נישומים לא מעטים בוחרים שלא לדרוש את הפטור ממס במכירת דירת מגורים מזכה, בסברם שאינם זקוקים לו. התופעה רווחת בייחוד בשנים האחרונות, לאחר שבעקבות פ"ד מ.ל. השקעות ותיקון החקיקה, הוצאות מימון (לדוגמה משכנתא) מוכרות כניכוי מהשבח. כתוצאה מכך, פעמים רבות עליית ערך הדירה אינה שקולה כנגד הוצאות המימון והוצאות נוספות שהוצאו, כך שמכירת הדירה ללא פטור עשויה להוביל להפסד הון הניתן לקיזוז כנגד רווחים אחרים החייבים במס (לרבות רווחי הון מני"ע).
עם זאת, חשוב להיות מודעים שאי דרישת הפטור מגלמת סיכון בלתי מבוטל, בייחוד כאשר הדירה הושכרה במהלך תקופת החזקתה בהשכרה למגורים. בהתאם להוראת ביצוע מיום 27.2.07 של רשות המיסים, גם כאשר מדובר בהשכרה הפטורה לחלוטין ממס, עדיין ייחשב המוכר כאילו דרש פחת במהלך שנות ההשכרה. כתוצאה מכך, עלות הדירה במכירה תקטן באופן משמעותי, ועשוי איפוא להיווצר שבח במכירה.
אף שההוראה מתייחסת בעיקרה לפחת, היא חלה ככל הנראה גם על הוצאות אחרות, כגון הוצאות מימון. הוצאות אלה לא יותרו לצורך הקטנת השבח במכירה, גם כאן - בטיעון שבאופן עקרוני ניתן היה לדרשן במס הכנסה, אלא שהמוכר החליט מטעמיו שלו, לבחור במסלול פטור.
אף שההוראה חלה לכאורה רק על מי שהשכיר למגורים (ורק על התקופות בהן הושכרה הדירה למגורים), הרי שצפויה מחלוקת לא פשוטה גם בקשר לשאלה העובדתית. בהתאם להוראת הביצוע - בכל מקרה בו כתובת הדירה הנמכרת אינה זהה לכתובת מגורי המוכר (לפי בנק כתובות של רשויות המס), הרי שיש להניח כי היא שימשה להשכרה - אלא אם הוכיח הנישום אחרת. כתוצאה מכך, נישומים לא מעטים שקיימת דירה בבעלותם המשמשת לדוגמה למגורי למגורי הילדים, ככתובת שניה, או אפילו נותרה ריקה - צפויים להידרש ע"י רשויות מיסוי מקרקעין להוכיח כי לא השכירו את הדירה במהלך השנים!
ניתן בהחלט לחלוק על התקפות המשפטית של האמור בהוראת הביצוע. כך לדוגמה, כאשר ביקש המחוקק להתחשב בפחת גם כאשר לא נדרש בפועל (לדוגמה ביחס להשכרה החייבת במס של 10% לפי סעיף 122 לפקודה) - עשה זאת במפורש בפקודת מס הכנסה. העובדה שלא עשה כן ביחס להשכרה פטורה מלמדת כי אין מקום לייחוס רעיוני של פחת כאמור. זאת ועוד, ניתן גם לטעון כי אין מקום להכיר בניכוי פחת כנגד הכנסה פטורה, בדיוק כפי שאין מקום לקזז הפסדים כנגד הכנסה פטורה או החייבת בשיעורי מס נמוכים (ע"א 2/69 לה נסיונל).
עם זאת, בסוגייה אין הכרעה חד-משמעית ועל כן טענות הנגד יפות בעיקרן ביחס למוכרים שאין באפשרותם לבקש פטור. לכל אלה הזכאים לפטור מוצע אכן לדרוש אותו, על-מנת להימנע ממחלוקות מיותרות. לחילופין - ניתן לבקש במפורש במכתב הנלווה לדיווח כי אם וככל שבכל זאת יחול חיוב, הרי שאז ניתן יהיה להגיש בקשה לפטור בתוך 3 חודשים, וזאת בהתאם להוראת ביצוע מספר 10/97.