נקודת מחלוקת נוספת בין אזרבייג'ן ואירן היא סביב סוגיית חלוקת המים הטריטוריאליים בים הכספי. האירנים טענו באחרונה שהתגלו מצבורי גז משמעותיים חדשים בים הכספי וכבעבר, מערערים על קביעת הגבול הימי בין שתי המדינות. אך סכסוך זה אינו רק בין אזרבייג'ן לאירן, כי אם בין כל המדינות הגובלות בים הכספי. רק לאחרונה נשמעו התבטאויות חריפות בין אזרבייג'ן ובין טורקמניסטן לגבי חלוקת המשאבים שם וכך גם בין רוסיה לאירן. בנוגע לחלוקת מקורות הים הכספי, אזרבייג'ן תעדיף לתמוך בעמדתה של רוסיה על פני זו של אירן בהסכם חלוקה עתידי. נקודה זו היא מבין החשובות להבנת מערכת קבלת ההחלטות האזרבייג'נית. היכולת של אזרבייג'ן לפעול כנגד רוסיה מוגבלת לאור העובדה שקיימים שני בסיסים רוסיים על אדמת ארמניה, בת בריתה של רוסיה, ואויבתה של אזרבייג'ן.
העלייה ברמת המתח בין אירן ואזרבייג'ן אינה בהכרח בשורה חיובית מבחינת ישראל. אומנם הפריחה ביחסי ישראל אזרבייג'ן נובעת מכך ששתי המדינות רואות באירן איום משמעותי, אך עדיין יש גבול לעד כמה מוכנה ללכת אזרבייג'ן לכיוון ישראל במחיר של החרפת היחסים עם אירן. אינדיקציה בולטת לכך היא שלמרות הקרבה בין המדינות, לאזרבייג'ן עדיין אין שגרירות בישראל. עוד היבט מדאיג הוא שניסיונות רטוריים של אזרבייג'ן להרגיע את אירן ביחס לישראל נתקלים בחשדנות מצד טהרן, ולכן ייתכן שאזרבייג'ן תשקול צעדים מעשיים יותר שיפגעו ביחסים עם ישראל. ב-2005 למשל, לאור התגברות המתחים עם אירן על-רקע ההתקרבות בין אזרבייג'ן לארצות הברית, חתמה אזרבייג'ן עם אירן על חוזה אי תוקפנות הדדית.
ניתן למנות מספר גורמים המרסנים את מדיניות אזרבייג'ן כלפי אירן. ראשית, אירן תומכת בתנועות שיעיות רדיקליות באזרבייג'ן ומנסה להביא לשינויי האופי החילוני של אזרבייג'ן ובכך מאיימת על המשך שלטונו של אילהם אלייב. שנית, אזרבייג'ן תלויה באירן בין השאר לצורך נתיבי הגעה למובלעת האזרית של נחצ'יוואן הנמצאת על גבול טורקיה-ארמניה והמנותקת מיתר המדינה בגלל הסכסוך בין ארמניה ואזרבייג'ן. לחבל זה יש משמעות בסכסוך בין אזרבייג'ן וארמניה והוא מהווה חלק מקלפי המיקוח למשא-ומתן עתידי בין המדינות.
מעבר לגורמים אלו, כלכלת אזרבייג'ן תלויה רבות ביצוא הגז והנפט משטחה ואין לה שום עניין בהתגברות המתחים בים הכספי, דבר אשר עלול לפגוע באספקת הגז והנפט ובכך לפגוע קשות במדינה. הנהגת המדינה נשענת ברובה על הכנסות ממקורות האנרגיה בכדי לקיים את שלטונה. על כן, אין זה מן הנמנע שאם וכאשר אירן תאיים באופן חריף יותר על מקורות אלו תהייה הנהגת המדינה מוכנה לעשות צעדים קיצוניים למנוע סכסוך אלים. אזרבייג'ן אומנם התחמשה מאז סוף העימות עם ארמניה ב-1994 אך עדיין אין בכוחה לצאת לעימות חזיתי אל מול אירן. העובדה שאזרבייג'ן אינה חברה בשום ברית צבאית משמעותית, על-אף שהייתה מעוניינת להיות חברה בנאט"ו, מביאה אותה לנהל מדיניות חוץ מאוד פרגמטית.
אזרבייג'ן מתבוננת בחשש רב על הסנקציות המוטלות על אירן וההשלכות שלהן על משטרה. מצד אחד כספי ההשקעה האמריקנים בקידוחי הנפט באזרבייג'ן יחד עם אספקת הגז לאירופה מעודדים אותה לחשוב שהיא לא תופקר בידי האמריקנים והאיחוד האירופאי, אשר רואה בגז האזרבייג'ני חשיבות עליונה ביצירת תחרות לאספקה הרוסית. אך מצד שני, היא חוששת שמא תגובה אירנית על תקיפת מתקני הגרעין בשטחה תהייה לא על מדינות המערב, אלא על אלו שנתפסות כמדינות ידידותיות להן, קרי אזרבייג'ן וגאורגיה. ניסיונות הפיגוע במטרות ישראליות בשתי מדינות אלו חושפות את העובדה כי האירנים אינם חוששים מההשלכות שיהיו לפגיעה בריבונותן. היעדר תגובה מצד אזרבייג'ן על ניסיונות הפיגוע הן במטרות ישראליות והן בזמן האירוויזיון, למרות העקבות הברורים שהשאירו האירנים, מראים שהמשטר בבאקו חושש מיציאה לעימות גלוי עם אירן.
