספת י"א להוראות ניהול ספרים, אשר עניינה "ניהול פנקסי חשבונות על-ידי נותני שירותים ואחרים", לרבות ספר תקבולים ותשלומים, שוברי קבלה, סרט קופה רושמת, ספר הזמנות, תיק תיעוד חוץ, רשימת מלאי לסוף שנה וספר הובלות.
פקיד השומה מצא, כי עלי אינו עומד בדרישות אלו. עלי נדרש להציג את ספריו, אולם לא הציג ספר הזמנות, כנדרש בסעיף 2(ג)(4) לתוספת, ולא הציג ספר הובלות כנדרש בסעיף 3(3) לתוספת. כן מצא פקיד השומה, כי חשבוניות המס אשר הוציא עלי אינן מפורטות כנדרש ולא ניתן ללמוד מהן מהו השירות אשר ניתן, איזה טובין נמכרו, מהן כמויות וכדומה.
ספר ההזמנות הומצא רק לאחר הגשת הערעור לבית המשפט. עיון בספר ההזמנות העלה, לקביעת בית המשפט, כי ההזמנות רשומות באותה צורה. כתב היד בכל ההזמנות נחזה להיות כתב יד אחד, ומבלי להיות מומחה ניתן להניח שאדם אחד כתב את כל ההזמנות. גם הסימונים על גבי ההזמנות, התאריכים, ניסוח ההזמנות וכדומה, נראים כאילו נכתבו בעת ובעונה אחת על-ידי אדם אחד. גם ספר ההובלות הומצא רק לאחר הגשת הערעור. אף לגביו קבע בית המשפט, כי נראה שהוא נכתב בידי אדם אחד ברצף אחד ובאותו עט.
חשבוניות המס שהוציא על-ידי עלי לא כללו פירוט מספיק, לא פורטו כמויות או משקל, סוגי העץ וכדומה. אין גם פירוט ראוי של שמות הלקוחות ופרטיהם. עלי גם לא החזיק רשימות מלאי. למרות שבעסק כמו שלו יש קושי בתיאור מדויק של המלאי, מכיוון שישנם סוגי עצים שונים, יש צורך בניקוי העצים וכו', קבע בית המשפט שתיאור סביר הוא אפשרי ואף הכרחי למעקב אחר תנועת המלאי ולצורך הביקורת על פעילות העסק.
בית המשפט קבע, כי פקיד השומה אינו יכול לפעול בשרירות לב ובקלות דעת, אלא עליו לבסס את אומדניו והערכותיו על נקודות אחיזה במציאות הכלכלית, בנסיונו ובראיות אשר הוצגו (ע"א 8082/09, ע"א 8375/06). את ההערכות, ההשערות והאומדנים צריך פקיד השומה להסביר ולהבהיר, אולם ככל שלא נפל פגם בהערכות אלו והן מעוגנות בנתונים סבירים, בניסיון המקצועי וברסיסי המידע המצוי (ע"א 352/86) לא יתערב בית המשפט בשומתו של פקיד השומה.
בית המשפט יתערב בשומה רק במקרים חריגים, כגון אם יתברר שפקיד השומה טעה בהערכת הנתונים הקיימים, טעה בפרשנות הדין או ביסס את הערכותיו על נתונים מטעים או בלתי סבירים (ע"א 5200/06). הנטל לשכנע שיש מקום להתערבות שיפוטית מוטל על כתפי הנישום (ע"א 42/84, ע"א 112/86). כדי להרים את הנטל לא די באמירות כלליות ובעדויות בעל-פה, אלא על הנישום להציג ראיות אוביקטיביות לתמיכה בטענותיו.
בעניין עלי קבע בית המשפט, כי תחשיב פקיד השומה לפיו יש לעלי הכנסות מהובלות בסך 1,000 שקל בכל יום אינו סביר. חישוב סביר של ימי העבודה בהובלת מטען צריך להביא בחשבון את ימי העבודה אשר בהם הועסקה המשאית בעסק בלבד. על כן קובע בית המשפט, כי יש לחשב את תוספת ההכנסה מהובלות על 15 ימים בחודש ובסך-הכל 180 ימים. כלומר: יש לקבוע, כי לעלי תוספת הכנסה מהובלות בסך 180,000 שקל בכל שנה, במקום 285,000 שקל שקבע פקיד השומה.
בנוסף, דחה בית המשפט את תוספת ההכנסה שקבע פקיד השומה בגין סכומים שהופקדו בבנק שעלו על ההכנסות המדווחות של עלי. הוא גם דחה את תוספת ההכנסה שקבע פקיד השומה בגין מזומנים והמחאות מאנשים שונים, שנתפסו על-ידי אנשי החקירות בביתו של עלי, בסך 300,000 שקל.
בית המשפט קבע, כי די בקביעה לפיה היו לעלי הכנסות נוספות מעסקות אשר לא דווחו, כדי להוות הסבר למקורם של הנכסים הנוספים. חיובו של נישום בגין הנכסים אשר נמצאו, ביחד עם חיובו בגין הכנסות אשר אינן מדווחות, עלול להביא לחיוב כפול.