בתקופה ההלניסטית הלכה ונוצרה בהדרגה במספר גלים קהילה יהודית בקירני, היא לוב. יש עדויות ארכיאולוגיות על שרידי בתי כנסת ובתי קברות וגם מידע היסטורי. הקהילה הושפעה מהתרבות ההלניסטית אבל, רוב היהודים נשארו נאמנים לדתם ושמרו על קשרים הדוקים עם הארץ. מספר אלה שעזבו את הקהילה ונטשו את היהדות היה זניח.
אומנם יש רמזים לכך שראשוני היהודים הגיעו לקירני לאחר חורבן הבית הראשון, אבל, עדויות מבוססות על התיישבות יהודים בקירני יש החל מימי תלמי ה-1 מלך מצרים (323 - 283 לפנה"ס), כנראה בשלהי המאה ה-4 לפנה"ס. פלביוס כתב שתלמי ה- 1 שליט מצרים הושיב חיילים במבצרים במצרים ובקירני לאחר שכבש את קירני. בין המתיישבים היו חיילים יהודים (נגד אפיון, 44, 2). סטראבון כתב שבמחצית הראשונה של המאה ה-1 לפנה"ס היו יהודים בקירני.
יש חילוקי דעות בין ההיסטוריונים לגבי הזמן בו הגיעו חיילים יהודים לקירני. מנחם שטרן (Menahem Stern) העריך שזה ארע לכל המוקדם ב-322 לפנה"ס ואילו שמעון אפלבאום העריך שהדבר ארע ב-312 לפנה"ס. תלמי ה-1 דכא מרד אזרחים בקירני ב-322 לפנה"ס. היו מרידות נוספות ב-313, 308 ו-301 לפנה"ס. ירושלים נכבשה ע"י תלמי ה-1 ב-302 לפנה"ס. אפלבאום מפקפק באפשרות שתלמי ה-1 הושיב חיילים יהודים מיד לאחר הכיבוש בקירני מאחר שלא סביר שהוא העביר יהודים שוודאי היו קבוצה עויינת לאחר הכיבוש לקירני שגם בה הייתה תסיסה נגד השלטון התלמי. אפלבאום מעריך שסביר יותר שהעברת חיילים יהודים לקירני התרחשה ב-312 לפנה"ס בעקבות ההגירה של קבוצה יהודית בראשות הכהן הגדול חזקיה למצרים. תלמי ה-1 הושיב את החיילים היהודים במבצרים מחוץ לערים והעניק להם אדמות.
הגל השני של ההתיישבות היהודית בקירני היה באמצע המאה ה-2 לפנה"ס. פלביוס כתב שלאחר האיחוד של מצרים וקירני בימי תלמי ה-7 ב-145 לפנה"ס הייתה בקירני קהילה יהודית גדולה ומשגשת.
על-פי עדויות ממקורות שונים, פלביוס, מעשי השליחים, ומסורות מקומיות, היו יישובים יהודיים ברחבי ארץ קירני בתקופה התלמית. האתר עין טרגונא, כ-27 ק"מ מערבית לעיר קירני, מכונה בפי המקומיים "ח'ירבת אל-יהוד".שם הושיבו התלמיים יחידת פרשים- קשתים יהודית במושבה צבאית.
בתקופת ממלכת החשמונאים התפתחו יחסי המסחר בין ממלכת החשמונאים ליהודי קירני ולדעת אפלבאום הדבר הביא לצמיחת מעמד סוחרים יהודים אמידים בקירני.
אבל, לאורך תקופת השלטון התלמי בקירני עברה הארץ זעזועים בלתי פוסקים ביחסים בין ערי הפוליס לשבטים הלוביים. המחלוקת נבעה מהתרחבות שטחי החקלאות האינטנסיבית של האוכלוסייה היוונית באזור הג'בל, האזור הפורה ביותר מה שהביא לצמצום שטחי המרעה של השבטים הנוודים למחצה הלוביים שנהגו לעלות לג'בל עם עדריהם בקיץ.
אבל, כתובת מימי תלמי ה-8 (170 - 116 לפנה"ס עם הפסקות בין 2 התאריכים או ה-9 (116 - 88 לפנה"ס עם הפסקות בין 2 התאריכים) מגלה שגם בקרב התושבים היהודים שחיו בקהילות השדה הייתה תסיסה, אם כי לא הובאו גורמיה.
בתקופת השלטון הסילווקי בארץ הייתה הגירה יהודית לקירני בעקבות ההתנגדות לשלטון הסילווקי בימי אנטיוכוס ה-4 אפיפנס (175 - 163 לפנה"ס). היו אלה גולים מדיניים שברחו. על קשרים בין המנהיגות החשמונאית לבין יהודי קירני ניתן ללמוד מהעובדה שבמשלחת החשמונאית לרומא ב-161 לפנה"ס היה יהודי מקירני. יאסון מקירני נחשב למחבר של ספר מקבים ב'. מרד המכבים הביא כנראה, להגירה מדרום יהודה לקירני.
בכתובת על חומת העיר טיוכירה בקירני מופיעים שלושה שמות של יהודים. שמותיהם מעידים שהם מאזור מודיעין, מהכפרים חרובה, חולדה וחדיד. הקהילה היהודית בקירני הוזכרה באחת האיגרות הדיפלומטיות הרומיות מ-139/140 לפנה"ס. יש עדויות על הקמת בתי כנסת בערים שונות וגם של קברי יהודים משלהי המאה ה- 2 או המאה ה- 1 לפנה"ס. בחצר קבורה צפונית לעיר קירני נמצאה מצבה של יהודי מראשית המאה ה- 2 לפנה"ס.
הריכוזים העיקריים של היהודים היו לאורך חוף הים או בקרבתו והחשובות שבהן היו אפולוניה, קירני, פתולימאיס, טיוכירה וברניקי.