פעולות הגמול הראשונות נכשלו: חיילים לא הצליחו להגיע ליעדם, או שנמלטו כאשר נורתה עליהם אש (למשל, בפרשת
הכפר אידנה). על כן הוחלט על הקמת יחידה 101, שתתמחה בסיור ובלוחמה זעירה.
מפקדה, אריאל שרון, טיפח בקרב לוחמיו יוזמה וחשיבה בלתי שגרתית. האווירה המיוחדת שאיפיינה את היחידה הייתה הכרחית להיחלצות מהרגלי החשיבה הבלתי רלוונטיים, ששלטו אז בתרבות הצבאית הישראלית עוד מימי הפלמ"ח, ורק בזכותה התאפשר פיתוחם של שיטות ועקרונות חדשים ללחימה בטרור.
אף שהיחידה קצרה עד מהרה הצלחות מבצעיות מעוררות התפעלות, היא גם עוררה תשומת לב שלילית בישראל ובעולם. כדי להבין לאשורה את המחלוקת סביב פעולות הגמול, יש לעמוד על ההבדלים המהותיים בינן לבין פעולות מלחמה קונבנציונליות.
ראשית, האבחנה בין לוחמים לאזרחים הייתה מטבע הדברים בעייתית. המלחמה, שהערבים הכריזו על היהודים ועל מדינתם, הייתה בהכללה-לא-גסה מלחמתו של העם הערבי נגד העם היהודי יותר מאשר מלחמה בין מדינות. לקחו בה חלק, לצד הצבאות הערביים הסדירים – כנופיות, ארגונים ואנשים מן השורה. כך היה גם בתקופת הפדאיון, כאשר עקבותיהם של מרצחים ערבים הובילו אל הכפרים הסמוכים לגבול. לפיכך, פעולות הגמול הראשונות נעשו בכפרים הערביים, וכל גבר ערבי היה בחזקת אויב. האשמות בדבר "טבח" ו"פשעי מלחמה" ילוו אפוא את היחידה ואת מפקדיה זמן רב לאחר התפרקותה. לתיקון תדמיתה הנקמנית לא סייעו פעולות כמו "מבצע שושנה", שבו נהרגו כ-70 אזרחים ירדנים, או נקמת הדם שנקט לוחם היחידה המהולל, מאיר הר-ציון, בחסלו – על דעת עצמו – כמה מבני השבט הבדואי אשר ממנו יצאו מי שרצחו את אחותו הצעירה, בעת טיולה הרגלי עם ידיד.
בעיני רבים, בפעולות הגמול איבדה ישראל את יתרונה המוסרי. כך סבר, בין השאר, גם ראש ממשלת ישראל דאז, משה שרת, אשר כתב ביומנו לאחר פיגוע אכזרי במעלה-עקרבים: "מעשה תגובה על מרחץ דמים זה רק יטשטש את רושמו המחריד, ויעמיד אותנו בדרגה שווה עם המרצחים מהצד שכנגד".
אלא שבתקופה בה כמעט כל גבר ערבי נשא נשק והיה מוכן להשתמש בו נגד יהודים, הגדרת ה"אויב" של מבצעי פעולות הגמול לא הייתה משוללת בסיס. ואכן, אפילו בפעולות שנעשו בכפרים "אזרחיים" – בניגוד למאפייניו של טבח, גם לתוקפים הישראלים היו אבידות, לעתים לא מעטות; ובאשר לטענה שהייתה זו "ירידה לרמה" של אויבי ישראל, הרי שזהו רעיון פציפיסטי משהו, בלתי יהודי ובלתי מוסרי. בניגוד למוסר הנוצרי של "הפנה את הלחי השנייה", על-פי מורשת ישראל – "הקם להורגך השכם להורגו". זאת ועוד, בבסיס האידיאל הציוני נמצא הצו המוסרי שלא נהיה עוד חסרי אונים, ולא נרשה שוב שדמנו יהיה הפקר. בניגוד לדבריו של שרת, קביעת התנ"ך, כי "ארור מונע חרבו מדם!" (ירמיהו, מ"ח, י') – נתאמתה בהיסטוריה הטראגית של העם היהודי.
ההתנגדות לפעולות הגמול מתבססת גם על חוסר יעילותן לכאורה. ההיסטוריון הצבאי יוסף ארגמן כותב בספרו "מלחמת הצללים" (2007), כי בראיה לאחור פעולות הגמול "לא ממש הורידו את הערבים על הברכיים". לדבריו, הן היו "עוד אחד מאותם ניסיונות חוזרים-ונשנים להבהיר להם כי 'אנחנו רציניים ולא כדאי לכם להתעסק איתנו'. עם זאת, היסטוריונים מסכימים כי מן ההיבט האסטרטגי זה לא ממש עזר". על-פי גישה זו, מכה תחת מכה רק מולידה "מעגל דמים" אינסופי, כשכל צד נוקם באחר על הפעולה האחרונה שננקטה נגדו. או כדברי הדלאי לאמה: "עין תחת עין ושן תחת שן משאירים את כולם עיוורים ומחוסרי שיניים".
אולם, מבחינה היסטורית לא קשה להפריך את מיתוס "מעגל הדמים". פרעות של ערבים ביהודים נעשו הרבה לפני שיהודים פגעו או שלטו בערבים, והן רק החמירו ככל שהיישוב העברי הפגין חולשה בהבלגתו. בנקל ניתן להראות שהטרור הערבי אינו תוצאה של רגשי נקם, אלא התנגדות בסיסית מהותית לעצם הרעיון של "מדינה יהודית בארץ ישראל". הפגנת חולשה רק תעודד אפוא את התוקפנות, ואילו עמידה בתוקף נגד הטרור, אף תוך גביית מחיר כבד עבורו ממבצעיו – תנפץ כל תקווה להביס את ישראל. או-אז תהיה השלמה, גם אם רפה, עם קיומנו כאן. פעולות הגמול לא היו אלא ביטוי לגישה זו, שאותה הגדיר לראשונה זאב ז'בוטינסקי, המנהיג הציוני מימי המנדט הבריטי, ושאותה אימצו הלכה למעשה דוד בן-גוריון וחבריו להנהגה. היום, כאשר התקווה לגרשנו או לחסלנו עודנה קיימת בליבם של רבים, עיקרון מנחה זה אשר מונח ביסוד פעולות הגמול הינו אקטואלי כאז.
קשה להפריז בחשיבותן של יחידה 101 ושל פעולותיה בהיסטוריה של צה"ל. דמות המפקד הישראלי, עקרונות הלחימה הצה"ליים ותפיסת הביטחון הישראלית – בכולם ניתן למצוא את טביעת אצבעותיה של אותה קבוצה קטנה בת 50 אנשים לכל היותר, שפעלה במשך חמישה חודשים בלבד, בתחילת שנות ה-50'. חשיבות מיוחדת יש לדרך שהתוותה היחידה להתמודדות עם הטרור הערבי: לא נקמנות, ולא תאוות דם, כי אם גביית מחיר מן המרצחים עצמם ומתומכיהם, למען יידעו מהן ההשלכות לשפיכת דם יהודי. אין ספק שהעתקת הלחימה אל שטח האויב, בניגוד להתגוננות באמצעות ישיבה על הגדר, העניקה לצה"ל את הביטחון העצמי, התנופה והיוזמה, ששירתו אותו היטב במלחמות שלאחר מכן. לא בכדי נאמר, שמבצע סיני לא היה אלא פעולת גמול נוספת, גדולה מן הרגיל.
עם זאת, סמוך ליום העצמאות ה-61, אולי ראוי שנזכיר את הגמול המשמעותי ביותר על ניסיונותיהם של הערבים לחסלנו או להפחידנו: 61 שנים, וישראל עודנה קיימת ומשגשגת, על אף האיומים ולנוכח האתגרים, ועוד הזרוע נטויה.