סיפור התפילות בהר הבית שונה מכל שאר המקומות והאתרים שבהם עניין קדושת המקום לתפילה יהודית היה קיים למעלה מ-2,000 שנה או שמסורת התפילה היהודית שם יש לה אחיזה של מסורת מדור לדור.
כך הם הדברים בכותל המערבי, במערת המכפלה, בקבר יוסף בשכם, בקבר שמעון בר יוחאי ובשאר קברי אבותינו ורבותינו. עד בוא הציונות, שימשו המקומות הללו גם מקום לתפילה עבור ערבים ודרוזים (להוציא הכותל המערבי שמיום גילוי היה מקום תפילה יהודי בלבד על סמך הפסוק "הכותל המערבי ששכינה לא זזה ממנו") ללא בעיות של חזקה או התנגשויות (להוציא מערת המכפלה שם הורשו היהודים להגיע עד המדרגה השביעית בלבד).
מיום שדרכו רגלי הציונות נוצלו המקומות הקדושים על ידה - במיוחד על-ידי הימין הציוני, להנפת דגל המריבה עליהם כדי להוכיח בעלות קולוניאלית. אבל הר הבית מעולם לא היה במסורת הזו. נהפוך הוא - לא רק שלא הייתה בו מסורת תפילה, אלא הוא אפילו נאסר על-ידי חכמי ישראל (לאחר חורבן הבית השני) מלעלות עליו מסיבות של קדושה וטומאה כשהאמונה הבסיסית היא שהבית השלישי יבנה בדרך נס מהשמים.
לאורך כל שנות הגלות לא היו כלל שאלות וקושיות בעניין הריחוק מהעלייה להר הבית וכי מי שיעשה זאת יתחייב בכרת - אחד מהעונשים הקשים ביותר על-פי ההלכה היהודית. עד לפני פחות מ-100 שנה ריחף הפחד הזה - מעלייה להר הבית על כל יהודי דתי. באותה תקופה עמדו המוסלמים לשפץ את מסגדיהם שעל הר הבית והימים ימי שלוט הטורקים. המהנדס שנתבקש לעשות זאת היה יהודי שומר תורה ומצוות. האיש חרד לגורלו - הפחד מהכרת והפחד מסירוב למלכות.
בתחילה ברח האיש מירושלים ורק אחר-כך חזר וביקש לשאול בעצת הרב יוסף חיים זוננפלד זצ"ל. האחרון התיר לו את העניין "משום שלום מלכות" ומשום "אי התגרות באומות העולם". והינה כיום דווקא אותם העולים להר הבית מתחייבים כרת משום מרידתם ומשום התגרותם! מסתבר שהמהפך הזה - להפוך את הר הבית האסור לעלייה ובוודאי שלתפילה, ולמקום של עבירה דתית והתגרות לאומנית לא חוללו חכמי הדת היהודית, כפי שרבים נוהגים לחשוב. ההתגרות באה על כידוני הבריטים מהצד החילוני דווקא, מכיוונם של הלאומנים במחנה הציוני, אנשי בית"ר של זאב ז'בוטינסקי האנטי דתי.
מיום בואם של הציונים להתנחלות בארץ הקודש, ניסו הללו לנצל את הסמלים הדתיים של דת ישראל לרעיונותיהם ולסיבת התנחלותם, אך ללא קשר להלכה היהודית. הרעיון להשתלט על הכותל המערבי היה דגל המאבק הציוני ומשבאו הבריטים לארץ ישראל נוצל הדבר על-ידי הציונים להעביר לרשותם את המקום ודווקא הרב החרדי זוננפלד זצ"ל התנגד לכך בראותו בכך אמצעי ציוני-חילוני לשנות את סדרי הקדושה היהודיים במקום, ולכן העדיף הלה שהוואקף המוסלמי ימשיך לשלוט במקום.
לימין הציוני של ז'בוטינסקי היו יומרות גדולות יותר - לכבוש את הר הבית ואף לפנות את המסגדים משם. היו גם הזויים שביניהם דיברו על בניית בית המקדש על-ידי הציונות האנטי-דתית! אחת הסיבות להתפרצות מאורעות תרפ"ט היה הניסיון הבית"רי לעלות להר הבית סיום תשעה באב ובעיצומו של הצום הקדוש כאשר הבית"רים החילוניים אינם מתייחסים כלל לצום, אלא שותים בו את ה"גזוז" שלהם.
לא לחינם הפך השם "עיד אל גזוז" לשם לעג בפי הערבים כנגד יום תשעה באב ברחבת הכותל המערבי. לימים אלה שעודדו את העלייה להר הבית והמציאו את ה"תפילה" שם היו בעיקר חילוניים ובראשם גרשון סולומון. עם השנים נסחפו לאומני המתנחלים ושאר ה"סרוגים" לרעיון ובהעדיפם - כמו תמיד, את הלאומנות והקולוניאליזם על דיני התורה הרי שגם הפעם הם רתמו את ההלכה למטרתם הלאומנית תוך שינויה, ורבניהם הפכו כ"פני הדור כפני הכלב" ולפתע מצאו "התרים" באיזה מקומות לדרוך בהר הבית ובאיזה לא לדרוך. גל השיגעון הזה החל מכיבוש ירושלים בשנת 1967 והתרחב עד ימינו אנו.
בתחילת העליות הללו - של חילוניים ו"סרוגים" (שההלכה מהם והלאה), להר הבית, הרי שהציבור החרדי הדיר רגליו משם ואף מחה נגד. אך עם חדירת הלאומנות לרחוב החרדי ומנגד עם ירידת האוטוריטה של גדולי ישראל בקרב היהדות החרדית גם בנושאים של הסכלה, צניעות ועוד הרי שגם כאן הותרה הרצועה אם כי עדיין - ברוך ה', במינון נמוך יותר. את הבעיה החרדית חזה עוד הרבי מבריסק - הגרי"ז סולובייצי'ק, שבסוף שנות ה-50 שמע יהודים חרדים כואבים על כך שהכותל המערבי וי"ם העתיקה אינם בידי מדינת ישראל.
הרבי מבריסק ענה להם כי "טוב הדבר שכך הוא שהרי אחרת היו כבר נמצאים מטורפים חרדים שהיו עולים להר הבית ועוברים על כרת". לבד מכל הקולות הרבניים החרדיים הקוראים לא לעלות להר הבית הרי שרק מפלגה חרדית אחת בלבד - שמשתתפת בבחירות בישראל, הודיעה כי בהיותה "מפלגת שלום" היא תילחם נגד העלייה להר הבית ותיאבק גם נגד ה"סרוגים" העולים להר.
המפלגה הזו הוסיפה, כי תילחם פוליטית להמשך ה"סטאטוס קוו" בשליטת הדתות השונות על המקומות הקדושים שלהם מבלי לדחוק זו או אחרת. המפלגה הזו היא מפלגת "בני תורה" שהתפלגה מ"דגל התורה" ובבחירות המוניציפאליות האחרונות הכניסה מנדט לעיריית ירושלים, שני מנדטים לעיריית בני ברק ושני מנדטים לעיריית מודיעין עילית.
סגן שר הדתות, ח"כ אליהו בן דהן, מנסה לכפות את דעתו הלאומנית ודעת רבותיו ה"סרוגים" על ה"רבנים הראשיים" ברומזו להם רשמית ש"הגיע הזמן לשנות את ההוראה ולאפשר עליה להר הבית, לאחר שרבנים התירו זאת". בן דהן חפץ בשינוי ההוראה הזו לקבוע מטעם משרד הדתות בעלות על הר הבית ולהקים במקום מקום תפילה שלא היה מעולם ועוד במקום שבכלל אסור ליהודי לדרוך עליו. ובאשר לכל אותם "התרי רבנים" הרי שה"התרים" הללו מבוטלים כי חכמי הדורות האחרונים בודאי שאינם רשאים להתיר את מה שחכמי המשנה והתלמוד אסרו.