התאונה התרחשה בשעה 8:45 בבוקר. האוטובוס, בו נהגה רות דוידוב והיו בו 38 נוסעים, עצר לפני מפגש מסילת הברזל שבין דרך העפר שעליה נסע לבין מסילת הרכבת בקו תל אביב-חיפה סמוך למושב הבונים. הדרך הייתה דרך חקלאית, ולא הוצב בה רמזור או מחסום. הנהגת עצרה לפני המסילה והחלה לחצות את המסילה כשהיא כנראה לא שמה לב להתקרבותה המהירה של רכבת נוסעים שהייתה בדרכה מתל אביב לחיפה, שהתנגשה בעצמה בחלקו האחורי של האוטובוס במהירות של כ-75 קמ"ש והעיפה אותו למרחק של 40 מטרים. האוטובוס נשאר לשכב על צידו. מעוצמת הפגיעה נהרגו 21 מנוסעי האוטובוס. תלמידה נוספת, שרונה כברה, מתה מפצעיה בבית חולים רמבם כעבור שלושה ימים וכך עלה מניין ההרוגים בתאונה המחרידה ל-22, 19 מהם תלמידים, נהגת האוטובוס - רות דוידוב, מחנכת הכיתה - אסתר גץ ואם מלווה, שלי מנדלוביץ. 16 תלמידים נוספים נפצעו. כמה מהם באורח קשה והועברו לבתי החולים רמב"ם והכרמל בחיפה והלל יפה בחדרה. למעשה כל נוסעי האוטובוס נפגעו. מגן דוד אדום הקים במקום בית חולים שדה מאולתר וצוות של רופאים וחובשים הגישו לנפגעים טיפול ראשוני, אם כי האמבולנסים הראשונים הגיעו למקום כעבור זמן רב יחסית. כוחות משטרה וחברי מושב הבונים הסמוך סייעו בעבודות החילוץ וההצלה. הילדים ההרוגים השתייכו לכיתה ז' 12 בבית ספר "ברנר" בפתח תקוה. האוטובוס השתייך לחברת אגד שנסע בשיירה של אוטובוסי "אגד" שהובילו את תלמידי בית ספר ברנר בטיולם והיה השני שחצה את המסילה. הראשון חצה את המסילה בשלום. הרכבת עצמה ירדה מהפסים, אולם מלבד פצוע קל לא היו בה נפגעים. קטר הרכבת, מסוג G-12 מספר 120, נפגע בתאונה, אך שופץ וחזר לשירות. נהג הקטר הפוגע, שלמה סומך, נתקף בהלם. ההרוגים נקברו בחלקה מיוחדת בבית הקברות סגולה בפתח תקוה. ההלוויה הייתה ממלכתית בהשתתפות ראשי המדינה, נשיא המדינה וראש הממשלה. אלפי איש השתתפו בה. דברי הספד נשא יצחק נבון. .האסון גרם הלם במדינה, הן בשל ממדיו והן בשל גילם הצעיר של התלמידים

"ועדת בודקת" מטעם משרד התחבורה

שר התחבורה חיים קורפו מינה זמן לאחר התאונה "ועדה בודקת" לחקירת נסיבות התאונה בראשות פרופ' משה ליבנה לשעבר יו"ר המכון לבטיחות דרכים בטכניון. ועדה זו פרסמה מסקנותיה תוך ימים ספורים כשהיא קובעת כי "הגורם העיקרי לתאונה היה התנהגותה המוטעית של נהגת האוטובוס, שכנראה לא הבחינה בהתקרבות הרכבת, כאשר החלה בחציית המסילה, וגם לא בהמשך החצייה, למרות שמבחינה פיסית יכלה לכאורה לראות את הרכבת המתקרבת". הוועדה קובעת כי האוטובוס היה במצב טכני תקין וכי נהג הרכבת לא היה יכול למנוע את התאונה. מעיון מעמיק במסקנות ועדת לבנה בה היו חברים גם נציגים ממשרד התחבורה ומרכבת ישראל התרשמתי כי הן נמהרות מידי, שטחיות משהו ואף לעיתים סותרות זו את זו. ויתכן כי "הוועדה הבודקת" עשתה עוול לנהגת האוטובוס דוידוב בהטילה על הנהגת את עיקר האחריות לתאונה מבלי להטיל אשם ואחריות לתאונה גם על משרד התחבורה, רכבת ישראל ובעלי תפקידים ציבוריים הקשורים לנושא. התברר כי עוד ב-1972 קבע משרד התחבורה כי צומת הרכבת במפגש הבונים חייב להיות מרומזר, אולם שום דבר מעשי לא נעשה בעניין ורק ב-1990 חמש שנים לאחר התאונה המחרידה בצומת זה הותקן במקום מחסום אוטומטי מרומזר. נהגת האוטובוס, כך מתברר, עצרה לפני הפסים כחוק. על-פי עדויות נשמעה צפירת רכבת ומספר תלמידים הסבו תשומת ליבה להתקרבותה של הרכבת. מועלת סברה כי ייתכן שנהגת האוטובוס לא שמעה את הרכבת בשל האזנה לרדיו שהושמע בעוצמה גבוהה. וכשהבחינה ברגע האחרון ברכבת נכנסה ללחץ.

מסקנות ועדת קמא

זמן מה לאחר התאונה המחרידה בה איבדו את יקירהם פנתה קבוצת הורים לראש הממשלה שמעון פרס להקים ועדת חקירה ממלכתית בעלת סמכויות משפטיות. במקום להורות על הקמת ועדה חקירה ממלכתית מסוג זה הוקמה ועדת צוות בדיקה בראשות השופט עזרא קמא שהתבקשה לבדוק ולהמליץ אם יש בכלל צורך לכונן ועדת חקירה ממלכתית. ועדת קמא המליצה על הקמת ועדת חקירה ממלכתית בטענה שרק ועדה מסוג זה תוכל לשנות את הליקויים הרבים שבתחום בטיחות מפגשי מסילות הרכבת. ועדת קמא קובעת במסקנותיה כי אסור להסתפק בדוח ועדת לבנה בשל סתירות רבות בו בין ממצאי בדיקת "ועדת לבנה" לממצאי חקירת המשטרה וצריך להעמיד לדין אנשים נוספים שהיו מעורבים בתאונה. הוועדה קובעת כי נתגלו ליקויים בפעולת הרשויות ונושאי תפקידים ציבוריים שלדעת הוועדה אלו גרמו למפגע החמור בצומת הבונים ולפיכך גרמו לתאונה. במהלך דיוניה של ועדת קמא הועלה חשד ש"הקופסה השחורה" של הרכבת שנשלחה לבדיקה בגרמניה אינה הקופסה המקורית שהייתה בקטר בזמן התאונה וכי נעשו שינויים בסרט הטכוגרף. אולם למיטב ידיעתי לא התגלו הוכחות לכך. על-פי הרישום של בדיקת הטכוגרף ברכבת שפגעה באוטובוס תלמידי "ברנר", בלמי החירום הופעלו כשמהירות הרכבת כ-100 קמ"ש וכ-160 מטרים מ"מפגש הבונים". ברכבת ישראל מסרו כי מבדיקתם עולה כי הנהג הפעיל בלם חירום 240 מטרים לפני מקום המפגש. ועדת קמא מציינת במסקנותיה כי במקום התאונה לא היה שום ציוד רפואי. למקום הגיע אמבולנס לאחר 15 עד 20 דקות ואמבולנס נוסף כעבור כ-5 דקות. נהג הקטר שלמה סומך העיד כי הבחין באוטובוס ממרחק של כ-400 מטרים, אולם העריך שהאוטובוס יספיק לחצות את המסילה לפני שהרכבת תגיע לצומת. ב-1987 הוחלט להגיש כתב אישום נגד נהג הרכבת שלמה סומך באשמה כי לא בלם מוקדם יותר בעת שהבחין באוטובוס ולו היה עושה כן ייתכן שהתאונה המחרידה הייתה נמנעת, אולם ב-1989 זיכה אותו בית המשפט. אחרי זיכויו העיד על עצמו ועל מהלך חייו אחרי האסון: "אני אדם מת. אדם נושם שלא חי". ב-2 באוקטובר 2001 הגיע למחסום הרכבת בחוף הבונים יקותיאל כהן מורה נהיגה במקצועו, אביה של יאירה כהן, שנהרגה באסון ושם התאבד, במקום שבו נספתה בתו שש עשרה שנה קודם לכן. מכריו סיפרו כי הכאב על מות בתו היה גדול מנשוא. לזכרם של הרוגי "אסון הבונים" הוקמה במקום בו התרחשה התאונה אנדרטה ועליה שמות ההרוגים.