ממייסדי הטלוויזיה הישראלית
בסוף שנות ה-60 היה ניסן חבר בצוות הקמת הטלוויזיה הישראלית (ערוץ 1) בראשותו של פרופ' אליהוא כ"ץ. ועם הקמת הטלוויזיה הישראלית היה מהעורכים והכתבים הראשונים של "מבט" שהייתה כידוע מהדורת החדשות המרכזית בטלוויזיה עם שיעורי צפייה גבוהים ביותר. ניסן היה, כאמור, הכתב המדיני הראשון של הטלוויזיה הישראלית וכתב פרלמנטרי, עורך ומגיש "יומן השבוע", עורך ומנחה "מוקד", עורך ומפיק "מבט שני ועוד.
יותר מכל, כך דומה, מזוהה בציבור אלי ניסן עם התוכנית "מוקד", אחת מ"תוכניות הדגל" של הטלוויזיה הישראלית שאותה ערך והנחה במשך שנים לא מעט (יחד עם אחרים). התוכנית "מוקד" עסקה בנושאי אקטואליה ובפוליטיקה הישראלית. בכל תוכנית הוזמנה לאולפן אישיות פוליטית, שנמצאה במרכז אירועי השבוע, לראיון אישי.
כתב הטלוויזיה בארצות הברית
משנת 1975 במשך כארבע שנים עד קיץ 1979 היה ניסן שליח
רשות השידור - כתב הטלוויזיה בוושינגטון. לאחר ששב ארצה עם סיום תפקידו בארצות הברית יזם תוכנית חדשה בשם "כניסה חופשית". ששודרה בשידור חי פעם בשבועיים לערך בהשתתפות קהל והועלו בה מגוון נושאים חברתיים ובהן "הזכות לדעת" - חופש העיתונות, "צנעת הפרט" ועוד. כמו-כן היה אלי ניסן בשנים אלה מפיק ובמאי סרטי תעודה וכתב מיוחד לענייני היום.
ניסן היה יו"ר אגודת העיתונאים בירושלים (1981-1979) ויו"ר האיגוד הארצי של עיתונאי ישראל (1983-1981). ב-1982 היה ניסן יחד עם אחרים, מיוזמי הקמת רשת מקומונים בשם "רחוב ראשי" - רשת המקומונים הראשונה בישראל, ושימש כעורך ראשי של הרשת, אולם המיזם לא צלח וכעבור שנתיים ב-1984 נסגרה הרשת. ב-1988 פרש מרשות השידור, הקים חברת הפקת סרטים ותוכניות טלוויזיה, שימש יועץ מקצועי לחברות ולגופי תקשורת וכבלים ולמועצות ציבוריות בתחום התקשורת.
ניסן הותיר אחריו 2 ילדים: עודד ניסן, איש הייטק, ובת יעל, עורכת דין במקצועה. ונכדים. הוא הובא למנוחות ביום א' 24.7.22 בבית העלמין רמת השרון צומת מורשה.