ביום 31.3.11 יצאה לדרך הרפורמה בהליכי שומה וגביה בעסקות מקרקעין, ובכלל זה חובתו של הרוכש בעסקות מקרקעין לנכות מס במקור, כלומר להעביר חלק מהתמורה שהוא אמור לשלם למוכר ישירות לרשויות מיסוי מקרקעין על חשבון מס השבח של המוכר. חובה זו חלה ביחס לעסקות במקרקעין (להבדיל מעסקות קניה ומכירה של מניות באיגודי מקרקעין), אשר תמורתן משולמת בכסף בלבד (להבדיל לדוגמה מהעברות ללא תמורה ומעסקות בהן התמורה משולמת גם בשירותי בניה או בדרך אחרת).
שיעור הניכוי במקור עומד על 15% מהתמורה, כאשר מדובר בזכות במקרקעין שנרכשו קודם ליום 7.11.2001 ועל 7.5% מהתמורה כאשר מדובר במקרקעין שנרכשו החל מיום 7.11.2001 (המועד בו שיעור מס השבח ליחידים ירד ל - 20%). רשות המיסים הבהירה לאחרונה מספר מקרים בהם לא תחול החובה, כגון במקרה של מכירת דירת מגורים הזכאית לפטור - גם מכח הוראת השעה, וכן העניקה תקופת חסד עד 1.6.11 ביחס לרכישה מקבלנים, תקופה בה לא תחול החובה גם על קבלנים שטרם קיבלו אישור פקיד השומה (טופס 50).
עם זאת, החובה החדשה עדיין מעוררת שורה של קשיים:
כך לדוגמה, לעיתים גם כאשר יום הרכישה קודם ליום 7.11.01 חלים שיעורי מס מופחתים - לרבות מכח הוראת השעה החדשה המאפשרת שיעור מס של 20% בלבד על יחידים המוכרים מקרקעין לבניה של 8 יח"ד לפחות. האם בסיטואציה כזו יחול ניכוי במקור מופחת? לדעתנו מבחינת תכלית החקיקה התשובה הינה חיובית, ואולם עמדת רשויות המס עשויה להיות שונה.
הניכוי במקור עשוי להיות מוגזם גם כאשר המוכר הוא תאגיד, שכן בהילקח בחשבון שמס החברות עומד על 24% מהרווח, ניכוי של 15% מהתמורה משקף הנחת רווח של 166% על יתרת העלות - הנחה בלתי סבירה במקרים רבים, לא כל שכן בהינתן שמס החברות נמצא בתהליך הפחתה. החובה אף עשויה ליצור ניגוד אינטרסים בין הרוכש לבין המוכר. הרוכש יעדיף לקבל אישור לרישום לטאבו מוקדם ככל הניתן, ומאחר שממילא הניכוי במקור הינו ע"ח התמורה למוכר, אין לו אינטרס אמיתי לפעול להקטנת הסכום. כתוצאה מכך המוכר עלול להיפגע, שכן העברת סכומי מס גבוהים לרשויות ע"י הרוכש עלולה לפגוע בו בדיוניו מול רשויות המס ביחס לחבות מס השבח.
יש לקחת בחשבון שניכוי במקור גבוה עלול לפגוע גם בעצם ביצוען של עסקות, בייחוד בנסיבות של עסקות ממונפות. לכאורה, הפתרון הינו במסגרת הגשת בקשה להקטנת הניכוי במקור. עם זאת, לדעתנו מן הראוי שהפתרון לסוגיות הרוחב לא יהיה פרטני, וככזה תלוי במגבלות ביורוקרטיות, אלא מערכתי במסגרת הוראת ביצוע כללית המתווה כללים מנחים מקלים בנסיבות בהן ברור כי ניכוי על-פי הכללים הרגילים יוביל לגבייה עודפת, ולרבות תוך התחשבות לעניין זה גם בהוצאות עתידיות שהמוכר צפוי לעמוד בהן (כגון היטל השבחה, דמי הסכמה למינהל וכו').