בזמן מלחמת לבנון הראשונה הקים המוסד את אחד הבסיסים שלו בלבנון. הוא עשה זאת במבנה שהשתייך לפני כן לארגון הטרור הפלשתיני "נשרי המהפכה", בכפר זבדין הסמוך לנבטייה, בירת השיעים בדרום לבנון. המבנה נכבש בידי חטיבת גולני בשבוע הראשון למלחמה. בבסיס שירתו ירון זכאי, "קפטן מוניר" - איש המוסד שדיבר כשפת-אם את כל הדיאלקטים של הערבית והכיר את כל המנהגים הדתיים של כל העדות; לוחם גולני, ו-16 לוחמי צבא דרום לבנון (צד"ל).
דברים אלה חשף לוחם המוסד לשעבר, ירון זכאי. הוא דיבר במסגרת סדנת אלפרדו למלחמה הבאה, בהנחיית אביתר בן-צדף שהתמקדה בהיווצרות החיזבאללה ובסיכונים שעלול הארגון, שברשותו מאה אלף טילים המכוונים לכל מטרה אסטרטגית בישראל, להמיט על ישראל - דבר שלדבריו מהווה איום אסטרטגי על כולנו.
לפי זכאי, האימאם השיעי בנבטייה, מוחמד מהדי שמאס אל דין, הוציא אז פתווה (פסק דתי) שיש להילחם בישראל ולהרוג ישראלים. אל דין, שאילן היוחסין שלו מגיע לאבי האיסלאם מוחמד, למד בכרבלא שבדרום לבנון יחד עם האייאטולות של אירן. פתווה זו היא הבסיס להתארגנות החיזבאללה כארגון טרור לגיטימי בלבנון בצד צבא לבנון. באותה שנה, בחגיגות העשורא - במהלך טקס התעזיה שבו היכו עשרות אלפי שיעים את עצמם עד זוב דם לזכר יסוריהם של חוסין בן עלי ו-70 מבני משחתו שנרצחו בעיר כרבלא - הצליח זכאי, תוך סכנת חיים ודאית, לבייש את האימאם, בנוכחות עשרות אלפי חוגגים, ותמרן אלפי אלמנות שיעיות, שהועמדו בראש ההפגנה, לקלל את האימאם. "כתוצאה מכך", המשיך זכאי, "השיעים בנבטייה לא רק שלא פעלו נגד ישראל, אלא רבים מהם התגייסו אז לצד"ל, שפעל בפיקוד ישראלי.
"אבל צה"ל נמנע מלהתקדם מעבר לכביש ביירות-דמשק. האירנים קנו בכסף רב, בבעל-בק, הבירה הצפונית של השיעים, את שייח פדאללה ו-1,500 איש, והפעילו אותם נגד חיילי המארינס האמריקני והצרפתי בביירות, ונגד צה"ל". מכאן מסיק זכאי שניתן היה למנוע את הקמת החיזבאללה, לו פעל צה"ל גם בבעל-בק, כפי שהוא פעל בנבטייה. מה עוד שבתוכניות המלחמה של צה"ל לקראת מלחמת לבנון הראשונה הוטל על הגיס, בפיקודם של אביגדור בן-גל (יאנוש) וסגנו
אהוד ברק, להגיע עד בעל-בק ולהשתלט עליה. תפקודו הלקוי של הגיס, ובייחוד הכישלון בקרב סולטן יעקוב, מנעו זאת.