אולם הפעלת הקווים הייעודיים כרוכה בשתי בעיות מהותיות, המעלות חשש לחריגה מכללי מינהל תקין ומהוראות החוק. בחוק להסדרת אירוע הילולת רבי שמעון בר יוחאי בהר מירון (הוראת שעה) נקבע כי כרטיסי נסיעה יעודיים בתחבורה הציבורית למירון, שמנפיק הממונה על כרטיסי הנסיעה למירון, הם למעשה היתר שהייה מטעם שר ירושלים ומסורת ישראל. אולם החוק מתייחס רק לאופן שבו נמכרים הכרטיסים - קרי: א. גורם אחראי אחד מטעם משרד התחבורה למכירת הכרטיסים והנפקתם, שאינו שייך למפעילי התחבורה הציבורית כנהוג; ב. התנהלות המכירה באופן הפתוח לכלל הציבור ובשיטת 'כל הקודם זוכה'. עם זאת, סעיף נוסף בחוק מתייחס על דרך השלילה להסדרי נסיעה שלא יכובדו ומציין כי "לכל הסדר נסיעה אחר בתחבורה ציבורית אל מתחם מירון לא יהיה תוקף בזמן ההילולה", אך אינו מאפשר על דרך החיוב לממונה על כרטיסי הנסיעה למירון לקבוע תעריפים חדשים לנסיעה. אשר על כן, ברירת המחדל למה שנקבע בנהלי משרד התחבורה - "תעריפי הנסיעה בהזמנת מקומות מראש יהיו בהתאם לצו פיקוח על מחירי מצרכים ושירותים (מחירי נסיעה בקווי השירות באוטובוסים)". בצמרת משרד התחבורה החליטו שתעריפי הנסיעה יהיו גבוהים יותר בכמה שקלים מאשר תעריף חופשי-יומי. גורם במשרד התחבורה אמר ל-News1 כי החוק מורה מפורשות שהסדרי הנסיעה הרגילים לא חלים, והסביר שההיגיון מאחורי הנסיעה היקרה יותר למירון הוא הצורך בהקמת תשתיות וב-5 שעות המתנה ממושכת של אוטובוסים בחניון. הגורם הדגיש כי למרות עליות המחירים במשק, לא התייקרו תעריפי הנסיעה. לשאלת הסמכות החוקית לקבוע תעריף אחר, השיב כי "המפקח על התעבורה, כבכל שנה, קובע את התעריפים בהתאם לסמכותו על-פי דין". אולם כאשר הקשינו ושאלנו מדוע לא פורסם צו מחירים בנדון והדבר לא פורסם ברשומות, בחרו במשרד התחבורה שלא לענות, וגלגלו את השאלה בין גורמים שונים במשרד. בדוברות המשרד נמנעו גם לומר מי אישר את ההעלאה. ככל שיתברר כי התעריף שנגבה מן הנוסעים גבוה מן המותר בחוק ונקבע בחוסר סמכות, ייאלץ משרד התחבורה להשיב מאות אלפי שקלים, וייתכן שהדבר אף יגרור צעדים משמעתיים כלפי מה שמסתמן לכאורה כפעולה בחוסר סמכות.

טענה נוספת שעשויה לעלות כנגד משרד התחבורה היא סגירת מכירת הכרטיסים כבר בסוף השבוע, וזאת למרת שנהלי הרשות הארצית לתחבורה ציבורית קובעים כי "מכירת כרטיסים מוקדמת תתאפשר עד 12 שעות לפני מועד הנסיעה". חוק מירון אומנם מאפשר מכירה בשיטת כל הקודם זוכה, אך כידוע ישנם לא מעט ביטולים של הרגע האחרון, ולמאחרים לא מתאפשר להזמין את המקומות שהתפנו. בדיון שנערך ביום חמישי אחר-הצהריים עדכנו נציגי משרד התחבורה כי נמכרו כ-160 אלף כרטיסים - מתוכם מאה אלף כרטיסים לתחבורה ציבורית המהווים 3,000 נסיעות. ״למעט בשעות השוליים, כל הכרטיסים שהוקצו למכירה - נמכרו״ עדכנו. 

מערך קווי אוטובוס ישירים למירון יופעל מ-20 מוקדי ריכוזים חרדיים ברחבי הארץ: ירושלים, בני ברק, ביתר עילית, חיפה, אשדוד, בית שמש, טבריה, נתניה, מודיעין עלית, נתיבות, עפולה, קריית גת, אופקים, אלעד, פתח תקוה, רכסים, חצור הגלילית, כרמיאל וצפת, וכן מהיישובים הסמוכים למירון במועצה האזורית מרום הגליל. במבצע הענק ישתתפו שבעה מפעילי תחבורה ציבורית: נתיב אקספרס, אגד, סופרבוס, אפיקים, דן בדרום, דן וחברת קווים. קיימת אפשרות נוספת לחזרה ברכבת. המשתתפים בהילולה יוכלו לשוב ממירון מתחנת הרכבת כרמיאל, לתחנות תל אביב סבידור מרכז בית שמש, אשר תופעל במתכונת מיוחדת, הכוללת הוספת ארבע נסיעות ליליות לאחר תום זמני השירות הרגילים, מהשעה 02:45 בליל ל"ג בעומר, לאחר מכן בשעות 03:30, 04:15, ו-05:00 לפנות בוקר, ולמחרת לאורך כל היממה. לנסיעה חזרה ממירון באמצעות הרכבת אין צורך בהזמנה מראש, אך נדרשת הצגת כרטיס נסיעה בתוקף של אחד ממפעילי התחבורה הציבורית המכבדים כרטיסי רב-קו. כרטיס של חברות פרטיות לא יכובד. שרות עירוני משלים מתחנת הרכבת בבית שמש יופעל בקווים 4, 5, 15 ו-17 מהשעה 5 בבוקר. בנוסף, במהלך הלילה יופעל שרות עירוני משלים בקווים 15, 16, 21 מחצות ולאורך כל הלילה אל מוקד היציאה המרכזי למירון ברחוב אליהו הנביא פינת נהר הירקון, ולרווחת החוזרים ממירון בשעות הלילה בקו 987. מתל אביב יופעלו הסעים ליליים לבני ברק. כבכל שנה, הרשות הארצית לתחבורה ציבורית במשרד התחבורה תפעיל חדר מצב מיוחד בהר מירון, בניהול ראש הרשות הארצית לתחבורה ציבורית, רן שדמי, במטרה להעניק מענה מיידי לניהול האירוע בזמן אמת. חדר המצב יאויש המנהלים בכירים של הרשות לתחבורה ציבורית ובנציגי מפעילות התחבורה הציבורית. נציגי משרד התחבורה יפעלו גם בכל מוקדי היציאה של קווי האוטובוסים והטרמינלים השונים.