אחת הנקודות שהעסיקו לא אחת את בתי המשפט היתה תחולתה של ההנחה במיסים שניתנה כהוראת שעה ביחס למכירה של זכות במקרקעין בתקופה הקובעת (בין 7.11.01 ל - 31.12.03). על-מנת לעודד עסקות נדל"ן באותה תקופה, קבע המחוקק הנחה בשיעור של 20% מהמס למכירות שיבוצעו עד 31.12.02, ו - 10% מהמס למכירות עד 31.12.03.
במהלך השנים, עוררה הוראה זו שאלות לא מעטות. כך לדוגמה - האם ההנחה במס שבח חלה גם על מס מכירה (שכן מצויין בסעיף אחר כי דין מס המכירה כדין המס)? על שאלה זו ענה בית המשפט המחוזי בחיוב בפסק הדין עניין רוגובין וכיום הנושא מצוי לפתחו של בית המשפט העליון לאחר ערעור שהוגש על-ידי המדינה.
שאלה נוספת התעוררה ביחס להוראה שמנעה "כפל מבצעים" ביחס להנחה זו. חוק מיסוי מקרקעין קבע כי ההנחה במס לא תחול על מכירה "שחל לגביה פטור ממס, כולו או חלקו או שיעור מס מופחת". מכוח הוראה זו נקבע לדוגמה שההנחה לא תחול במקרים של הפקעה, שכן על הפקעה ממילא חלה הנחה של 50% מהמס (ע"א גני רון).
שאלה מעניינת בהקשר זה נבחנה לאחרונה בפסק דינו של בית המשפט העליון בעניין יהודה רוזי (ע"א 7669/05). באותו נושא נדונה מכירתה של דירת מגורים שתמורתה הושפעה מזכויות בניה נוספות (לא מנוצלות). ביחס לדירה כאמור, קובע החוק כי הפטור ממס שבח במכירת הדירה לא יחול על מלוא מחיר המכירה של הדירה אלא יעשה פיצול וחלק מהתמורה המיוחס לזכויות הבניה הנוספות ייחשב כנכס נפרד ויחוייב במס.
השאלה שהתעוררה הינה האם בנסיבות אלו המוכר, שישלם מס באופן חלקי, יזכה להנחה על המס החלקי ששולם על ידו.
בשלב ועדת הערר נבחנה השאלה האם דירת המגורים וזכויות הבנייה הנוספות הינם שני נכסים נפרדים הנמכרים במכירה אחת. וועדת הערר אכן קבעה כך, בהדגישה כי כל החלק הפטור שייך לדירת המגורים, ולכן כל התמורה המיוחסת לזכויות הבנייה ממוסה בשיעור מס מלא, אינה זוכה להנחה אחרת למעשה, ועל כן זכאית להנחה של 20% נשוא התקופה הקובעת.
המדינה ערערה על פסיקה זו ובית המשפט העליון, בפסק דין מפי כב' השופטת אסתר חיות קיבל את עמדתה. בית המשפט בחן את הוראות החוק וקבע כי הפטור ממס המוענק במכירת דירה עם זכויות בניה נוספות מוענק באופן חלקי גם לזכויות הבניה הנוספות. בנסיבות פסק הדין היה שווי הדירה מתוך הממכר כ-650,000 ש"חוניתן כפל פטור ממס (בהתאם להוראות סעיף 49ז לחוק מיסוי מקרקעין) על 1,300,000 ש"חמתוך תמורה של מעל 2,000,000 ש"ח. נקבע כי הפטור שניתן איננו כפל פטור ביחס לדירה, אלא פטור המתייחס בחלקו גם לזכויות הנוספות. על כן, אכן ניתנה הנחה ביחס למכירת הזכויות הנוספות ולכן אין זכות להנחה נוספת שניתנה למכירה בתקופה הקובעת.
לפסיקה זו מספר השלכות: ניתן להבין מהגיונו של פסק הדין כי מקום בו שוויה של דירת המגורים הנמכרת עלה על תקרת הפטור לפי סעיף 49ז (כ - 1.3 מיליון ש"ח) - אזי כן תחול ההנחה ממס למכירה בתקופה הקובעת, שכן הפטור הוענק אך ורק לדירת המגורים ולא לזכויות הבניה הנוספות!
זה עשוי להיות המצב גם במקרים נוספים - לדוגמה מקרה בו בוצע פיצול פיזי, והוענק פטור אך ורק לדירת המגורים ולא לזכויות הנוספות (ראה לדוגמה עניין ללזרי המתאר סיטואציה מעין זו ביחס למשק חקלאי). כמו כן, מקום שנעשה גם פיצול פיזי וגם פיצול רעיוני דומה כי ההנחה תחול רק על החלק המפוצל פיזית בהיותה זכות טהורה במקרקעין ללא מרכיב הנחה. לעומת זאת בחלק שפוצל פיצול הרעיוני לא תינתן הנחה על-פי ההנמקה בעניין רוזי.