פרנקל היה חבר פעיל בארגון האצ"ל והכיר חברים בסניפי הארגון וככל הנראה ידע כמה סודות שמורים. נוצר חשש שלא יעמוד בחקירה אם יסגיר עצמו ויביא להסגרת אנשי אצ"ל ולגילוי סודות של הארגון. ולכן התקבלה החלטה בקרב חבריו באצ"ל להביא לחיסולו. הוחלט לחסל אותו על-ידי הטבעתו בנחל הירקון בצורה כזו שהגופה לא תתגלה.
מי בדיוק החליט לחסל את פרנקל. כיצד בוצע החיסול ועל-ידי מי. פרטים אלה ודאי ידועים לאנשי אצ"ל ותיקים וסביר להניח, כי חלקם הגדול כבר לא בחיים.
עוד שאלות שמתעוררות בעקבות הרצח, האם לא היה ניתן למנוע מפרנקל להסגיר עצמו למשטרה הבריטית מבלי להורגו. האם נותרו עדיין בני משפחה של
צבי פרנקל בחיים והאם נוצר איתם קשר?
מעיון בארכיונים שונים ובכלל זה ממסמכים שמפרסם ארכיון ז'בוטינסקי, אני למד כי היו חוגים וחברים באצ"ל שלא השלימו עם רצח צבי פרנקל שהיה "חבר מסור ונאמן באצ"ל" וכינו את הרצח "מעשה נבלה". אחד מהם משה יערי מרחוב מיכל 6 בתל אביב שיגר לאחר קום המדינה שורה של מכתבים לראשי תנועת "חרות" והתנועה הרוויזיוניסטית ובהם גם אל
מנחם בגין ודרש לערוך חקירה בנושא לטהר שמו וכבודו המחולל של פרנקל ולהכליל שמו בספר יזכור לחללי האצ"ל.
מנחם בגין השיב ליערי במכתב קצר מהתאריך 17 במרס 1966 כי אכן שמע על פרשת צבי פרנקל עוד בהיותו בגולה "ביקשתי את ידידי איתן לבני להזמינך בקרוב לשיחת ברור כדי לקבוע מה ניתן לעשות בפרשה כאובה זו" - כותב בגין במכתבו.
באחד ממכתביו המופיעים באתר ארכיון ז'בוטינסקי כותב משה יערי: "האחראים למעשה הנבלה האמור (רצח צבי פרנקל א.א) גם הוסיפו חטא על פשע בכך שלא הביאו את צבי ז"ל לקבר ישראל, אלא קשרו לגופתן משקולת ואבנים כבדות וזרקוהו לירקון".
ב-1983 בעקבות פעילות של חברו משה יערי ואיתן לבני ונוספים הוכר פרנקל מחדש כחיל האצ"ל וכבודו הוחזר לו.
