רוב טיפולי הפוריות בתסמונת השחלות הפוליציסטיות מכוונים לגרימת ביוץ. בנשים עם השמנת יתר, ההמלצה הראשונה הינה לאבד באמצעות דיאטה דלת פחממות ופעילות גופנית כ-15%-10% ממשקל הגוף.
המלצה זאת אף אם היא קשה לביצוע משנדמה, מניבה יתרונות גדולים. כניסה למשטר והרגלי תזונה נכונים המוקנים בעזרת דיאטנים יאפשרו לשמר את ההישג לזמן רב, מעבר לזמן הטיפולים וההריון. מאידך, ההרזייה יכולה לגרות לעיתים לוסת סדירה, לביוץ ולהריונות ספונטניים ללא כל תוספת של טיפול תרופתי.
אם המטרה לא מושגת, עצם האיזון הדיאטטי עם או ללא הירידה במשקל, ישפרו את התגובה לטיפולי הפוריות התרופתיים. דיאטה, פעילות גופנית וניסיון לרזות חשובים עוד יותר בנשים שכבר מגלות אי סבילות לסוכרים. במקרים אלו עשויה דיאטה ופעילות גופנית להביא לאיזון הסוכרת. אם המטרה לא הושגה בדיאטה, בנשים אלו מקובל לאזן את הסוכרת בעזרת כדורי מטפורמין, שעשויים גם לתקן את הביוץ.
באם כל הטיפולים הנ"ל לא צלחו ובהנחה שכל יתר הסיבות ההורמונליות להפרעה בביוץ נבדקו, משתמשים בתרופות הגורמות ישירות לגירוי השחלה וביוץ. התרופות הינם משתי קבוצות. מחד כדורי איקקלומין אותם נהוג לתת למשך מספר חודשים (4-2) עם או ללא הזרעה במינונים משתנים, כדורים אלו גורמים לביוץ בכ-80% מהנשים ולהריונות ב-25%.
קבוצת תרופות שנייה ניתנת בזריקות ושמם הכללי הוא גונדוטרופינים. הורומונים אלו הדומים או זהים להורמונים המופרשים בגוף, מופקים בשיטות הנדסה גנטית או אף משתן של נשים בבלות שעובר טיהור כמעט מוחלט מחומרים אחרים לתרופות אלו שמות מסחריים רבים כגון: גונאל F, פיורגון, מנוגון פוסטימון ועוד והן מכילות בעיקר FSH, ובחלקם גם LH. קיימת טענה שלא הוכחה דיה שבנשים עם עודף יחסי של LH כמו נשים עם תסמנת השחלות הפוליציסטיות, התרופות שאינן מכילות כלל LH, עדיפות.
נשים עם שחלות פוליצסטיות חשופות מאוד לגירוי יתר שחלתי במהלך הטיפול. בנשים אלו גם מינון נמוך של גונדוטרופינים יכול לגרום לעשרות זקיקים לצמוח בשחלות. התוצאה יכולה להתבטא בהתרחבות של השחלות, בחילות הקאות ויציאה של נוזלים מכלי הדם לחללי הגוף השונים, כמו בטן וחזה.
התופעות שכיחות יותר באם הושג הריון, במיוחד הריון מרובה עוברים, זאת בשל הגירוי המתמשך של השחלות על-ידי הורמוני ההריון, ואכן בלמעלה משני שלישים מהנשים עם גירוי יתר מגלים הריון. עובדה זאת מסבירה מדוע כה קשה להימנע מגירוי יתר שחלתי מחד ומדוע משהושג הריון גירוי היתר נמשך זמן ארוך יותר ובדרגת חומרה גבוהה יותר.
אחד הטיפולים השנויים במחלוקת הינו הטיפול בצריבת שחלות. טיפול זה נעשה בדרך-כלל בלפרוסקופיה ובעזרת מחט חשמלית, צורבים חורים מספר על-פני שחלה אחת או שתיים. בטיפול זה נרשמו מצבים של חזרה מהירה של הוסתות, ביוצים סדירים ואף הריונות.
החסרונות בשיטה, הינם הצורך בהרדמה, העובדה שהתיקון הינו לפרק זמן מוגבל לא ידוע. בנוסף קיימים סיכונים להדבקויות שיווצרו סביב השחלות והחשוב מכל שצריבה מוגזמת יכולה לפגוע באוכלוסיה רבה מדי של זקיקים.
כידוע הזקיקים בשחלה הולכים ופוחתים במספרם במשך השנים, וההסבר (גם אם לא הוכח) להצלחת הטיפול בצריבה קשור בפגיעה במסת הזקיקים והפחתה בריכוז ההורמונים האנדרוגנים הנוצרים ומופרשים מהשחלה. פגיעה נרחבת יותר עלולה להסתיים בנזק לא הפיך לפוריותה של האישה ולמספר הזקיקים הנותרים בשחלה. יש צורך להכיר את השיטה ולהתאימה לאלו שיכולים ליהנות מיתרונותיה, אך השימוש המועט בה מעיד שהסיכון שבה מפחיד הן את הרופאים והן את המטופלות. בכל מקרה שיעור הביוצים איננו טוב יותר מהטיפול התרופתי.