דומה שאין מנהג דומיננטי יותר אצל בני הדת היהודית ממנהג הכפרות של ערב יום הכיפורים. אפילו בעיני אלה הרחוקים מן החיים הדתיים תכלית ריחוק - המנהג הזה קדוש בעיניהם יותר מכל מנהג אחר.
מקורו של מנהג הכפרות בבבל ומשם התפשט לספרד, צרפת, גרמניה ושאר התפוצות. אף כי בספרד קמו למנהג מתנגדים כרמב"ן והרשב"א - לא עלה בידי איש מהם לבטלו.
מנהג הכפרות נזכר לראשונה בתשובותיו של הגאון סורא, במחצית השנייה של המאה השביעית לספירה. ההסבר לבחירת תרנגול-כפרות דווקא, על פני שאר החיות, הוא בכך שהינו מצוי בביתו של אדם יותר מכל בהמה וחיה אחרת. מסתבר יתר על כן: מסתבר שהתרנגול הוא בעל-חיים מובחר ולא בכדי הוא מכונה "גבר".
על-פי מנהג הכפרות מניח שליח הציבור את ידו על ראשו של התרנגול ומכריז שלוש פעמים: "זה תחת זה וזה חלוף זה, זה מחול על זה", או: "זו כפרתי זו חליפתי, זה התרנגול ילך למיתה ואני אלך לחיים טובים וארוכים".
בגרמניה נהגו לשחוט אווזים ותרנגולים. לעומתה, בספרד, היו שוחטים תרנגול זקן לכפרה על נער, מולקים את ראשו ותולים אותו בנוצתו בפתח הבית, וגם מצמידים לו שום, כדי שיביא מזל; ואילו בצרפת הביאו, ערב יום הכיפורים, תרנגולים זכרים לזכרים ותרנגולות לנקבות.
החכמים הראשונים כבר נתנו טעם לבחירת התרנגולים לכפרות והמנהג התפרסם לראשונה בסמיכות לתקופת התלמוד. טעם המנהג נרמז בעצם שמו ומחלקים את התרנגולים לעניים, לאלמנות וליתומים, ואומרים: "כדי שיהיה כופר שלנו ויהיו עלינו כפרה".
בתקופת הגאונים היה ברעיון הכפרות משום פדיון הבן. ישראל הוא בנו בכורו של הקדוש-ברוך-הוא וצריך פדיון כבכור. ובפדיון הבכור נותנים את הכסף לכהן, ובכור-ישראל נותן פדיונו לעניים. וכיון שהתמורה היא דוגמת פדיון הבן, לכן סדר הכפרות יהיה כסדר פדיון הבן. הרעיון הזה שולט בתוך מנהג אחר של כפרות, שהיה נוהג בזמן תקופת הגאונים, אלא שלא נתפשט בארצות-אירופה, וההבדל בין שני המנהגים הוא זה: המנהג השגור הוא דמות פדיון הבכור והמנהג השני, כוונתו הפנימית היא שכרם צריך פדיון בשנה הרביעית. ומכיוון שישראל הוא כרמו של אלוהים, לכן ישראל צריך פדיון.
