לצערי, ישנם מעט מאוד טיפולים יעילים באפטות. הטיפולים הם ברובם מקומיים - שטיפות פה בתמיסות חיטוי ומשחות שונות. תפקידם העיקרי הוא ביכולתם להקטין את מספר החיידקים בחלל הפה, תוך שמירה על היגיינה אוראלית. עבור אלו הסובלים מאפטות חוזרות, זהו טיפול מניעתי שמסייע להפחתה בהישנותן של אירועי האפטות.
טיפולים מקומיים נוספים הם מריחת משחות המכילות קורטיקוסטרואידים שהינם מן הורמונים סטרואידים המסייעים להקלה על הכאב. המשחה "נדבקת" לאפטה ומפחיתה לזמן קצר את אי הנוחות והכאב.
לאנשים הסובלים מרגישות יתר תזונתית, מומלץ לנהל יומן תזונה על-מנת לברר מהו המקור התזונתי שבעקבותיו מופיעות האפטות. בהקשר זה, לרוב מומלץ למטופלים אלו להימנע ממזונות המכילים שוקולד, חומצות שונות ומזונות המכילים חומרי צבע משמרים.
בהקשר זה, ישנה דעה רווחת כי חלב עיזים לא מפוסטר המגיע ישירות מעטיני העיזים, יעיל לטיפול באפטות. למרות שאין לעניין הוכחה מדעית וגם לא נעשה מחקר מדעי בנידון. בעניין זה חשוב לציין, כי חלב לא מפוסטר עלול לגרום לזיהום במערכת העיכול, ולכן אין מדובר ב"טיפול" מומלץ.
במקרים קשים במיוחד, קיימת האפשרות למתן טיפול תרופתי בכדורים. תרופות אלו גם הן יהיו ממשפחת הקורטיסטרואידים. אפטות בפה הינן תופעה נפוצה ודי מטרידה. מכיוון שהסיבות להופעתה אינן חד-משמעיות או ברורות, הרי שהטיפול המניעתי אינו בהכרח יעיל או מסייע במאת האחוזים, כאשר נעשה. עם זאת, עדיין יש מה לעשות בנידון, ואם התופעה חוזרת ונישנות בממש מפריעה לאיכות החיים, ניתן בהחלט לפנות לגורם מקצועי על-מנת לבדוק מה ניתן לעשות בנידון.
