חוק מס ערך מוסף נמנע בדרך-כלל מלהטיל מע"מ על עסקות במניות (לרבות של חברות פרטיות) וזאת בדרך של מיעוט "ניירות ערך" מהגדרת "נכס". חריג לכך הינן מניות באיגוד
מקרקעין, אלה הוכנסו במפורש להגדרת המונח "מקרקעין" בחוק מע"מ, ועל כן בהתקיים הנסיבות המתאימות (קיומה של "עסקה" או "עסקת אקראי") פעולה באיגוד מקרקעין עשויה להתחייב במע"מ. השאלה המתעוררת הינה מהו המחיר לצורך הטלת המע"מ.
שאלה זו התעוררה לאחרונה בפני בית המשפט המחוזי בתיק ע"מ 04-1036 מוסדן בע"מ נ' מנהל מס ערך מוסף גבעתיים. באותו עניין נדונו שתי עסקות של מכר מניות באיגודי מקרקעין: האחת נערכה בשנת 1998 והאחת בדצמבר 2002. המחלוקת הייתה ביחס ל-"מחיר העסקה" לצורך הטלת המע"מ. המערערת טענה כי המחיר (השווי) לצרכי מע"מ הינו בהתאם לשווי המניות. באותו נושא היה שוויין של המניות אפס, ועל כן ממילא גם המע"מ יהיה אפס. לעומת זאת, מנהל מע"מ גבעתיים טען, כי יש לעניין זה להתעלם מהמניות ולהטיל את המע"מ בהתאם לשווי המקרקעין עצמם (דהיינו ללא התחייבויות).
בעבר קבע סעיף 14 לחוק מיסוי מקרקעין פיקציה מפורשת לפיה גם מס השבח בעת פעולה באיגוד מקרקעין יחושב כאילו נמכר חלק יחסי מהמקרקעין. פיקציה זו בוטלה במסגרת תיקון 50 לחוק (בתוקף מ-7.11.01) אך לטענת מנהל מע"מ, העובדה כי לצורך מס הרכישה (להבדיל ממס השבח) נותרה הפיקציה בעינה מלמדת אף לעניין מע"מ שאף הוא מס עקיף בדומה למס הרכישה.
בית המשפט, בפסק דין מנומק של השופטת דניה קרת מאיר, דחה את עמדת רשויות מע"מ וקיבל את עמדת המערערת במלואה. נקבע כי חוק מע"מ קובע הוראה עצמאית וכללית באשר למחירה של עסקה שהיא התמורה אשר הוסכם עליה (סעיף 7 לחוק מע"מ). לפיכך, ההפניות לשווי במסגרת חוק מיסוי מקרקעין אינן רלוונטיות לצורך החלת המע"מ. עוד קובע בית המשפט, כי אף אם היה נותר ספק מסויים הרי שראוי שספק זה יפעל לטובת הנישום, שכן יש להעניק פירוש שאין בו כדי לחייב את האזרח להיפרד מהחופש האישי שלו או מרכושו ונכסיו. כתוצאה מהאמור לעיל קיבל בית המשפט את הערעור במלואו, בקבעו כי המע"מ יחול על שווי המניות (דהיינו אפס) גם ביחס לעסקה הראשונה שאירעה עוד לפני תיקון 50.
נציין, כי השאלה האם מדובר באיגוד מקרקעין אם לאו הינה שאלה מקדמית ובעלת חשיבות רבה. זו לא נדונה בפסק הדין מאחר שנפסקה בהליכים קודמים. עוד נצביע על כך שבעת האחרונה הושבה עטרה ליושנה ביחס לעיקרון פרשנות דיני המס לטובת הנישום, כפי שנקבע לאחרונה על-ידי בית המשפט העליון גם בעניין מודול בטון.