טראמפ ואנשיו טוענים, כי הייתה קיימת הוראה גורפת שלו בדבר הסרת הסיווג מן המסמכים שנטל מהחדר הסגלגל או מחדר המצב בבית הלבן. טראמפ עצמו אמר כי נהג לקחת מסמכים למעונו בבית הלבן כדי להמשיך את עבודתו שם. הסבר זה נדחה לחלוטין בידי בכירים לשעבר בממשל טראמפ, ובהם מי שהיה יועצו לביטחון לאומי (ופוטר על ידו), ג'ון בולטון. לדבריהם, הם מעולם לא ראו הוראה כזאת וקיומה היה נוגד כללי יסוד של סודיות ואבטחה. עוד יצוין, כי קיים פער עצום בין נטילת מסמכים ספציפיים למעון בבית הלבן בידי הנשיא המכהן והחזרתם עם סיום הטיפול בהם, לבין נטילת מאות מסמכים בידי הנשיא לשעבר והעברתם לצמיתות לביתו הפרטי. כמו-כן, ספק רב האם כוונת המחוקק בהעניקו לנשיא את הסמכות להסיר סיווג, הייתה לאפשר לו לעשות זאת בצורה שיטתית ולתועלתו האישית. ככל הידוע, אין תקדים להתנהלות כמו זאת של טראמפ (אשר הפר אין ספור פעמים את הנהלים והנוהגים החלים על הנשיא, כולל בענייני ביטחון). הארכיון הלאומי ניסה אשתקד, במשך חודשים ארוכים, לקבל בחזרה מסמכים שנטל טראמפ – אז בלא לדעת שמדובר גם בכמות גדולה של מסמכים מסווגים. אנשי הארכיון ידעו, על-פי הרשומות שבידיהם, כי בין היתר טראמפ לא העביר אליו את המכתבים המקוריים שקיבל ממנהיג קוריאה הצפונית, קים ג'ונג-און ("מכתבי אהבה" כינה אותם בשעתו) ואת המכתב שהותיר לו הנשיא ברק אובמה בחדר הסגלגל, על-פי הנוהג של נשיאים יוצאים בעשרות השנים האחרונות. החוק מחייב את הנשיא, סגנו ואנשי ממשלו להעביר לארכיון את כל המסמכים שברשותם עם סיום כהונתם. כחלק ממתקפתו בעקבות החיפוש טען טראמפ, כי אובמה החזיק 33 מיליון מסמכים – אך הארכיון הבהיר מיד, כי זהו מספר המסמכים שמסרו לו אובמה ואנשיו וכי אין כל אינדיקציה לכך שמסמך כלשהו נותר בידיהם. הארכיון פנה אשתקד לשניים מעוזריו לשעבר של טראמפ בבית הלבן, אותם מינה האחרון לנציגיו מול הארכיון, וביקש לקבל את המסמכים. לדברי הטיימס, טראמפ הורה להם להשיב בשלילה באומרו ש"המסמכים האלה שלי". זמן קצר לאחר תחילת החקירה הגיע משרד המשפטים למסקנה, כי ברשות טראמפ מצויים מסמכים מסווגים נוספים שיש לקבל בחזרה. בחודש מאי הוציא המשרד צו המחייב את טראמפ להחזיר אותם. בתחילת יוני נפגש הממונה על ריגול נגדי במחלקת הביטחון הלאומי במשרד, ג'יי בראט, במאר-א-לאגו עם פרקליטיו של טראמפ, איוון קורקוראן וכריסטינה בוב; טראמפ עצמו נכנס לפגישה לרגעים אחדים. קורקוראן הראה לבראט מרתף אחסון באחוזה, בו לדבריו הוחזקו המסמכים שנותרו; הוא עצמו עבר על הארגזים והוציא את המסמכים המסווגים על-פי הצו. לאחר הפגישה חתמה בוב על הצהרה לפיה לא נותרו באחוזה מסמכים מסווגים נוספים; יצוין, כי ההצהרה לא התייחסה למסמכים אחרים שכאמור על-פי החוק חייבים להימסר לארכיון הלאומי. זמן קצר לאחר ביקור זה ובעקבות שיחות עם מקורבים לטראמפ, הגיעו החוקרים למסקנה שלא כל המסמכים הוחזרו. בסוף חודש יוני הוציא משרד המשפטים צו לקבלת התיעוד ממצלמות האבטחה המותקנות במסדרון המוביל לאותו מחסן. התיעוד היה לחודשיים אחורה וכמה מן התמונות העלו חששות בקרב החוקרים. המצלמות תיעדו עובדים המוציאים ומכניסים ארגזים, ובכמה מקרים – מחליפים את מיקומם במיכלים בהם הוחזקו. המשרד הוציא צו נוסף ובו דרישה לקבל את הצילומים מסוף יוני ועד החיפוש לפני שבועיים.