משפטם של פורעי השמאל התקיים מזמן בבית-הדין המשמעתי לסטודנטים, והם נדונו לנזיפה והרחקה על תנאי מן האוניברסיטה. על חלקם הגן בבית-הדין פרופ' גורדון בטענות מטענות שונות. הגדיל לעשות
עיתון הארץ שהקדיש לדיון זה את מאמר המערכת שלו (!) מן ה-16 בספטמבר 2010, תחת הכותרת "דיכוי סטודנטים". הארץ הטיף לאוניברסיטה הדרומית "להיות גאה בסטודנטים שלה, הרוצים להיות מעורבים בחברה ובנעשה במדינה, ולא להלך אימים עליהם". לעומת זאת, הדיון בעניינם של אלון ואמתי נדחה עד יום ד' האחרון (11.5.11), וזאת כי שני הסטודנטים הללו, באמצעות בא-כוחם עו"ד ד"ר משגב, עמדו על זכותם לפי הצדק הטבעי לקבל לידיהם מראש קובלנה ספציפית ומסודרת, וכן את העדות המפורטת בכתב של רכז הביטחון של האוניברסיטה שמונה להעיד נגדם. משסירבה האוניברסיטה, עתר משגב בשם הסטודנטים לבית המשפט בבאר-שבע. המשפט נגרר כדרכם של משפטים, אך לבסוף הוכרע נגד אלון ואמתי.
בדיון עמדו אמתי ואלון לבדם וייצגו עצמם. בית הדין לא שעה לרמיזת בית המשפט המחוזי כי מצופה ממנו להורות על מסירת העדות מראש, אך כל העניין התייתר בדיעבד, כי רכז הביטחון הוותיק, ששמו נמסר בקובלנות ובכתבי בית המשפט, לא הגיע כלל לדיון. אין זאת כי כפיפותו של עובד נאמן וותיק זה למעסיקתו הוכרעה לבסוף על-ידי צו מצפונו: בתוך ההליכים בבית המשפט המחוזי הגישה האוניברסיטה קובלנה חדשה ב"מקצה שיפורים", ובה גוללה על אמתי ואלון הפגנה חדשה ונוספת בתאריך אחר, וכל זה הוגש בסוף נובמבר 2010. רכז הביטחון הוותיק הצטווה להיזכר לאחר חצי שנה בעבירות חדשות שכלל לא היו, ולהעיד עליהן.
במהלך הדיון שלשום תהה אב בית הדין המשמעתי, פרופ' גרוס, שוב ושוב, מדוע הועמדו לדין דווקא שניים אלה. לתובע לא הייתה תשובה. אך זה היה עוד מאומה לעומת מה שקרה כשהתברר שבגין "ההפגנה החדשה" לא הוגשה מעולם תלונה – כמתבקש מהלכות היסוד של תקנון בית הדין המשמעתי. היעדרה של תלונה כזו הוסבר על-ידי התובע בגמגום רב, ובסגנון "הכלב אכל את התלונה". יצוין שעם פרסום פסק הדין של בית המשפט המחוזי, התבטא עו"ד משגב בתקשורת בעניין רשלנותו ודלותו של פסק דין זה שניתן בידי סגנית נשיא בית המשפט המחוזי. אין ספק שהתנהלות הדיון המשמעתי מאששת בדיעבד את טענות משגב.
סיכומו של דבר: אמתי ואלון הורשעו במה שהואשמו בו מלכתחילה, וזאת על-סמך הודאתם המפורשת כי הכרתם הפנימית לא השאירה להם ברירה אלא להיקרא אל הדגל הציוני. נגזרו עליהם נזיפה והתראה בלבד. בכך שיגר בית הדין המשמעתי הפנימי מסר חשוב ומעודד, כי בקמפוס שלנו אין (עדיין?) סימטריה בין הנפת דגל אש"ף להנפת-נגד של דגל ישראל.
