ארגון הג'יהאד האיסלאמי בראשותו של עבדאללה רמדאן שלח, הוא הארגון הפלשתיני המקורב ביותר לאירן אשר תומכת בו באופן כספי ומממנת כמעט את כל תקציבו. תמיכתה של אירן בארגון היא בלעדית וכל קיצוץ בכספי הסיוע הכספי שהיא מעבירה לו משפיע על פעילותו.
עיקר הפעילות של הארגון בשנים האחרונות נעשית מרצועת עזה, משם הוא יורה רקטות לעבר שטח ישראל ולפעמים מנסה להגיח לפיגועים בדרומה של ישראל.
אירן תומכת כספית בארגון הג'יהאד האיסלאמי וארגון חמאס למרות היותם "ארגוני התנגדות" סונים, בניגוד לארגון חיזבאללה שהינו ארגון שיעי, מכיוון שהיא רוצה להשתמש בשירותיהם הטרוריסטיים נגד מדינת ישראל. בשנים האחרונות היא פועלת לצייד אותם ולחמש אותם בנשק כדי שיתקפו את ישראל מרצועת עזה. בין היתר היא רוצה להשתמש בשירותיהם במקרה שישראל תחליט לתקוף את מתקני הגרעין באירן.
אירן קיצצה בשנתיים האחרונות באופן משמעותי את תקציבה לתנועת חמאס בגלל חילוקי דעות עם ראש הלשכה המדינית ח'אלד משעל על מלחמת האזרחים בסוריה ועמדת חמאס כלפי המשבר בתימן. כתוצאה מכך נפגע תקציבה של תנועת חמאס והיא נאלצה לקצץ בפעילותה הצבאית.
עיתון "אלקודס אלערבי" דיווח (25.5.15) כי המשבר הכספי בארגון הג'יהאד האיסלאמי החריף עד כדי פשיטת רגל וכי פעילי הארגון לא קיבלו משכורות בשלושת החודשים האחרונים וכנראה גם לא יקבלו בחודש הרביעי.
על-פי הדיווח, התגלעה מחלוקת בין אירן לארגון הג'יהאד האיסלאמי. אירן דרשה ממנו לפרסם עמדה רשמית המתנגדת לפעילות הצבאית של הקואליציה הערבית בראשות סעודיה במשבר בתימן, בדיוק כפי שעשה ארגון חיזבאללה, אך הוא סירב.
אירן נוקטת במדיניות של "בעל המאה הוא בעל הדעה" ומכיוון שלא הצליחה להכתיב את מדיניותה בנושא סוריה ותימן לארגוני החמאס והג'יהאד האיסלאמי היא נקטה סנקציות נגדם ולא העבירה להם כספים חיוניים לפעילותם.
עיתון "אלקודס" המזרח-ירושלמי דיווח ב-19 במאי כי ראש ארגון הג'יהאד האיסלאמי ביקר באחרונה בטהרן כמה פעמים כדי לנסות ולפתור את המשבר וכי גם ארגון חיזבאללה תיווך בנושא, אולם ללא הועיל מכיוון שארגון הג'יהאד האיסלאמי רוצה לשמור על עמדה ניטרלית בכל הקשור למשבר בתימן.
הפסקת הסיוע הכספי האירני לארגון הג'יהאד האיסלאמי יכולה לפגוע קשות בפעילותו אם תימשך לאורך זמן, בניגוד לארגון חמאס שיש לו גם מקורות הכנסה אחרים, כמו המיסים שהוא מטיל ברצועת עזה, הרי שהארגון תלוי לחלוטין בכסף האירני כדי לשמור על קיומו.
ייתכן שאירן נוקטת סנקציות זמניות נגד הארגון רק כדי ללמד אותו לקח, אך בטווח הרחוק היא זקוקה לו והיא אינה יכולה להרשות לעצמה לאבד כוח צבאי המאיים ישירות על ישראל והסר למרותה.
