מיד לאחר חתימת הסכם הגרעין, הכריז שר החוץ הרוסי
סרגיי לברוב שמוסקבה מצפה מארצות הברית לבחון את תוכניות ההגנה מטילים שלה. לברוב התייחס לנאום הידוע שנשא הנשיא האמריקני
ברק אובמה באפריל 2009 בפראג, ובו הצהיר שעם הסרת האיום האירני לא יהיה עוד צורך בהגנה מטילים באירופה.
למרות שהנשיא אובמה פסל את תוכניות ההגנה מטילים השנויות במחלוקת של ממשל בוש, ב-2009 הוא חשף מערכת חדשה נגד טילים בשם EPAA (European Phased Adaptive Approach). רוסיה מעולם לא קיבלה את טענות נאטו וארצות הברית על כך שהמערכת נועדה להתמודד עם האיום הכפול של טילים בליסטיים ונשק להשמדה המונית, המתפתח במזרח התיכון, ודבקה בעמדתה שהמערכת מכוונת למעשה נגד כוחות הגרעין האסטרטגי של רוסיה. בימים אלה נפרס מתקן נגד טילים של נאטו ברומניה, ופריסה נוספת צפויה בפולין ב-2018. ממשלת פוטין רואה במעטפת ההגנה מטילים אמצעי לחיזוק השליטה הפוליטית האמריקנית בחצר האחורית של רוסיה.
אירן מחזיקה במאגר הטילים הגדול והמשוכלל ביותר באזור, ותוכנית הטילים הבליסטיים שלה מציבה איום משמעותי על המזרח התיכון ומעבר לו. ההערכה היא, כי אירן מפתחת טילים בליסטיים בין-יבשתיים, וכי כבר יש ברשותה טילים מבצעיים עם טווחים של 1,500 עד 2,500 ק"מ, היכולים להגיע ליעדים במזרח התיכון, טורקיה (החברה בנאטו) ודרום מזרח אירופה. אירן מפתחת גרסה ארוכת טווח יותר של ה'שיהאב 3' וכן טיל בליסטי לטווח בינוני של 2,000 ק"מ המכונה 'סאג'יל 2' (מוכר גם בשם 'אשורה'). חברות נאטו, רומניה ובולגריה, נמצאות בטווח הטילים האלה. על-פי הערכות המודיעין האמריקניות, טיל בליסטי הוא האמצעי הסביר ביותר של אירן לשיגור נשק גרעיני.
על פניו, הטיעון הרוסי על הגנת הטילים של נאטו אינו משולל הגיון. המערכת אכן מיועדת להתמודד בעיקר עם טילים גרעיניים ופחות - עם איומים קונבנציונליים. לכאורה אין זה סביר להשקיע סכומי כסף אדירים והון פוליטי רק כדי להגן על אירופה מפני טילים קונבנציונליים, שכן הנזק הצפוי מטילים קונבנציונליים אינו משמעותי בהשוואה לנזקיהם של טילים נושאי נשק גרעיני. בוועידת הפסגה של נאטו, שנערכה ב-2010 בליסבון, הוצהר, כי פיתוח ההגנה מטילים ייעשה בהתאם ל"רמת האיום". היה ואיום זה אכן יפחת כתוצאה מהיענות אירן להסכם הגרעין, ניתן לטעון שההצדקה למערכת נגד טילים תפחת גם היא באופן משמעותי.
מאידך-גיסא, ב-2013 צוטט מזכיר המדינה האמריקני
ג'ון קרי כמי שאומר שגם אם תוכנית הגרעין של אירן תפורק, קיימת סכנה שטהרן תחמש את הטילים הבליסטיים שלה בצורות אחרות של נשק להשמדה המונית. גורמים רשמיים בנאטו ציינו בהזדמנויות שונות שההגנה מטילים באירופה אינה מכוונת למדינה מסוימת אחת, וכי היא נועדה להעניק הגנה מפני טילים בליסטים המסוגלים לשאת ראשי נפץ גרעיניים, כימיים, ביולוגיים או קונבנציונליים.
יתרה מזאת, גורמים רשמיים בארצות הברית הצהירו בעבר שפריסות ההגנה מטילים ימשיכו ללא תלות בעסקה כוללת עם אירן. ואכן, דומה שההיגיון של הפריסות המתוכננות ברומניה ובפולין עולה בקנה אחד עם הסכם הגרעין, שכן ההגבלות הזמניות על תוכנית הגרעין של אירן יוסרו בסופו של דבר בתוך 15 שנים. הנשיא אובמה הכיר בכך שברגע שההגבלות יוסרו, זמן הפריצה של אירן להשגת נשק גרעיני עלול להתכווץ לאפס. מכיוון שהסכם הגרעין מתיר בשלב מסוים להשעות את הסנקציות שהטילה מועצת הביטחון של האו"ם על טילים בליסטיים, איום זה יהפוך אקוטי יותר בתוך עשר השנים הבאות, לרבות החרפת הסכנה שטילים אירניים יועברו לארגונים דוגמת חיזבאללה. לפיכך, מערכת ההגנה מטילים, היא ביסודו של דבר מחסום לטווח הארוך, לנוכח האפשרות שאירן תחזיק ברשותה טילים בעלי ראש נפץ גרעיני בעתיד.
ברקע, המתח המסלים בין רוסיה למערב רק מוסיף למורכבות סוגיית ההגנה מטילים. דומה שהנשיא אובמה סתר הצהרות מדיניות קודמות של ארצות הברית בסוגיה זו, כאשר נאם בפני העם האסטוני בטאלין בספטמבר 2014. בהתייחסו לצורך של נאטו להרתיע את רוסיה, הזכיר אובמה "השקעה ביכולות כמו מודיעין ופיקוח ואיסוף מידע וכן הגנה מטילים". אמירה זו רומזת שהמערכת להגנה מפני טילים של נאטו תוכל עם הזמן לתת מענה לאיום טילים מרוסיה. אומנם יכולות המיירטים מוגבלות מדי ומספרם נמוך מכדי לתת מענה לטילים ממוסקבה, אך סביר להניח שמערכת נאטו תותאם ותשופר באופן כזה שבסופו של דבר היא תשיג יכולת מסוימת נגד טילים רוסיים בליסטיים בין-יבשתיים. עם זאת, אין די בכך כדי להפיג את החששות של מדינות כמו פולין והמדינות הבלטיות, שהדאגה שלהן מהכוונות של שכנתן הגדולה מובנות לנוכח פעולותיה של זו באוקראינה.
הקשיים שנתגלו לאחרונה בין נאטו לרוסיה אינם מוגבלים לסכסוך באוקראינה. במהלך 2014 ו-2015, חלה עלייה משמעותית בתקריות צבאיות בין רוסיה לכוחות צבא מערביים. זאת ועוד, מאז תחילתו של המשבר באוקראינה הרחיבו נאטו ורוסיה את היקף משחקי המלחמה שלהם שהגבירו את החשש מעימות צבאי. טענות אמריקניות באשר להפרה רוסית של הסכם INF ותהליך המודרניזציה של המאגר הגרעיני האסטרטגי של מוסקבה, תרמו להתחזקות אווירת אי-האמון. המצב הוחרף בשל הרטוריקה הגרעינית של רוסיה והחששות של נאטו, כי מוסקבה הנמיכה את הסף לשימוש בנשק גרעיני. במארס 2015 הזהיר שגריר רוסיה בדנמרק את קופנהגן, כי ספינות מלחמה דניות יהפכו למטרות עבור טילי הגרעין הרוסיים, היה ודנמרק תיקח חלק במערכת ההגנה מטילים של נאטו.
כך שגם אם יתממש הסיכוי הלא סביר להפחתת האיום האירני, לארצות הברית עדיין יש מחויבות להבטיח לבנות בריתה במרכז ומזרח אירופה שהיא ערבה לביטחונן. עבור מדינות כמו פולין, רומניה והמדינות הבלטיות, מקור המשיכה שמציעה ההגנה מטילים של נאטו נעוץ בביסוס נוכחות אמריקנית (מוגבלת ככל שתהיה) על אדמתן, כדי לתחזק ולהפעיל רדארים ומיירטים, יותר מאשר עצם ההגנה מפני טילים אירניים. אם ארצות הברית תאותת על מוכנות לסגת מהתחייבויותיה להגנה מטילים דווקא בתקופה שבה רוסיה מפגינה פעילות בגבולות נאטו, יכול הדבר לייצר קרע בתוך נאטו ובמקביל לשלוח מסר בעייתי לבנות בריתה הפגיעות של ארצות הברית.
עתה, לאחר שהעסקה עם אירן נחתמה, יהיה על ממשל אובמה להפגין מעורבות גבוהה עם בעלות הברית האירופיות שלו בנאטו, ולהבטיח בהירות בכל הקשור לעתיד תוכניות ההגנה מטילים של נאטו. במקביל, ארצות הברית יכולה לסייע באספקת אמצעי ביטחון לישראל ובנות בריתה באזור המפרץ, באמצעות חיזוק שיתוף הפעולה בתחום ההגנה מטילים. דוגמה לכך ניתן לראות בפיתוח המתמשך והמימון של מערכת החץ 3 בישראל, המיועדת להתמודד עם איומים לא קונבנציונליים מאירן.
