1. הפחתת צריכת רעלים:
צום הינו הכלי הטיפולי הטוב ביותר לניקוי, שכן בזמן הצום הגוף אינו צורך רעלים נוספים ומתפנה לפירוק ולפינוי מאגרים קיימים. צום על בסיס מים בלבד, הוא אחד משיטות הטיפול הקדומות ומתועד בכתבי הרמב"ם ובתרבויות רבות אחרות.
ישנן שיטות צום ארוך - הנעות בין שלושה שבועות לשלושה חודשים ומערבות בדרך-כלל גם חוקנים לניקוי המעיים. הידועות שבהן הן שיטת שלטון (Shelton) ושיטת מאייר. צום מסוג זה יעשה אך ורק במסגרת המיועדת לכך, תחת פיקוח והשגחה רפואית.
השימושים הנפוצים יותר בטיפול הנטורופתי הם: צום קצר הנערך בממוצע כ-5-3 ימים, וכן שיטות נוספות לניקוי כגון: צום מיצים (שתיית מיצי פירות וירקות ומים בלבד), מונו-דיאט - כלומר, צריכת מזון אחד בלבד למשך מספר ימים (למשל אורז מלא), שיטת אן-ויגמור, המבוססת על צריכת מזון צמחוני בלבד וידועה בשל השימוש במיץ עשב חיטה (המזרז תהליכי פינוי) ועוד דיאטות ניקוי שונות.
2. עידוד הכבד לנטרול ופירוק רעלים:
ישנן דרכים שונות להאצת פעילות הפירוק והפינוי של הכבד, למשל על-ידי שימוש בצמחי מרפא הידועים בהשפעתם על תפקודו התקין של הכבד (הנקראים צמחים אלטרטיביים).
מן הבולטים שבהם: שן-הארי (Taraxacum officinalis) וגדילן מצוי (Silybum). בנוסף, בכבד קיימת קבוצת אנזימים המכונה "ציטוכרום P-450" שעוזרת לפינוי רעלים שאינם מסיסים במים. ניתן לתגבר את פעילותה על-ידי צום, וכן על-ידי צריכת מזונות ורכיבי מזון שונים כגון: פירות הדר (למעט אשכוליות), זרעי שומר וקימל, משפחת המצליבים (כרוב, כרובית, ברוקולי וכו'), נבטוטים שונים, שום, בזיליקום ועוד.
3. עידוד מערכות ההפרשה להוצאת רעלים:
מערכת העיכול: חוקנים לניקוי המעיים, צריכה מוגברת של סיבים תזונתיים אשר מעודדים יציאות וכן סופחים מתכות כבדות ורעלים אחרים.
מערכת השתן: שתייה מרובה ולעיתים צריכת צמחים משתנים (כגון פטרוזיליה, "זקן-תירס"). פינוי מוגבר דרך מערכת הנשימה והעור על-ידי פעילות גופנית (בזמן צום - הליכה קלה וקפיצה בטרמפולינה נפלאות לניקוי לימפאטי), עיסויים לימפטיים, סאונה, ג'קוזי. אלו מגבירים זרימת דם, הזעה ופינוי רעלים בתהליך הנשיפה.
חשוב לציין, שהגוף באופן טבעי מגביר תהליכי פינוי פסולת בזמן חולי באמצעות הפרשות מוגברות: לדוגמה שלשול, נזלת, הפרשות ואגינליות ועוד.