במסגרת מבצע "עופרת יצוקה" שעורך צה"ל בעזה, הפציץ חיל-האוויר שורת מסגדים המהווים מחסה לפעילות חבלנית המתרחשת בתחומם. לשימוש אותו עושה ארגון ’חמאס’ במקומות קדושים כמסווה לפעילות חבלנית עויינת יש שורשים בסכסוך היהודי-ערבי בארץ-ישראל ואין זו תופעה חדשה. על שניים מהם אעמוד בקצרה.
במהלך מאורעות תרצ"ו-תרצ"ט (1939-1936) נרצח לואיס אנדרוס מושל מחוז הגליל (26.9.1937) על-ידי אנשי כנופיית טרור ערבית. בעקבות המקרה הדיחה ממשלת המנדט הבריטי את המופתי של ירושלים חאג’ אמין אל-חוסייני מכל תפקידיו (30.9.1937).
באותם ימים שהה המופתי בקביעות במתחם הר הבית ולא יצא את שעריו בכדי להתחמק ממעצר על-ידי המשטרה הבריטית, שחששה מעימות בתוך המקום הקדוש. כשבועיים-לאחר-מכן הוביל המופתי פעולת הסחה, שכללה ביצוע פיגועים בירושלים ובחסותה נמלט מהארץ. לאורך 1938 התפרסמו בהזדמנויות שונות דיווחים בתקשורת וידיעות מודיעיניות כי מתחם הר הבית משמש מקלט לחברי כנופיות ערביות ולאחסון חומרי חבלה. הערבים אף ניצלו את פעולות הווקף המוסלמי ושלטונות המנדט לשיקום מבנה כיפת הסלע בכדי להטמין במתחם הר הבית אמצעי לחימה כפי שפורסם בגיליון הערב של הארץ מ-15.7.1938: "בחיפוש שערכה אתמול המשטרה בשיתוף עם הצבא בעיר העתיקה נמצאה בשטח מסגד עומר סמוך למסגד כפת הסלע כמות הגונה של נשק. הנשק נמצא בתוך חומרי בניין שהוכנו בשביל תיקון בדק המסגד. בין השאר נמצאה כמות של פצצות, כדורים ורובה אחד".
ביולי 1938 החלו מאות אנשי כנופיות ערביות לחדור אל העיר העתיקה בירושלים ודחקו ממנה את המשטרה הבריטית. השתלטות זו הושלמה בראשית אוקטובר ולא הותירה לבריטים ברירה אלא לכבוש אותה מידיהם בחזרה. במבצע בזק פרצו גדודי הצבא הבריטי אל תוך החומות תוך שימוש בכוח רב ונתקלו בהתנגדות מועטה. רבים מאנשי הכנופיות נמלטו מהעיר או מצאו מיסתור בהר הבית שאליו נמנעו הכוחות מלהיכנס. במהלך הסריקות אחר חשודים הזמינה הנהלת הווקף את הצבא לערוך חיפוש במתחם הר הבית בניסיון להוכיח כי אין במקום נשק. אולם כאשר הגיעו הסורקים לצריח המסגד (מינרט), שממנו קורא המואזין לתפילה נמצאו בו "...מספר תיבות שנתרוקנו מרימוני יד". על-כך נכתב ב’טיימס’ כי "המוסלמים עצמם חיללו את השטח הקדוש בעיניהם. בידי הממשלה ישנן הוכחות על המעשים שנעשו באותו מקום".
עדות נוספת לשימוש הצד הערבי במקום קדוש לצרכיו המלחמתיים התרחשה במהלך מבצע "חומת מגן" (מרס-מאי 2002). באפריל 2002 קבוצה של 39 מבוקשים פלשתינים חמושים ברובים ומטעני חבלה התבצרה בכנסיית המולד בבית-לחם. הקבוצה החזיקה בכמרים ובאזרחים ששהו בכנסייה כבני ערובה וניהלה עם כוחות הביטחון הישראלים משא-ומתן, שעורר הדים ברחבי העולם בכלל וברחבי העולם הנוצרי בפרט. לבסוף הושג הסכם, שבעקבותיו החל פינוי האזרחים והוגלו 26 מבוקשים מדרג הביניים לעזה. פרשת ההתבצרות הסתיימה לאחר שמדינת ישראל הסכימה להגליית 13 מהמבוקשים הבכירים לחו"ל כתוצאה מנכונות בינלאומית לקליטתם, במדינות האיחוד האירופי.
הכנסת המקומות הקדושים אל תוך מעגל הלחימה חורגת מייעודם המקורי ומטילה דופי בחשיבותם הדתית ולכן על הצד הערבי והנהגתו מוטלת האחריות לפעול להפסיקה בטרם תביא לליבוי ולהעצמת הסכסוך על-רקע דתי.
