ידוע כי הרמב"ם חולק על המדברים [הפילוסופים הערבים בני זמנו], וכאן המקום לפירוט יתר בנושא זה, ומחלוקת זו קשורה לפרשת במדבר כפי שיובהר בהמשך.
המדברים (הכלאם) מתחלקים לשתי אסכולות: האחת היא המועתזילה, הגורסת כי רצונו של אלוהים כפוף לתבונה, ולפיכך ברור כי הרמב"ם רחוק מאסכולה זו, בכך שאינו רואה דבר המצוי מעל ה' או המשפיע בדרך כלשהי על ה'. האסכולה השנייה היא הא-שעריה, הגורסת כי כל אירוע בעולם הוא רצונו של האל ופרי הכרעתו
השרירותית, לאמור, לאדם עצמו אין שום שליטה ואין כל השפעה על הארועים, ויתרה מכך, הוא גם אינו מסוגל לנבא אותם או להבינם, כי כל הארועים בעולמנו לפי הא-שעריה נקבעים לא על-פי חוק כלשהו (כי הרי השרירות היא היפוכה של החוקיות). השקפה זו אינה מאפשרת כלל לנסח חוקי טבע - ואילו לפי הרמב"ם, העולם מתנהל על-פי חוקי הטבע שנוצרו על-ידי ההשגחה.
חוקי הטבע נקראים צורות.
אמנם הצורות הן בנות כורח מסוים, לאמור, דבר נובע מדבר אחר הקודם לו והגורם לו, אך אף על-פי כן נותרת בידי האדם גם הכרעה שאינה נשלטת על-ידי חוקי הטבע. לדוגמא: [על-פי פונקשטיין - בספרו "טבע, היסטוריה ומשיחיות אצל הרמב"ם" בהוצאת משרד הביטחון תל אביב 1983]:
לשם הכנת שולחן ראוי לשמו, צריך להשתמש בעץ הטוב ביותר, נניח - מהגוני, המצוי ביער הגדל באי הקרוי סומאטרה. הנגר הרוצה ליצור את השולחן המושלם, נוסע לאי סומאטרה, אל אותו יער עצי המהגוני, אך כשהוא בא לשלב בחירת העץ הספציפי כדי להרכיב ממנו את השולחן המושלם, עליו להכריע בעצמו - האם לבחור בעץ שמימינו או לבחור בעץ שמשמאלו. אלמנט מקרי זה של בחירה אקראית באותו העץ שממנו ייבנה השולחן, הוא חלק אינטגרלי מהטבע. להגיע לסומאטרה ושם אל יער עצי המהגוני - אלו לא ארועים מקריים, אלא שרשרת צורות הנובעות מהמטרה, אך לבחור בין העץ מימין לבין העץ משמאל, ששניהם עצי מהגוני משובחים, שווים בתכונותיהם - זו החלטה אקראית. המקריות היא חלק מהטבע. ומכאן לטעמי המצוות: לכל מצווה יש מרכיב של מקריות. אף אם נדע מהו הטעם למצוות הקרבת הקורבן, לא נדע מדוע נדרש לקיום המצווה דווקא איל ולא כבש, ולא נדע מדוע נדרשים שניים ולא שלושה קורבנות. לפיכך, טעם המצוות אינו מוחלט. דומה טעם המצוות הברור לנו - להחלטות המתבקשות להגיע לסומאטרה ושם לפקוד את יער עצי המהגוני, ודומה היעדר הטעם באיל דווקא או בשני בני יונה ולא בשלושה - להעדפת העץ מימין או משמאל.
הדטרמיניזם המסויג הזה של הרמב"ם, מסביר כיצד מתנהל העולם ברציפות וללא ארועים חדים, שהם היו אמורים להיות בגדר נסים לו היו מתקיימים. במורה הנבוכים חלק ג' פרק ל"ב, מסביר הרמב"ם את הימנעות אלוהים מלהתערב במהלכו של עולם פרט לפרט, תוך השארת התהליכים להתנהל על-פי חוקיו, הכוללים את שני המרכיבים כמתואר. כך נמנע ה' מלקצר את דרכם של יוצאי מצרים לארץ ישראל כדי לאפשר להם להתנהל במסעיהם במדבר בהתאם לחוקי הטבע, לרבות טבעו ומזגו הנורמלי של האדם; וכן מסביר הרמב"ם גם את טעם הקורבנות - אף שהם בדרגה נמוכה יותר מן התפילה. וכך אומר הרמב"ם שם, להבהרת שתי הדוגמאות הללו [יציאת מצרים וטעם הקורבנות]:
"והיה הנוהג המפורסם בעולם כולו הרגיל אז, והעבודה הכללית אשר גדלנו עליה, הייתה הקרבת מיני בעלי החיים באותן ההיכלות שמעמידים בהן הצורות, וההשתחוויה להן, והנחת הקטורת לפניהם... לפיכך לא חייבה חכמתו יתעלה וניהולו הגלוי בכל ברואיו, שיצווה אותנו בעזיבת כל מיני העבודות הללו ולהזניחם ולבטלם, לפי שזה היה אז מה שלא יתכן לקבלו, לפי טבע האדם שהוא נינוח תמיד במורגל".
ועוד שם:
"...ולא נחם אלוהים דרך ארץ פלשתים כי קרוב הוא וגו', ויסב אלוהים את העם דרך המדבר ים סוף, והנה כמו שהסב ה' אותם מן הדרך הישרה שהיא הייתה המטרה הראשונה מחמת חשש מה שאין יכולת לגופותיהם עליו כפי הטבע, לדרך אחרת כדי שתתקיים המטרה הראשונה, כך ציווה ה' מצוות אלו אשר הזכרנו מחמת חשש מה שאין יכולת לנפש לקבלו כפי הטבע כדי שתושג המטרה הראשונה, והיא השגתו יתעלה ועזיבת עבודה זרה".
הרמב"ם מסביר בהמשך כי לעניין הקורבנות, לא רצה ה' לעשות נס של מעבר חד מעבודת אלילים אשר הייתה שגורה בעולם, אל התפילה שכל עניינה בדיבור ולא בעשייה כפי שבעבודת האלילים, ולכן המעבר לאמונה בה' היה הדרגתי וטבעי, דרך צמצום הקרבנות מבחינת מיקום - רק במקום אחד הנבחר על-ידי ה', ודרך נושא - הקרבת הקורבנות רק לה'. כך נוהג ההמון נשאר כשהיה ללא מעבר חד, אך גם מושגת עבודת ה', אל אחד, להבדיל מעבודת אלילים.
לעניין יציאת מצרים, מסביר הרמב"ם כי הרי יכל ה' להעבירם בדרך המקוצרת הישר מעבדות אל סבך מלחמת כיבוש הארץ ואל החופש, וברצותו היו גם כובשים את הארץ; אולם מעבר כזה היה אמור להתלוות במעשי נסים, שכן עם עבדים הנשלט מאות שנים אינו כשיר כלל למלחמה. מכיוון שהעולם מתנהל כמנהגו, ללא נס, ובהתאמה לחוקי הטבע ולטבעו של האדם, נאלצו בני ישראל לעבור את כל תלאות המדבר, שם גם נחשלו והוכשרו לכיבוש הארץ שלא על-ידי נסים, "כפי שכבר ידוע כי המדבריות ופראות הגוף מביאים אומץ, והפך זה מביא מורך, וגם נולד עם אשר לא הורגל לכניעה ולעבדות".
והמסקנה היא אחת:
"הרי טבע אישי בני האדם לא ישנה אותם ה' כלל על דרך הנס... ולא אמרנו זאת מפני שאנו בדעה כי שינוי טבע אחד מאישי בני אדם קשה עליו יתעלה, אלא זה אפשרי והוא נמצא תחת היכולת, אלא שלא רצה כלל לעשות זה, ולא ירצהו לעולם, כפי היסודות החוקתיים התורתיים, ואילו היה מרצונו לשנות טבע כל אחד מבני האדם למה שירצה יתעלה מאותו אדם, כי אז היו בטלים שליחת הנביאים וכל הציווי כולו".
גם לגבי העתיד דעת הרמב"ם היא כי לא יהיו נסים בניגוד לטבע האדם ולנוהגו של העולם.