קבוצות פוליטיות שונות המקורבות לאיסלאם מפעילות לחץ על אוניברסיטת יוהנסבורג שבדרום אפריקה, להטיל חרם על אוניברסיטת בן-גוריון ולבטל הסכם חתום לשיתוף פעולה מחקרי בין שתי האוניברסיטאות. תוכנית המחקר המשותפת נועדה לפתור בעיות של זיהום במאגר מים ליד יוהנסבורג ועשוי לתרום לשיפור איכות מאגר המים, לטובת תושבי דרום אפריקה.
הקשר בין שני המוסדות קיים כבר שנים. עוד ב-1997 נשיא דרום אפריקה, נלסון מנדלה, קיבל תואר ד"ר לאות
כבוד מאוניברסיטת בן-גוריון. הוא שיבח את הישגיה של האוניברסיטה, וציין: "באוניברסיטת בן-גוריון בנגב יש לנו מרכז מצוינות, המייצג את המיטב שבמסורות העם היהודי: חוש של שליחות, בינלאומיות וכושר המצאה".
ההסכם הנוכחי בין שני המוסדות נחתם לפני כשנה, אך מיד עם חתימתו החלו גורמים שונים בתוך אוניברסיטת יוהנסבורג ומחוצה לה להפעיל לחצים כבדים על הנהלת האוניברסיטה לבטלו. כתוצאה מכך, יתכנס ביום רביעי הקרוב הסנאט של האוניברסיטה כדי לדון בנושא ולערוך הצבעה בדבר ביטול שיתוף הפעולה והטלת חרם על אוניברסיטת בן-גוריון.
המתנגדים לשיתוף פעולה זה מאשימים את אוניברסיטת בן-גוריון ב"פגיעה בחופש אקדמי וזכויות האדם, בהיותה שותפה לדבר עבירה לשיטת האפרטהייד שמנהיגה ממשלת ישראל".
מהנהלת אוניברסיטת בן-גוריון נמסר כי "אוניברסיטת בן-גוריון בנגב היא התגלמות דו-קיום ומהווה דוגמה מובהקת לשיתוף פעולה עם מוסדות אקדמיים וגורמים אחרים פלשתינים וירדניים, לרבות מעורבות הדוקה באוכלוסיה הבדואית בנגב. מעורבות זו עומדת בסתירה לטענות של מובילי המהלך נגד האוניברסיטה, שאינו מובן ומנותק לחלוטין מההוויה ומהמציאות בשטח. חרם אקדמי על האוניברסיטה עלול לסכן פעילויות לחיזוק הדו-קיום, כמו גם לפגוע בשיתופי פעולה מחקריים-אקדמיים למען הכלל. למותר להדגיש כי האוניברסיטאות בישראל אינן ארגונים פוליטיים, ואין להן שום השפעה על מדיניות הממשלה והמפלגות באשר הן".