ההדלפה של דוח פלמר לעיתון ניו-יורק טיימס ופרסומו הובילה לנקיטת שורה של צעדים מצד טורקיה כנגד ישראל. מרביתם של הצעדים האלו היו צפויים מראש, כמו למשל הורדת דרג היחסים הדיפלומטיים, וההקפאה הרשמית של היחסים הצבאיים, שממילא היו מאוד מוגבלים, אך היקף הצעדים ועוצמתם מהווה מהלומה לישראל. במסיבת העיתונאים שערך שר החוץ הטורקי, אחמד דוואטולו, ובהצהרות שלאחריה, חזרה טורקיה על עמדתה שהיא לא מקבלת את חוקיות המצור הימי על עזה והיא תפנה לבית הדין הבינלאומי בהאג לבחינת חוקיותו. וכן שהצי הטורקי יפעל לאכיפת חופש השייט במזרח הים התיכון. את התגובה הטורקית החריפה יש לנתח על-רקע חוסר שביעות הרצון מכך שהדוח הודלף, חוסר הסכמה עם מסקנות רבות שהוצגו בו, וכן התסכול מהסירוב המתמשך של ישראל להתנצל. נראה שהטורקים עברו משלב הכעס לשלב הנקמה. הפעולות שהם נוקטים כבר אינן רק כאלו הקשורות ישירות למשט או לדרישה להתנצלות, אלא יש בהן בפני עצמן פוטנציאל להידרדרות לעימות ישיר בין חילות הים של שתי המדינות.
לאור העובדה שכבר כך היו היחסים בין המדינות בשפל, היכולת של טורקיה להפעיל על ישראל לחצים ברמה הבילטראלית הייתה מוגבלת. מכאן שהפנייה לגופים בינלאומיים וכן הצגת סוגיית חופש השייט כסוגיה מרכזית, מטרתה ללחוץ על ישראל בזירות שבהן באופן מסורתי קשה לה יותר להצליח ושהנזק היכול להיגרם לה הוא בעל השלכות רחבות יותר. הלחץ הטורקי הוא בכמה מימדים - תמיכה בתביעות של בני משפחות נפגעי המשט, פנייה לבית הדין הבינלאומי בהאג ביחס לחוקיות המצור על עזה, וכן ביקור מתוכנן של ראש ממשלת טורקיה, רג'פ טייפ
ארדואן, בעזה על-מנת לעורר מחדש את דעת הקהל הבינלאומית ביחס למתרחש שם. הדגש של טורקיה על חופש שייט קשורה גם להערכה שבמזרח הים התיכון יש מרבצי גז טבעי מעבר למה שכבר התגלה, לכך שגם קפריסין תרוויח מתגליות אלו, ולכן הדבר נוגע ישירות לסכסוך בין היוונים-קפריסאים והטורקים-קפריסאים.
חוסר היכולת של ועדת פלמר להשיג את מטרתה המרכזית - להביא את הצדדים לכלל פשרה שתאפשר את שיקום היחסים - וכן חוסר ההצלחה האמריקנית, למרות הלחצים הגדולים שהופעלו על הצדדים, להביא לפתרון הסכסוך, נבעו בין היתר מעוצמת הרגשות שנלוותה לפרשת המשט בציבור הטורקי ובציבור הישראלי. לו היה ראש ממשלת ישראל,
בנימין נתניהו, מקבל החלטה להתנצל, הייתה זו החלטה שמרבית הציבור היה מתנגד לה. לא נראה שהתגובה הטורקית הנוכחית מרככת עמדה זו, ולהפך - יתכן והיא אף מצמצמת עוד יותר את מרחב התמרון של נתניהו ביחס לסוגיה. תוצאה זו מצערת לאור אחת המסקנות המופיעות בדוח הוועדה ולפיה שתי המדינות כלל לא היו מעוניינות שהמשט יסתיים באופן בו התרחשו הדברים.
לאי-ההתנצלות היה מחיר שממשלת ישראל הייתה באופן כללי מודעת אליו, ומכאן גם נבעה אי ההסכמה שהייתה בממשלה על סוגיית ההתנצלות. למרות אי-ההתנצלות, מנסה נתניהו להדגיש את שאיפתה הבסיסית של ישראל להרגעת המצב ולשיקום היחסים. בעוד שהקו הכללי של איפוק הוא נכון, יש מקום בכל זאת להדגיש שלושה נושאים. האחד, את העובדה שטורקיה אינה מקבלת דוח של ועדה של מזכ"ל האו"ם שבו הייתה חברה (אם כי כבר בדוח עצמו היא מסתייגת מהרבה מקביעותיו והמלצותיו), ושישראל לעומת זאת מקבלת את הדוח ופועלת ברוח המלצותיו ובראש ובראשונה שהיא הביעה שוב חרטה ביחס לאירוע. השני, יש להדגיש את ההפרדה החשובה שעושה הדוח בין המצור הימי על עזה לבין ההגבלות על מעברי הגבול היבשתיים. זה הבסיס לקביעתו שהמצור הימי חוקי בהתאם למשפט הבינלאומי, ושמי שמנסה להפר מצור כזה פועל בפזיזות, דבר הנכון גם לאיומים הטורקיים הנוכחיים. השלישי, חלק מהאתגרים הניצבים בפני ישראל ניצבים גם בפני טורקיה, והתגברות הטרור הכורדי באחרונה, וההפצצות הטורקיות בצפון עירק רק מדגימות שיש לא מעט קשיים משותפים, כולל בתחום המשפט הבינלאומי.
בזמן שחלף מאז המשט למועד פרסום דוח פלמר התרחשו שינויים מרחיקי לכת במזרח התיכון, שיש להם פוטנציאל ממתן על יחסי ישראל-טורקיה, גם אם קשה עכשיו לראות זאת. התפתחויות אלו קירבו את טורקיה למערב והרחיקו אותה מאירן וסוריה. זוהי התפתחות חיובית מבחינת ישראל, גם אם היא לא הביאה עימה בסופו של דבר שיפור ביחסים הבילטראליים עם טורקיה. גם את ההתקרבות בעת האחרונה בין טורקיה למצרים יש לתפוס באופן בסיסי כהתפתחות חיובית כיוון שטורקיה בהקשר זה מהווה משקל נגד להשפעה אירנית אפשרית על מצרים. אומנם מהתחממות היחסים בין מצרים וטורקיה יוכל גם להרוויח החמאס, אך גם כאן יש בכך פוטנציאל לצמצום ההשפעה האירנית על הפלשתינים. יש לסייג ולומר, שהעובדה שמצרים נמצאת כיום בתקופת מעבר, מקשה על הניסיון להעריך אם המאמצים הטורקיים להתקרב למצרים יישאו פרי. ההתפתחויות ברמה האזורית לא מצליחות בפני עצמן להביא את ישראל וטורקיה לישב את המחלוקות ביניהן, אבל יש לקוות שהתפתחויות אלה יוכלו למתן את העימות בין ישראל וטורקיה שנכנס כעת לשלב מדאיג במיוחד.
