שיקול הגיוני בניהול משאבי מים בכלל ומי תהום בפרט מוביל לעיתים לתוצאה חסרת היגיון. הצורך בהשקיית המדבר, במרכז אסיה, שגרם לייבוש ימת ארל הינה דוגמה מוכחת לכך. דוגמה נוספת, התביעה של הסוכנות להגנת הסביבה (EPA) בארצות הברית לנקות אקוויפרים ל"מצב קדמוני", אשר לאחר שהתברר ככישלון המלווה בהוצאה של כ- 5,000 מיליון דולר, הוחלפה בעיקרון הפעולה של "הפחתה טבעית". כנראה שהחלטות אלו לא שוקללו על בסיס תחזית כמותית של סך התהליכים. כאשר מי תהום הם המשאב הזמין הגדול ביותר להספקת מים שפירים בכדור הארץ, קשה להבין מדוע ניהולם מתבצע לעיתים שלא על סמך החלטות מכומתות המשלבות בין סך חלופות הפעולה כנגד הדרישות. דוגמאות נוספות לשיקולים ניהוליים ללא ביסוס מדעי כמותי שיכולים להביא לתוצאות לא הגיוניות: (א) הרעיון של התבססות על מים מותפלים במקום במי תהום באיכות פגומה ; (ב) העשרת אקוויפרים באזורים עירוניים ע"י החדרה לא מבוקרת של מי גשמים באתרים בהם האזור הלא רווי יכול להיות מזוהם; (ג) השימוש בשכבות הקרקע והאקוויפר כריאקטור לטיהור קולחין מוחדרים; (ד) האמונה שהאזור הלא רווי מגן על מי התהום מזיהום בפני הקרקע; (ה) אי ההבחנה שאיכות המים בבאר אינה בהכרח מייצגת את האקוויפר מסביבה.
אנו משערים שהתוצאה של חוסר ההיגיון בניהול משאבי מי התהום מקורה בארבע סיבות יסוד: (א) זמן השהייה במערכות האקוויפריות שעל פי רוב הינו בסדרי גודל יותר מזמן השהייה של מקבלי ההחלטות בתפקידם; (ב) חוסר במסלולי התמחות שיקנו למומחה ידע בכימות, ניתוח וקבלת החלטות לניהול מערכות מים; (ג) התעלמות מהנתונים הקיימים לגבי האופי הבלתי צפוי של המערכת האקלימית; (ד( התמקדות בשינויים ארגוניים ויחסי ציבור ולא בניהול מים כמותי משולב.
לסיכום נטען שהחלטות ברמה האיכותית בהקשר לניהול משאבי מים אינם מהווים תחליף לתהליך קבלת החלטות המשקלל הדדית את המודלים הלוקחים בחשבון את הצרכים של כל בעלי העניין כנגד חלופות התפעול .