ניתן לטעון כי ההסתדרות הציונית, בקבלה את תוכנית החלוקה של 1949, ויתרה למעשה על זכותם של יהודים להתיישב באותם אזורים שלא הוקצו להם בתוכנית. אלא שהצעת החלוקה עסקה בנושא הריבונות ולא בהתיישבות. וחשוב מכך, הפלשתינים דחו את תוכנית החלוקה, ולא הקימו ביו"ש גוף ממשלתי באותם אזורים שהתוכנית הקצתה להם. כתוצאה מכך, יהודה ושומרון נכבשו, תוך רציחתם או גירושם של תושביהם היהודיים, וסופחו ל"עבר הירדן" שאחר כך שינתה את שמה ל"ירדן". רק שתי מדינות, בריטניה ופקיסטן, הכירו בריבונות הירדנית על אזורים אלה. ב-1967 פתחה ירדן – כפי שהודה בכך המלך חוסיין עצמו – במהלכים עויינים נגד ישראל, וישראל בתגובה השתלטה על יו"ש.
למעשה, כל ויתור על הזכות להתיישב ביו"ש, שישראל הייתה מוכנה לעשות ב-1947, הפך בלתי רלוונטי לאור העובדה ששום
ממשלה לגיטימית אחרת לא נוסדה בהם, ולכן זכות ההתיישבות של היהודים, שקודשה בכתב המנדט ובסעיף 80 לאמנת האו"ם, נשארה בתוקפה. (העדר ריבון אלטרנטיבי הטוען לריבונות על השטח רלוונטי גם לטיעון בדבר חלותה של אמנת ג'נבה הרביעית, היות שהאמנה מתייחסת במפורש לפעולותיה של מדינה בשטח שנמצא בריבונותה של מדינה אחרת, ואילו ביו"ש אין "מדינה אחרת” כזו. בהקשר זה ראוי לציין כי ב-1994 חתמו ירדן וישראל על חוזה שלום שהציב גבול בינלאומי בין שתי המדינות וכלל ויתור רשמי מצד ירדן על תביעות כלשהן על יהודה ושומרון.
רלוונטית לא פחות, גם אם בעקיפין, היא החלטה 242 של מועצת הביטחון, שהתקבלה פה אחד אחרי מלחמת ששת הימים. זו קראה לפתוח בשיחות שלום בין ישראל לשכנותיה, ובמקום לקרוא לחזרתה של ישראל לגבולות שביתת הנשק, המליצה על מו"מ לגבולות "בטוחים ומוכרים". יתר על כן, מחברי ההחלטה ציינו מפורשות כי לא סביר לקבוע את קווי שביתת הנשק שקדמו למלחמה כגבולות סופיים, בהיותם גבולות חסרי הגנה המזמינים תוקפנות נוספת כלפי ישראל, ויש להחליפם.
החלטה 242 כשלעצמה אינה מחזקת את בסיסה האיתן של חוקיות ההתיישבות היהודית ביו"ש על-פי המשפט הבינלאומי. אך ההחלטה רלוונטית בכמה היבטים. ראשית, מרבית היישובים הוקמו במחשבה לתמוך בתביעותיה של ישראל באזורי מפתח ביהודה ושומרון, הרלוונטים ליצירת גבולות בני הגנה במסגרת הסכם שלום. בנוסף, החלטה 242 מדגישה את מעמדם של יהודה ושומרון כאזורים במחלוקת, שמעמדם הסופי ייקבע במו"מ בין ישראל לשכנותיה. אלה הטוענים כי יו"ש הם טריטוריה פלשתינית וכי ישראל בהקימה התנחלויות מנשלת את הפלשתינים מאדמות השייכות להם, מעוותים את המעמד הנכון של אזורים אלה בחוק הבינלאומי. כדאי גם להזכיר כי גם הפלשתינים יצרו "התנחלויות" חדשות באזורים שהיו קודם בלתי מיושבים, ועשו כן במרבית המקרים בלי שישראל תתנגד לכך, כשמטרתם הייתה למנוע מישראל לבסס גבולות בני הגנה.
למעשה, לא כל יהודה ושומרון הם שטחים במחלוקת, היות שישראל מסרה לפלשתינים חלקים מהם במסגרת הסכמי אוסלו. שטחי A נמצאים תחת שליטה פלסיטינית מלאה; בשטחי B לפלשתינים יש סמכויות אזרחיות בעוד שישראל שומרת לעצמה את האחריות לביטחון, ואילו שטחי C נתונים לשליטה מלאה של ישראל. שטחי A ו-B כוללים 49 אחוז מאזור יו"ש ובהם מתגוררים 96 אחוז מתושביו הפלשתינים של האזור.
יש הטוענים כי ישראל אינה מחוייבת לשמר את החלוקה הנ"ל, היות שהרשות הפלשתינית מעולם לא מילאה את התחייבויותיה על-פי הסכמי אוסלו. במיוחד יש לציין כי היא מעולם לא הכירה בזכותה של ישראל להתקיים, מעולם לא הפסיקה את ההסתה לרצח של ישראלים את הדה-לגיטימציה של ישראל וקוראת למעשה לחיסולה, ומעולם לא נטשה את דרך הטרור לקידום האג'נדה האנטי-ישראלית שלה. אך שום ממשלה בישראל עד היום לא חזרה בה מנסיגתה משטחי A ו-B.
בכל מקרה, שתיקתה ואי-עמידתה על זכויותיה בשטחים הנותרים של יו"ש על-פי המשפט הבינלאומי לא הועילה לישראל – לא לבטחונה ולא להתיישבות. בהותירה את טענותיהם הבלתי מבוססות והאשמותיהם של אויביה ללא מענה, ישראל רק החלישה את האינטרסים החיוניים שלה.