ב-9 בספטמבר 1940, בעיצומה של מלחמת העולם השנייה תקפו והפציצו מטוסים של חיל-האוויר האיטלקי את תל אביב. כ-130 איש נהרגים ומאות נפצעים, כתוצאה מהפצצות אלו. בעיריית תל אביב ובממשלת המנדט, אולי גם מחשש להפצצות נוספות ולנפגעים נוספים, מבינים שיש לזרז הקמת בית חולים נוסף בתל אביב ההולכת וגדלה ושישמש כבית חולים כירורגי לשעת חרום. עיריית תל אביב בשיתוף עם השלטונות הבריטים מחליטים לשכן את בית החולים החדש ב"בית העולים" שליד נחל הירקון (ברחוב שטריקר כיום), שבלאו הכי כאמור נותר כמעט ללא שימוש. בדצמבר 1940 החלה פעילותו של בית החולים החדש. בשלב ראשון הוא שימש כבית חולים כירורגי לשעת חרום. הבריטים השתמשו באחד מאגפיו לבית החלמה עבור אנשי צוותי האוויר שלהן.
מתעד השימור שי פרקש מבכירי מתעדיי שימור אתרי מורשת והיסטוריה בארץ, שלח אלי מצגת וכן תחקיר שערך בשיתוף שרי גל והאדריכל שמואל גילר על תולדות מבנה בית הקונסרבטוריון למוזיקה בתל אביב ברחוב שטריקר ועל בתי העולים בתל אביב . מהתחקיר והמצגת עולה כי בבית ההחלמה שליד בית החולים הירקון שהה בשנות ה-40, בין השאר, טייס חיל-האוויר הבריטי גימי גיימס. ג'ימס, המריא באוגוסט 1942 עם מטוסו מקהיר כשהוא נושא 14 חיילים פצועים ואת הגנרל וילאם גוט. זמן קצר לאחר ההמראה הותקף באוויר על-ידי מספר מטוסי מסרשמיד גרמניים . המטוס נחת בשלום במדבר אולם נורה מהאוויר והתפוצץ. כל נוסעי המטוס נהרגו, להוציא את הטייס ג'ימי גייימס שנחלץ מהמטוס כשהוא פצוע ושרוף.
גיימס נשלח להחלמה בבית ההחלמה שליד בית חולים הירקון בצפון תל אביב את הגנרל קוט החליף לאחר שנהרג הגנרל הידוע מונטגומרי. שי פרקש שלח לי צילומים של הטייס כשהוא מקבל מידי טייס חיל-האוויר הישראלי יעקב דאובה חוברת זיכרון של בית ההחלמה גיימס כבר איש זקן נראה מעיין בהנאה בחוברת זו . כן שלח לי פרקש צילומים של בית החולים הירקון בימיו הראשונים.
בתחילת 1941 כלל בית החולים הירקון שנקרא אז במסמכים רשמיים "בית חולים ממשלתי למושבות העבריות", 135 מיטות, מהן 30 מיטות פעילות. עקב מחסור במיטות חולים בבתי חולים בתל אביב. דרשה עיריית תל אביב מממשלת המנדט לפתוח במקום בית חולים קבוע וכללי . באוגוסט 1943 החל בית החולים לפעול כבית חולים ממשלתי כללי שיועד לחולי המושבות וזאת לאחר שניתן אישור לכך ממשרד המושבות בלונדון .אולם פתיחתו הרשמית התעכבה והוא נחנך רק כעבור כמה חודשים, בינואר 1944.תחילה כלל כ-80 מיטות בשתי מחלקות, פנימית וכירורגית, ובהמשך נוספה מחלקת ילדים ובה 10 מיטות. מנהל בית החולים היה ד"ר שמעון בטיש, (1906 - 1974) לימים מנכ"ל משרד הבריאות . בטיש נפטר בלונדון בספטמבר 1974. על שמו רחוב בירושלים.
במהלך מלחמת העצמאות עבר בית החולים מידי מחלקת הבריאות של ממשלת המנדט לרשות מחלקת הבריאות של הוועד הלאומי, ועיריית תל אביב והוגדלו מספר מיטותיו כדי לאפשר קליטת פצועים. במקום האחות הראשית האנגלייה שעבדה בבית החולים מתחילת הקמתו ועזבה עם עזיבת הבריטים את הארץ מונתה אחות יהודייה- חיה פורמן.כך לפי דיווח העיתונות באותה תקופה החל ממאי 1948 היה כל צוות בית החולים יהודי. בן השאר מופיעים בצילומים או מוזכרים במסמכים שראיתי כאנשים שעבדו בבית חולים או שהיו קשורים אליו בדרך כזו או אחרת, שמה של האחות פרומה קנופף, האח אוטו גרינהוט עובד(אולי מנהל ) בשם לרמן, אחות בשם חייקין ד"ר אהרון ביילין ונוספים.
ליד בית החולים הירקון פעל בית ספר לאחיות. בית הספר זה המשיך פעילותו בתקופת מלחמת העצמאות, שנים ב-1951 העניק תעודות לבוגרות בית הספר.
לאחר הקמת המדינה בשנותיה הראשונות של המדינה, בית החולים הירקון שימש גם כבית יולדות. וכן טיפל באוכלוסיות של שכונות צפון תל אביב שהתרחבו מאוד באותן שנים.
[בתמונה: האחיות בבית הספר לאחיות שליד בית החולים]
