על-פי גורמים ביטחוניים בישראל, קיים במשך שנים רבות שיתוף פעולה ביטחוני בין ישראל לאיחוד האמירויות במגוון של נושאים, אחד הנושאים החשובים הוא התיאום נגד ההתפשטות האירנית במזרח התיכון, מלבד זאת, איחוד האמירויות מסייע במאבק נגד האיסלאם הקיצוני, בעיקר של תנועת "האחים המוסלמים" העולמית, באמצעות קטר וטורקיה שמנסות להגביר את השפעתן ברצועת עזה. כמו-כן ישראל מוכרת ציוד מודיעיני לאיחוד האמירויות לצורך השמירה על שלטונו של השיח' מוחמד בן זאיד, יורש העצר של אבו דאבי.
נושא חשוב נוסף במערכת היחסים הביטחונית בין 2 המדינות הוא המאבק של איחוד האמירויות נגד ארגון חמאס שהוא שלוחה של תנועת "האחים המוסלמים", במערכת הביטחון הישראלית יש שביעות רצון מהפעילות של איחוד האמירות נגד שלטון חמאס ברצועה ומהפעילות שלו נגד חמאס באזור המפרץ.
איחוד האמירויות היה המדינה הראשונה במפרץ שנענתה לבקשת ישראל לסייע לייבש את מקורות המימון של תנועת חמאס באזור המפרץ. למעשה, על-פי גורמים במפרץ, איחוד האמירויות משתף פעולה בנושא הזה עם ישראל מאז 2007 זמן קצר לאחר שארגון חמאס השתלט בכוח על רצועת עזה וגירש ממנה את הרש"פ והעומד בראשה.
גופי המודיעין של איחוד האמירויות פועלים בקרב 300 אלף הפלשתינים המתגוררים בתחומי המדינה כדי לאתר פעילים של ארגון חמאס, במהלך השנים האחרונות הם עצרו עשרות פעילים של הארגון, החרימו כספים ועצרו השקעות של חמאס במדינה. מקורות בארגון חמאס מאשרים כי איחוד האמירות החל לפעול נגדו מאז ניצחונו בבחירות למועצה המחוקקת הפלשתינית (פרלמנט) ב-2006 בעיקר במאמציו לייבש את המקורות הכספיים של הארגון, לטענתם,גופי המודיעין של איחוד האמירויות פעלו בהתאם למידע שהעביר להם המוסד הישראלי והם עצרו גם כמה פעילים בכירים של הארגון ובהם קרוב משפחתו של בכיר חמאס מוסא אבו מרזוק ואת איש העסקים הפלשתיני עבד אלעזיז אלח'אלדי.
בנוסף,שלטונות אבו דאבי סגרו 4 חברות פלשתיניות שנחשדו בקשר עם ארגון חמאס, כספיהן הוחרמו על-ידי השלטונות ובעליהן גורשו מן המדינה. איחוד האמירויות העביר מידע מודיעיני לסעודיה על פעילות הלבנות הכספים של חמאס והברחתם מסעודיה לטורקיה ומשם לרצועת עזה, בעקבות המידע הזה עצרו שלטונות סעודיה לפני יותר משנה עשרות פעילים של חמאס ובראשם ד"ר מוחמד אלחודארי, הנציג הבכיר של חמאס בסעודיה, כיום עומדים כ-60 פעילים של חמאס בסעודיה לדין באשמת הלבנות והברחת כספים מסעודיה לזרוע הצבאית של חמאס ברצועת עזה.
עיתון "אל-אח'באר" הלבנוני דיווח ב-25 באוגוסט מפי גורמים בתנועת חמאס כי איחוד האמירויות ניסה גם לגייס סוכנים ברצועת עזה כדי שיספקו לו מודיעין על הנהגת חמאס, על הזרוע הצבאית שלה,על המנהרות, על מיקומן של הרקטות שלו וגם על גורלם של 4 הישראלים המוחזקים בשבי חמאס. לשם כך הסתייע המודיעין של איחוד האמירויות בפעילי פתח ברצועת עזה המשתייכים ל"זרם הרפורמיסטי" בתנועת פתח שבראשו עומד מוחמד דחלאן. על-פי הדיווח, מנגנוני הביטחון של חמאס חשפו בקיץ 2014, במהלך מבצע צוק איתןמבצע ריגול של איחוד האמירויות ברצועת עזה.
המבצע התנהל באמצעות ארגון "הסהר האדום" של איחוד האמירויות ששלח בית חולים שדה לרצועת עזה לטפל בפצועי הארגון, הצוות הרפואי הורכב מקציני מודיעין מאיחוד האמירויות שניסו לדלות פרטים מהפצועים על פעילות הזרוע הצבאית של חמאס. חברי הצוות נעצרו על-ידי מננגון הביטחון של חמאס ולאחר התערבות של כמה מדינות ערביות הם גורשו מהרצועה דרך מעבר רפיח ללא הציוד הרפואי שעמו הגיעו.
היחסים הביטחוניים בין ישראל לאיחוד האמירויות נקלעו למשבר עמוק בינואר 2010 בעקבות חיסולו של בכיר חמאס מחמוד אלמבחוח בדובאי שיוחס למוסד הישראלי.
אל-מבחוח היה אחראי בארגון חמאס על הקשר עם אירן והברחות הנשק ממנה לרצועת עזה, חיסולו עורר הדים רבים במזרח התיכון והביך את איחוד האמירויות לאחר שראש משטרת דובאי חשף באמצעי התקשורת את דרכוני המחסלים וצילומי מצלמות האבטחה במלונות שבהם הם התאכסנו.
על-פי גורמים במפרץ, החיסול של מוחמד מבחוח הביא לנתק זמני בין המוסד הישראלי למנגנוני הביטחון של איחוד האמירויות, אולם, בסופו של דבר המוסד הישראלי התנצל על החיסול והתחייב שלא לבצע פעולות כאלה על אדמת איחוד האמירויות ובכך חזרו היחסים הביטחוניים לתיקונם.
ראש המוסד יוסי כהן הצליח לשקם את מערכת היחסים הביטחוניים עם איחוד האמירויות בזכות קשריו הטובים עם השיח' מוחמד בן זאיד, יורש העצר של אבו דאבי, ועם היועץ לביטחון לאומי טחנון בן זאיד ולהביא את היחסים לשיא חדש שלו אנו עדים בימים אלה, הסכם נורמליזציה מלא בין ישראל לאיחוד האמירויות.
איחוד האמירויות ורצועת עזה
במחצית שנת 2017 הצטרף איחוד האמירויות לחרם שהטילו מצרים, סעודיה ובחריין על קטר בגלל תמיכתה בטרור והתערבותה בעניינים הפנימיים של מדינות ערב, על-פי גורמים בחמאס, מוחמד דחלאן שהפך להיות יועצו הבכיר של השיח' מוחמד בן זאיד, יורש העצר של אבו דאבי, הוא שהיה שותף למהלך הזה ביחד עם נשיא מצרים א-סיסי.
במקביל יזמה מצרים התקרבות לארגון חמאס בניסיון לנתק אותו מקשריו עם שלוחת דאעש בסיני, מאירן ומקטר. ביוני 2017 חתם מוחמד דחלאן בקהיר על מזכר הבנות משותף עם מנהיג חמאס יחיא סינוואר והמודיעין המצרי שלפיו יפתח באופן קבוע מעבר רפיח ואילו דחלאן יקבל מעמד מדיני מיוחד ויהיה מעין שר החוץ של רצועת עזה ויגייס בעולם כספים לשיקומה,הוא התחייב שאיחוד האמירויות יעביר סיוע כספי של עשרות מיליונים לרצועה מדי חודש ויכנס לנעליה של קטר כמסייע בתחום ההומניטרי לרצועת עזה. אולם, בסופו של דבר החליטה הנהגת חמאס לשמור על הקשרים עם קטר ופתחה בשיחות פיוס עם הרש"פ.
מוחמד דחלאן נדחק הצידה אך שמר על הקשרים הטובים עם הנהגת חמאס ברצועה שהתירה לו פעילות פוליטית חופשית בתמורה לסיוע כספי הומניטרי ופעילות צדקה.
חמאס השתמשה בהתקרבות למוחמד דחלאן כדי להפעיל לחץ על יו"ר הרש"פ מחמוד עבאס במשא-ומתן על הפיוס כדי להראות שיש לה אלטרנטיבה, שכן דחלאן נחשב ליריבו הפוליטי המר השואף לרשת אותו בתפקיד יו"ר הרש"פ.
על-פי גורמים בחמאס, בחודשים האחרונים צמצם ארגון חמאס את חופש הפעולה של מוחמד דחלאן ברצועת עזה בעקבות פיגור בתשלומי הכספים שהוא התחייב להעביר עבור הרצועה ובלחצו של נשיא טורקיה ארדואן שמאשים את דחלאן כי היה שותף לתכנון ניסיון ההפיכה נגדו שנכשל ב-2016. בשורה התחתונה, איחוד האמירויות ומוחמד דחלאן נדחקו החוצה, כמעט לגמרי, על-ידי חמאס מרצועת עזה, אולם הסכם הנורמליזציה עם ישראל פותח להם כעת פתח רחב להשפעה על הנעשה בתחומי הרש"פ בגדה ולחזרתו האפשרית של מוחמד דחלאן להשתתף בקרב הירושה על תפקיד יו"ר הרש"פ ברגע שמחמוד עבאס ירד מהבמה הפוליטית.
