חילוץ נפגעים וניצולים
זמן קצר לפני טביעתה הצליחה המשחתת הישראלית ליצור קשר באמצעות מכשיר קשר נייד עם יחידת צה"ל שהייתה ממוקמת בסיני וביקשה עזרה. היחידה העבירה את ההודעה למפקדת חיל-הים.
למקום טביעת אילת הגיעו מסוקי "סיקורסקי" ו"סופר פרלון" של חיל-האוויר שהחלו בחיפוש וסריקות אחר ניצולים ובחילוצם מהמים. הטייסים התקשו תחילה לאתר את אנשי הצוות על-רקע צבע המים השחור בשל טונות הדלק שנפלטו מהאונייה שהתפרקה. מטוסי "נורד" של חיל-האוויר הגיעו למקום הטביעה שהיה חשוך מאוד והשליכו פגזי תאורה.
מטוסים נוספים הצניחו סירות גומי ורפסודות הצלה. טייס אחד המסוקים סיפר לעיתונאים כי התמונה שנתגלה לעיניו כשהגיע למקום הייתה מזעזעת של המוני אנשים הנאחזים בכל דבר צף בשטח - סירות, גזרי עץ, כסאות. על פני המים התפשט-צף כתם ענקי של שמן-דלק מזוט שנפלט מהאונייה שהתפרקה. מהמשחתת לא נותר זכר היא נעלמה במצולות.
בנוסף למסוקים הגיעו למקום האסון ספינות טורפדו של חיל-הים והחלו למשות ניצולים. הניצולים והפצועים פונו לנקודת טיפול ראשונית ב"חוף רומני" ומשם הוטסו לבית חולים סורוקה בבאר שבע ולבתי חולים במרכז הארץ.
מבצע ההצלה וחילוץ הניצולים מהמים היה קשה והתנהל באיטיות בשל החשיכה הכבדה ששררה במקום, ובשל הצורך לשוט בזהירות כדי לא לפגוע באנשי צוות האונייה ששחו או צפו במים. גם המים השמנונים, תוצאה של טונות הדלק שנשפכו מהאונייה בשל הפגיעה, בה לא הקל על חילוץ ניצולים. מבצע ההצלה נמשך עד שעות לילה מאוחרות וחודש עם עלות השחר ביום שלמחרת.
מצבם של חלק מהחיילים הישראלים, שנפצעו ואושפזו בבתי חולים בישראל, הלך והדרדר על-אף שפציעותיהם טופלו. התברר כי חלק מהפציעות היו קריעות באיברים פנימיים שנבעו מהדף של הפיצוצים. פציעות אלה לא ניתן היה לאבחן במכשור הרפואי שהיה קיים אז בבית החולים.
בהפגזת האונייה ובטביעתה נהרגו 47 מאנשי הצוות, ועשרות נפצעו. בין ההרוגים: שני אחים, אברהם ויעקב כהן שהיו בצוות האונייה.
מכה קשה לחיל-הים
טיבוע אח"י אילת שהייתה כאמור מספינות הדגל של חיל-הים הייתה מכה קשה לחייל. הטיבוע היה תקרית החמורה ביותר בין ישראל למצרים באותה תקופה ומהווה הפרה של הסכם הפסקת האש בין הצדדים.
ב-24 באוקטובר 1967 שלושה ימים לאחר אסון טיבוע אניית אילת מינה הרמטכ"ל יצחק רבין את סגנו האלוף חיים בר לב כקצין חוקר לנסיבות שהביאו לטיבועה של משחתת אח"י אילת. בר לב נפגש עם אנשים שהייתה להם נגיעה לטיבוע אילת. הוא שוחח עם מפקדי חיל-הים, קצינים בחיל-האוויר שלקחו חלק בפעולה ההצלה וכמובן עם ניצולים מהמשחתת.
כעבור מספר שבועות בנובמבר 1967 הגיש חיים בר-לב לרמטכ"ל יצחק רבין את מסקנותיו והמלצותיו וזה האחרון, כך נמסר, אישר אותם. פרטי דוח בר לב בחלקם לא פורסמו ברבים וכללו מידע מסווג, אולם בשורה התחתונה. דוח בר לב קובע כי אין להעמיד מי מהמפקדים הבכירים בפרשת טיבוע אילת מאחר שלא נמצאו חריגה מסמכות, הפרת הוראות, התרשלות במילוי תפקיד או משהו מעין זה.
