כדי להבין מה התרחש בפרשת מינויו של תיאופולוס נחזור לסדר הכרונולוגי של השתלשלות העניינים. כל הפרטים המופיעים להלן מגובים במסמכים שהגיעו לידי "מקור ראשון":

• במארס 2005 התפרסמה בעיתון 'מעריב' כתבה של קלמן ליבסקינד בדבר מעורבותו של הפטריארך אירינאוס בעסקות עם גורמים יהודיים ברחבת כיכר שער יפו בעיר העתיקה בירושלים.

• ככל הנראה, על-רקע זה החליט הסינוד במאי 2005 להדיח את הפטריארך אירינאוס ולמנות תחתיו את תיאופולוס.

• ראש הממשלה דאז אריאל שרון החליט שלא להכיר בתיאופולוס כפטריארך מאחר שהדחת אירינאוס נעשתה רק בגלל שהוא מכר נכסים ליהודים.

• באוגוסט 2005 פונה תיאופולוס לפלשתינים ולירדנים בבקשה להכיר בו. הוא חותם על מסמך ובו מתחייב כי "עם בחירתי לכס הפטריארך הירושלמי הקדוש אפעל לבטל את כל ייפויי הכוח שניתנו מטעם הפטריארך המודח אירינאוס הראשון לכל אדם בנושא החזקה בנכסי דלא ניידי השייכים לכנסייה בירושלים". צילום המסמך הגיע לידי 'מקור ראשון', והוא פורסם גם בעיתון 'אל-קודס' ביום 19.08.2005.

• באוקטובר 2005 עתר תיאופולוס לבג"ץ כנגד ממשלת ישראל ודרש מבית המשפט להורות למדינה להכיר בו (עתירה 9970/05).

• תגובת המדינה לבג"ץ ניתנה בנובמבר 2005 ובה המדינה מבקשת לדחות את העתירה על הסף "עקב אי ניקיון כפיים חמור". היא כותבת בתשובתה כי "המהלך להדחתו של המשיב אירינאוס לא זכה להכרתה של ממשלת ישראל", וכי "הממשלה עתידה להקים ועדת שרים מיוחדת לנושא הנדון". עוד כותבת המדינה: "למען הסר ספק אם בכלל קיים כזה, נדגיש כי למהלך זה של העותרים (תיאופולוס) אין תוקף חוקי מחייב בישראל, שכן הממשלה לא ביטלה את כתב ההכרה שנתנה לאירינאוס... ודוק, הממשלה מחויבת, ודאי במקום בו מדובר ברצון להפסיק כהונתו של בעל תפקיד דתי רם מעלה ביותר, לקיים הליך מנהלי מסודר...".

• ביולי 2007 מתמנה רפי איתן ליו"ר ועדת השרים לעניין הפטריארך היווני אורתודוקסי של ירושלים.

• המשא-ומתן בין הפטריארך תיאופולוס ועורך דינו רמי מוגרבי לבין נציגי קק"ל אברהם דובדבני ומנחם ליבוביץ', שרים ושני שופטים בדימוס מתקיים במשרדו של עו"ד יעקב וינרוט במארס 2007. בישיבה זו מתחייב תיאופולוס לשלם סך של 13 מיליון דולר לקק"ל בתמורה ל"ויתור" של קק"ל על הקרקעות. סעיף 6.2 בהסכם קובע שאם הממשלה לא תכיר בו עד לתאריך 15.08.2007 ההסכם יהיה מבוטל.

• ב-28.10.2007 מתכנסת ועדת השרים בראשותו של השר איתן ומחליטה להמליץ לממשלה להכיר בתיאופולוס כפטריארך, וזאת חרף ההתחייבויות לפלשתינים שעליהן תיאופולוס חתם.

• ביום 10.12.2007 פונה השר יצחק כהן, חבר בוועדת השרים, למזכירות הממשלה ודורש לקבל "מסמך עם עמדתו של תיאופולוס לגבי ההתחייבויות שיוחסו לו, היינו התחייבויותיו כלפי ממשלת ירדן והרשות הפלשתינית", וטוען כי "עד היום לא התקבלו דברי ההסבר והמסמך הנלווה".

• לחברי הממשלה הוצגה עמדתה החדשה של היועצת המשפטית במשרד ראש הממשלה עו"ד שלומית ברנע-פרגו. היא כותבת: "הפטריארך אירינאוס טוען שהדחתו הייתה שלא כדין... סמכותה של הממשלה שלא לתת כתב הכרה לפטריארך שנבחר על-ידי הסינוד מותנית בכך שהממשלה תשתכנע שקיימים טעמים מיוחדים הנוגעים לאינטרסים של מדינת ישראל שמצדיקים לא לתת כתב הכרה... ועדת השרים שבדקה את הנושא לא מצאה טעמים כאמור". ברי כי עמדה זו הפוכה לחלוטין מעמדת היועץ המשפטי לממשלה בשנת 2005.

• במענה לפניית השר כהן בדבר התחייבויות תיאופולוס לפלשתינים, מניח רפי איתן ביום ה18-11-2007 את עמדתו בפני חברי הממשלה. הוא קובע כי "הפטריארך תיאופולוס נוהג על-פי עיקרון השוויון ללא הבדלי גזע, דת או לאום. כל מעשי הפטריארך מבוססים על החלטות הסינוד ללא התחייבות לצד שלישי וללא הפליה כלשהי".

• המסמך המרשיע: ביום ה-16.12.2007 נשלח מכתב מרפי איתן אל שמואל חייק מקק"ל. נאמר בו כך: "מצב עותק המכתב שקיבלנו מכם, שנשלח עבורך מתיאופולוס ה-3. תוכן המכתב אושר בעל פה".

• המסמך המדובר הגיע ל'מקור ראשון', ובו תיאופולוס השלישי מתחייב שהתאריך בסעיף 6.2 במסמך הסודי שנוסח במשרד של יעקב וינרוט בנוכחות נציגי קק"ל והממשלה נדחה לתאריך 10 ליוני 2008.

• באותו היום הממשלה מחליטה לאשר את כהונתו של תיאופולוס, בהתאם להצעה שהונחה בפניה הכוללת את הקביעה של רפי איתן, ולפיה תיאופולוס נוהג בשוויון וכו'. אגב, בסעיף "נתונים כלכליים והשפעה על משק המדינה" כתוב - לא רלוונטי (אין שום התייחסות לעסקה עם קק"ל).

הסבר על הדיל של איתן: הסיכום בין תיאופולוס לקק"ל היה תחום בזמן. תיאופולוס לחץ על ישראל לאשר במהירות את מינויו והיה מוכן לשלם 13 מיליון דולר עד לתאריך מסוים. הבעיה היא שהממשלה "לא הספיקה" לסיים את תהליך ההכרה במינויו עד לתאריך זה, ולכן רפי איתן דאג לקבל מתיאופולוס התחייבות להארכת מועד פקיעת החוזה עוד בטרם הובא הדבר להחלטת הממשלה, התחייבות שניתנה על-ידי תיאופולוס בעל פה, וכאמור תיאופולוס הונה את הממשלה ולא עמד בה. אחרי החלטת הממשלה, הגיש אירינאוס בג"ץ כנגד הדחתו בטענה כי אל לה לממשלה למשוך ממנו את ההכרה (10615/07). היועץ המשפטי לממשלה בתגובתו מיום 19/12/2007 מוסר הודעה מדהימה: "לממשלה נמסרה עמדתו של היועמ"ש שלפיה עניינה של הממשלה הוא במתן כתב הכרה, וכי טענות באשר להליכים הפנימיים של הפטריארכיה ובאשר לאופן התנהלות הסינוד אינם עניינים שהממשלה אמורה או מוסמכת להכריע בהם". אין שום איזכור להסכם הסודי להכרה בתיאופולוס. הממשלה לא גילתה כי נרקם דיל סמוי בינה לבין תיאופולוס בנוגע לתמורה כספית תמורת מינויו. היועץ המשפטי לממשלה דאז שיתף פעולה עם הדיל בהודעתו זו. האם זוהי הסיבה שבגינה היועץ המשפטי לממשלה מבקש היום להצטרף כצד להליך? שני הצדדים מסתירים: בתיקון כתב ההגנה, שבמסגרתו קק"ל תובעת את סכום ההסכם - 13 מיליון שקלים - ובתגובת הפטריארך לתביעה זו לא מופיע אזכור העסקה להכרה בתיאופולוס. עו"ד סאמר זועבי טוען כנגד קק"ל שאם העסקה בשנת 2000 לא התקיימה, הרי שאין בסיס להסכם האמור, כי הפטריארכיה נדרשת 'לשלם' בעד הקרקעות רק אם היא אכן מכרה אותן. במשתמע, הוא מצהיר כלפי בית המשפט שההסכם קשור לעסקה של שנת 2000 ולא לתמורה בעד ההכרה בתיאופולוס, לכאורה בניגוד מובהק לממצאי המסמכים שהגיעו לידי 'מקור ראשון'.