מימיו הראשונים של ארגון האחים המוסלמים בסוף שנות העשרים של המאה הקודמת הגדיר מייסדו, חסן בנא, את "בעיית פלשתין" כבעיה מרכזית של העולם המוסלמי ועשה כמיטב יכולתו לתמוך במאבק בציונות. במסגרת זו נטלו האחים המוסלמים חלק ב"מרד הערבי" (1936-39) בא"י המנדטורית ושלחו כוחות מתנדבים להשתתף במלחמת העצמאות. לא בכדי מצוטטת אמרתו של בנא בפתח אמנת חמאס, שלוחתו הפלשתינית של ארגון האחים המוסלמים: "ישראל תקום ותוסיף להתקיים עד שהאיסלאם ימחה אותה, כפי שמחה את מה שקדם לה".
התנועה האיסלאמית בישראל הוקמה על-ידי עבדאללה נמר דרוויש מכפר קאסם בשנות השבעים. בראשיתה התמקדה התנועה בפעולות צדקה והכשרת הלבבות (דעוה), כהקמת מסגדים, חוגי קוראן ולימודי דת. בסוף שנות השבעים הקים דרוויש את ארגון אוסרת אלג‘יהאד (משפחת הג’יהאד) שפעל לביצוע מעשי טרור בישראל. בעקבות זאת נעצרו דרוויש וחבריו, אך שוחררו בעסקת ג’בריל ב-1985. מכאן ואילך הקפיד דרוויש להדגיש שהוא פועל בגבולות החוק בישראל תוך הבעת תמיכה בהמשך המאבק הפלשתיני בישראל. לאחר הסכם אוסלו חל פילוג בתנועה האיסלאמית בין הפלג הדרומי בראשות דרוויש ואיברהים צרצור שתמכו בהשתלבות בכנסת לבין הפלג הצפוני בראשות ראאד צלאח וכמאל ח’טיב ששללו צעד זה. בנובמבר 2015 הוכרז הפלג הצפוני כארגון בלתי חוקי וברגע זה נמצאים ראשיו במעצר, בעוד שהפלג הדרומי מיוצג בכנסת על-ידי מפלגת רע"ם המהווה חלק מממשלת ישראל.
למרות תמיכת הפלג הדרומי בהשתלבות במערכת הפוליטית בישראל הכריז ראש מפלגת רע"ם איברהים צרצור (בשנת 2006) כי "השתתפותנו בבחירות לכנסת אינה מבטלת את האידיאולוגיה שלנו לפיה השלטון על האדמה, או לפחות על האדמה הערבית והמוסלמית [ובכלל זה שטחי א"י כולה], חייב להיות שלטון איסלאמי בהנהגת ח’ליף". אין תימה אפוא שהפלג הדרומי הביע תמיכה גלויה ב"התנגדות המזויינת לכיבוש" ביו"ש וברצועת עזה בכלל, ובארגון-האח חמאס בפרט. "אנו בטוחים שחמאס יוביל את העם הפלשתיני לתנופה ולהישגים", הכריז צרצור לאחר נצחונו הסוחף של חמאס בבחירות לפרלמנט הפלשתיני בינואר 2006. "הפלשתינים בחרו בחמאס כדי שיביאם להישגים ולא לאסונות ואנו סבורים שהגישה של [רה"מ] אולמרט היא לדחוף את האזור למנהרה חשוכה. על העולם לכבד את החלטת הפלשתינים".
עיתון התנועה א–ציראט כולל משחר הופעתו ועד ימינו התייחסויות וסיקורים חיוביים של חמאס במקביל להתבטאויות אנטי-ישראליות ואנטישמיות. בדצמבר 1989 למשל, עת שימש דרוויש כעורך העיתון, נטען כי "השטן טיפח את הטענה של עליונות הגזע הנאצי על פני האנושות כולה. עתה צאצאיו טוענים לעליונות גזע מסוים על פני כל האחרים. השטן מצא את עושי דברו, בשר ודם, המבצעים בחדווה את תורתו השטנית. כל מי שמכבד את עצמו חייב להתייצב מול השטן וצבאו. רק שיירת האמונה לבדה כשהיא מאוחדת מסוגלת להפר את עצתו". מוטיב היהודים כחיילי השטן מופיע לא אחת בפרסומי האחים המוסלמים, ובכלל זה אמנת חמאס – לרוב בהקשר החדית’ המבשר את הקרב הגדול שיתחולל ביום הדין ושבו ישמידו המוסלמים את היהודים עד האחרון שבהם.
התחייבות מנהיג רע"ם, מנסור עבאס, ביום השבעתו "להחזיר את האדמות הכבושות שהופקעו מבני עמנו" לא נולדה אפוא בחלל ריק. הגדרת האדמות הכבושות נתונה לפרשנות רחבה במערב ובישראל, אך בראיית חכמי הדת של האחים המוסלמים (שלא לדבר על התנועה הלאומית הפלשתינית כולל אש"פ, כמו גם רובם המכריע של ערביי ישראל) כל שטח ישראל הוא אדמה כבושה. ואכן, ההבדלים האידיאולוגים בין הפלג הצפוני לדרומי הם מינוריים, כפי שטען (בשנת 2011) שייח’ כמאל ח’טיב, סגן ראש הפלג הצפוני: "בשלב הנוכחי יש הבנות בין שני פלגי התנועה האיסלאמית ואני מקווה שזה ילבש צורה באיחודה של התנועה. במיוחד לאחר שראש הפלג הדרומישייח’ חאמד אבו דעאבס הודיע שאם המחיר של אחדות התנועה האיסלאמית הוא אי-השתתפות בבחירות לכנסת הרי שהם לא ישתתפו בהם".
מאז חלו שינויים משמעותיים במעמד התנועה האיסלאמית, שהמרכזי בהם הוא הוצאת הפלג הצפוני מחוץ לחוק. ועדיין קיים פרדוקס מובנה בין אידיאולוגיית האחים המוסלמים מחד-גיסא לבין גישתה הפרגמטית של התנועה האיסלאמית/רע"ם מאידך-גיסא. כך למשל מפעילה התנועה האיסלאמית את עמותת אל-אקצה המביאה מתפללים לתפילות במסגד לשם הגברת הנוכחות המוסלמית בהר-הבית והתנגדות לעליית יהודים, מקיימת אירועי הסתה נגד הסכנה הנשקפת-לכאורה למסגד, ומפעילה מגביות למען אל-אקצה. במהלך פרעות תשפ"א יזמה התנועה האיסלאמית אירועי תמיכה בערביי הערים המעורבות כנגד "תוקפנות רשויות המדינה" ואתרי התנועה קראו להפגנות (קרי פרעות) אלפים בעכו וביפו. בנוסף יצא הפלג הדרומי במבצע תמיכה ברצועת עזה עת המטיר חמאס אלפי רקטות וטילים על ערי ישראל וכפריה. לאור זאת נשאלת השאלה עד מתי ובאיזו מידה ישכיל מנסור עבאס, כנציג האחים המוסלמים בכנסת ובממשלה, להסתפק בהישגים מוניציפליים לקהל בוחריו תוך טשטוש היעדים האידאולוגים המנחים את דרכו.
