בוקר יום השישי ה-5 באוקטובר עמד בסימן צום יום הכיפורים שעמד להתחיל בערבו. כל הימים שקדמו לו הלכו והצטברו אצל גופי המודיעין בישראל ידיעות על כוננות מוגברת ועל פריסה מסיבית של כוחות צבאות מצרים וסוריה לאורך גבולותיהם עם ישראל. אולם חרף הידיעות האלו המשיך אמ"ן לדבוק בהערכתו שהסיכויים לפרוץ מלחמה הם "בסבירות נמוכה". במהלך הלילה שבין 4 ל-5 באוקטובר הגיעו דיווחים מדאיגים על תחילתו של פינוי מסיבי של משפחות היועצים הסובייטים ממצרים ומסוריה, בעזרת צי של מטוסים ששלחה ברית המועצות לדמשק ולקהיר. לאור זאת הוכרזה כוננות כללית במערך הסדיר בצה"ל בדרגה הגבוהה ביותר אך ללא גיוס מילואים. באותו הבוקר קיבל ראש המוסד זמיר הודעה מהסוכן אשרף מרוואן להגיע ללונדון לפגישה דחופה. בהתייעצויות שנערכו באותו היום בלשכתה של ראש הממשלה עדיין דבק ראש אמ"ן אלי זעירא בטענתו שפריצת מלחמה היא ב"סבירות נמוכה". אולם המשתתפים ובהם שר הביטחון, הרמטכ"ל ואף ראש אמ"ן עצמו כבר היו נחרצים פחות לגבי הקביעה שלא תפרוץ מלחמה. הטון ששרר בהם היה שפריצת מעשי איבה בדרגה כלשהי, ואפילו מלחמה ואפילו ביום הכיפורים, היא אפשרות שנראית יותר ויותר סבירה. עם זאת הקרינו דברי המשתתפים תחושה של ביטחון ביכולתו של המערך הסדיר בצה"ל להתמודד גם בפריסתו הנוכחית עם כל איום או פעולה צבאית שעלולה להתפתח למשך זמן מספיק שיאפשר את גיוס המילואים, ולכן אין כרגע צורך לגייסם. באותו היום נשלח אל מרדכי שלו, הממונה על ענייני השגרירות בוושינגטון (השגריר דיניץ שהה בארץ לרגל אבל משפחתי), מברק ובו בקשתה של ראש הממשלה להעביר לקיסינג'ר (ששם הקוד שלו היה "נפתלי") מידע על ריכוזי הכוחות החריגים בגבולות. במברק נמסר שישנן לדעת ישראל שתי סיבות אפשריות להתפתחות זו: 1. שמצרים וסוריה חוששות מהתקפה ישראלית ו-2. שהן, או אחת מהן, מתכוונות לתקוף את ישראל. קיסינג'ר התבקש להעביר באמצעות הצינורות הדיפלומטים מסר למצרים, סוריה וברית המועצות לפיו אין לישראל כל כוונה לתקוף את שכנותיה, ואם הן תעזנה לתקוף - תגיב ישראל במלוא העוצמה והנחישות. בשולי המברק נכתב שאם יסתבר שישנה אפשרות סבירה לפתיחה באש, אזי מבקשת ישראל לקבל מידית מהאמריקנים מספר פריטים של ציוד צבאי (ראו: מברק ול/760). שלו השיב שהוא העביר את המברק ותוכנו לידיעתו של גנרל ברנט סקוקרופט, ממלא מקומו של קיסינג'ר במועצה לביטחון לאומי, שהבטיח להעבירם מידית לקיסינג'ר ששהה בניו-יורק. סקוקרופט הוסיף שגם המודיעין האמריקני מעריך שהפריסה של צבאות מצרים וסוריה הינה הגנתית, אך מביע תמיהה ואי הבנה לגבי נחיתת המטוסים הסובייטים בקהיר ודמשק. סוכם לשמור על ערוצי קשר גם ביום הכיפורים (ראו: מברק לו/952).

בבוקר יום שבת ה-6 באוקטובר בשעה 3:50, בעיצומו של יום הכיפורים, העיר צלצול הטלפון את ראש הממשלה גולדה מאיר משנתה שגם כך נדדה רוב אותו הלילה. מזכירה הצבאי ישראל ליאור סיפר לה על דיווח שהגיע מראש המוסד צבי זמיר, ולפיו שמע ממרוואן שמצרים וסוריה עומדות לפתוח בהתקפה צבאית משולבת על ישראל לפנות ערב. הדיווח המלא של זמיר שהגיע כמה שעות לאחר מכן, כלל מידע מפורט על התוכנית המצרית, שלדברי המקור סיכוייה להתקיים מתקרבים ל-99% (מרוואן הותיר סיכוי של 1% לאפשרות שסאדאת יתחרט ברגע האחרון). הידיעה שהתקבלה מהמוסד הכניסה את המערכת כולה לתזזית. ב-7:30 בבוקר הגיעה ראש הממשלה ללשכתה בתל אביב וקיבלה מליאור את פרטי הדיווח המלא של זמיר. לאחר שנפל הפור החלה גולדה בפעולה מדינית נמרצת שנועדה להביא את האמריקנים לקבל את ההערכות והעמדות של ישראל, ואולי להביא למניעת המלחמה ולהחיש אספקת נשק חיוני לישראל. על-פי הוראתה נשלח מברק לשגרירות בוושינגטון ולאבא אבן בניו-יורק ובו פרוט הידיעות והוראה לדווח לקובעי המדיניות בארצות הברית על המתרחש (ראו: מברק תא-14). ב-8 בבוקר התכנסה התייעצות של גולדה עם שר הביטחון, הרמטכ"ל, ראש אמ"ן והשרים גלילי ואלון שהוזעקו מבתיהם בנען וגינוסר. בישיבה הציגו הרמטכ"ל ושר הביטחון את חלוקי הדעות ביניהם לגבי גיוס המילואים. הרמטכ"ל ביקש גיוס מלא של המערך הלוחם, ואילו שר הביטחון טען שאין בכך צורך בשלב זה. והציע לפי שעה גיוס מוגבל של שתי אוגדות וחיל אוויר שמספיקים לדעתו לצרכי הגנה. עניין מרכזי נוסף שנידון הייתה שאלת המכה המונעת. הרמטכ"ל הציג את היתרונות שטמונים במכה צבאית מקדימה שתביא להשמדת חיל-האוויר הסורי ותפגע במערך הטילים נגד מטוסים, ותאפשר חופש פעולה לחיל-האוויר בפרוץ הקרבות. דיין התנגד למכה מקדימה משיקולים מדיניים. ההכרעה בין שתי העמדות בעניינים אלו האלו הוטלה לפתחה של גולדה. בעניין הגיוס הכריעה גולדה בעד עמדתו של הרמטכ"ל משום ש"אם באמת תהיה מלחמה, אנו צריכים להיות במצב הטוב ביותר". לגבי מכה מקדימה הציגה את הקשיים המדיניים שכרוכים בכך ברוח דבריו של דיין, אך דחתה את ההכרעה להמשך היום. גולדה החליטה למעשה שלא לאשר מכת מנע. בהניחה שישראל תזדקק בימים הקרובים לעזרה אמריקנית משמעותית, מדינית וצבאית. לנגד עיניה עמדה עצתו של קיסינג'ר שניתנה לרבין ודיניץ - לעולם לא להגיע למצב שבו תואשם ישראל כמי שפתחה במלחמה, משום שאז תעמוד במצב בלתי נוח ותתקשה לקבל סיוע מדיני וצבאי מן האמריקנים. (לפרוטוקול המלא של ההתייעצות [קבינט 6]) ב-10:15 נפגשה גולדה מאיר עם שגריר ארצות הברית בישראל קנט קיטינג ועדכנה אותו במתרחש. בתשובה לשאלה מפורשת של השגריר התחייבה גולדה שישראל לא תפתח במכת מנע "אם כי הדבר היה מקל עלינו מאוד". עם זאת אמרה שעל מצרים וסוריה לדעת שישראל יודעת על כוונותיהם ומתכוונת להדוף את ההתקפה ולהנחית עליהם מכות כואבות. היא הביעה ביטחון שישראל תנצח במערכה. גולדה הציעה שהאמריקנים ינסו בכול זאת לדבר עם המצרים והסובייטים כדי לנסות למנוע את פרוץ המערכה, כפי שדווח במברק לשגרירות ישראל בוושינגטון, (ראו: מברק ול/762A). בשעות הבאות התקבלו דיווחים מהציר בוושינגטון שמסר שלאחר קבלת השדר הראשוני הבהול מקיטינג התקשר אליו קיסינג'ר ודיווח שפתח במהלכים דיפלומטים נמרצים למנוע מלחמה. מזכיר המדינה ביקש להודיע מיד לראש הממשלה שדבריה במברק מה-5 באוקטובר (ראו לעיל) הועברו לידיעת המצרים ולידיעת הסובייטים שאף הסכימו לשתף פעולה במניעת המלחמה. קיסינג'ר הזהיר את ישראל מפני הנחתת מכת מנע. כ-45 דקות מאוחר יותר דיווח שלו שקיסינג'ר התקשר שוב והודיע שהדיווח המלא מקיטינג הגיע, וההודעה שישראל אינה מתכוונת להנחית מכת מנע הועברה לידיעת הסובייטים והמצרים: "בכך נטלנו אחריות על עצמנו שאמנם לא תהיה פעולה יזומה מצדכם" אמר קיסינג'ר (ראו: מברקים לו/954, לו/955). ב-12:00 החלה ישיבת ממשלה שכונסה בדחיפות. בעוד הדיון בעיצומו נשמעה אזעקה עולה ויורדת, ותת-אלוף ליאור נכנס ומסר שהסורים פתחו באש והמצרים כנראה גם כן. תגובתה של גולדה: "אז הם בכול זאת הפתיעו אותנו... מרגיז אותי שהם הפתיעו אותנו", ושבה וחזרה על כך מספר פעמים בשעות הבאות. האזעקה שנשמעה בשעה 14:00 קטעה את השקט של יום הכיפורים. ממדינה ששקועה בענייני צום יום הכיפורים, הפכה ישראל באחת למדינה אחוזת תזזית של מלחמה. שידורי הרדיו שחודשו מסרו על פרוץ הקרבות וסיסמאות הגיוס למילואים ששודרו ברדיו השרו על הכול את אווירת מלחמה. תושבי הצפון שמעו היטב את רעש הקרבות ברמת הגולן שנשמע כמו רעם ארוך ומתמשך. עם פרוץ הקרבות החלה גם המערכה המדינית לפעול במלוא המרץ. מדינאי ישראל פעלו כדי למנוע את כינוס מועצת הביטחון וקבלת החלטה על הפסקת אש בטרם הונחתה מכה ניצחת על התוקפים, ולהבטיח אספקת נשק חיוני מהאמריקנים. "לא תהיה הפסקת אש עד שהמצב יחזור לקדמותו", קבעה ראש הממשלה. במברק שנשלח מלשכת ראש הממשלה אל השגרירות בוושינגטון ואל שר החוץ בניו-יורק בליל ה-6 באוקטובר, נמסר שאין להסכים בשום פנים ואופן להצעות שנשמעו לכינוס מועצת הביטחון כדי לקבל החלטה על הפסקת אש: "בשתי החזיתות בכוונתנו להכות עד שנגרש את אחרון החיילים הסורים והמצרים אל מעבר לקווי הפסקת האש", נאמר במברק. שלו מסר שהאמריקנים אכן פועלים כדי לטרפד כינוס של המועצה (ראו: מברקים ול/765, לו/965). הדיווחים הראשונים שהגיעו אל לשכת ראש הממשלה מזירות הקרבות היו אופטימיים למדי. בדיונים בלשכה, וכך גם בישיבת הממשלה הנוספת שהתכנסה עוד באותו ערב בשעה-22:00, שררה תחושה בטוחה למדי שצה"ל שולט במצב, וכי הוא עתיד להנחית בקרוב מכה ניצחת על הצבאות הערבים שעוד ייווכחו איזו שגיאה עצומה עשו בצאתם למלחמה. בשעות הערב נשא שר הביטחון דיין דברים בשידור טלוויזיה. הוא הצביע על מספר הצלחות מקומיות לצבאות סוריה ובעיקר מצרים, והסביר מדוע לא נקטה ישראל במכת מנע ולא גייסה מילואים בטרם הייתה בטוחה שתפרוץ מלחמה. הוא הביע את ביטחונו שגם בדרך זו אנחנו "נוכל להכות אותם שוק על ירך", וסיים באמירה בוטחת: "ואני מאמין שאפשר לומר בביטחון בגמר חתימה טובה" (ראו: דבריו של דיין בטלוויזיה). סיומו של היום הראשון למלחמה מצא איפה הנהגה בוטחת בעצמה ומשוכנעת ביכולתו של צה"ל להדוף את צבאות מצרים וסוריה ולהנחית עליהם מכה קשות וכואבות בתוך זמן לא רב. ב-01:30 בבוקר 7 באוקטובר נשלח מברק לשגרירות בוושינגטון ולשר החוץ בניו-יורק, אותו ניסח סגן ראש הממשלה יגאל אלון. אלון סקר את המצב ואת הערכת ישראל כי המצרים מתכוונים להעביר כוחות גדולים לחזית כדי לחדור ללב סיני. נוסח המברק שידר אופטימיות לגבי יכולתו של צה"ל לבלום את התקפות הערבים. את הערכתו סיכם אלון במילים: "בשים לב לעובדה שלא פתחנו ב-preemptive strike [מכת מנע] והתרכזנו בשלב הבלימה, הרי למרות הצלחות קטנות בייחוד של המצרים, המצב משביע רצון" (ראו: מברק ול/769).

היום השני למלחמה החל בתחושות טובות בלשכת ראש הממשלה. בהתאם לתחושות האלו פעלה ישראל במרץ כדי להכשיל כל יוזמה להכרזה על הפסקת אש שתנציח את המצב הקיים. גולדה נסחה מברק נוסף, בו הביעה את הערכתה לקיסינג'ר על הכשלת יוזמתו של שר החוץ המצרי זייאת לכינוס מושב מיוחד של העצרת. היא חזרה על דעתה שלא רצוי לכנס את מועצת הביטחון עד שנעקור את המצרים חזרה לאדמתם, תהליך שימשך לדעתה כשלושה ימים. היא הוסיפה שבדעת ישראל לתקוף מטרות אסטרטגיות בעומק השטח, אך הבטיחה שלא תהיה תקיפה של מטרות ובהם ריכוזי אזרחים (ראו: מברק ול/770). בשעות הבוקר המוקדמות התקיימו מגעים נמרצים בין שר החוץ ואנשי משרדו לבין מחלקת המדינה האמריקנית בראשות קיסינג'ר, בשאלת כינוס מועצת הביטחון. אבן דיווח שבשיחה טלפונית עם קיסינג'ר מסר הלה שהאמריקנים אינם יכולים להתנגד לכינוס מועצת הביטחון ולכן הם דווקא שוקלים לכנס את המועצה כדי לקבל החלטה על הפסקת אש וחזרה לקווי ה-6 באוקטובר, ולגרור את הדיון כמה שיותר זמן באופן שיאפשר לישראל לפעול צבאית. על כל פנים, לדברי קיסינג'ר הגשמת האסטרטגיה האמריקנית "מותנה בהסכמתנו" (ראו: מברק נר/46). אולם בשעות שחלפו התברר שהדיווחים האופטימיים על המצב בחזיתות אינם נסמכים על המציאות בשטח. במהלך הלילה שבין ה-6 וה- 7 באוקטובר ובבוקר של יום המחרת הלך המצב הצבאי והתדרדר מבחינתה של ישראל. הצבא המצרי הרחיב את ראשי הגשר שהקים והחדיר כוחות נוספים אל מעבר לתעלת סואץ. במשך הלילה כותרו רבים ממוצבי "קו בר-לב" לאורך תעלת סואץ, וחלקם נכבש בידי הצבא המצרי. חמור מאוד היה גם המצב בצפון. במרכז רמת הגולן ובדרומה פרץ המאמץ הסורי העיקרי את קווי צה"ל וחדר עמוק לשטח הרמה. יחידות סוריות הגיעו כמטחווי קשת מגשרי הירדן שמוליכים לתוך אצבע הגליל ושטח מדינת ישראל, ומולם אך כוחות דלילים ובלתי מספיקים כדי לבלום אותם. (ראו להלן: מפת ההתקפה הסורית ומפת ההתקפה המצרית). ב-07:30 בבוקר חצתה ראש הממשלה את חלקת הדשא שהפרידה בין לשכתה ובין מוצב הפיקוד של צה"ל (הבור) ושמעה עידכון מפי הרמטכ"ל: "עבר עלינו לילה לא טוב" אמר דדו והוסיף פרטים על המצב הקשה המסתמן ברמת הגולן בשעה שבתעלה "המצב קצת יותר טוב". היה זה הראשון בשורה של התייעצויות שנערכו בלשכתה של גולדה מאיר ודנו במצב החמור המסתמן בחזיתות. חזות קודרת במיוחד נפרסה בישיבה של קבינט המלחמה בשעה 14:50. במרכז הדיון עמד דיווחו של שר הביטחון דיין שחזר מודאג מאוד מסיור בחזיתות והשרה על הדיון אווירה קודרת ומיואשת. הוא פרס תחזית שחורה שעל פיה הערבים לא יפסיקו את התקפתם. הוא הביע את דעתו שלא צריך לחשוב עתה על התקפות נגד אלא על שמירה על ארץ-ישראל. הם "הגיעו איתנו למלחמה על ארץ-ישראל", אמר ולכן "ירידה מן הגולן לא פותרת, כי זה ימשיך לעמק החולה...לכבוש את ישראל, לגמור את היהודים". גולדה מאיר לא חלקה על דעתו ואמרה: "אין כל סיבה מדוע הם לא ימשיכו, לא רק עכשיו. הם טעמו דם...זהו הסיבוב השני מאז 1948". (להתייעצויות של קבינט המלחמה ב-7 באוקטובר ראו פרסום של ארכיון המדינה משנת 2010) למרות החזות הקודרת שנמסרה לה, מסרה ראש הממשלה בשדר לקיסינג'ר ולנשיא ניקסון (שם הקוד שלו היה אדוארד), שאמנם הקרבות קשים אך אנשי הצבא מעריכים "שעם הכנסתם של המילואים...עומד לחול מפנה לטובתנו". היא שבה והזכירה לו את החלטתה להימנע ממכת מנע שהייתה יכולה לשפר מאוד את מצבה של ישראל ודחקה בו לדחות את הדיון במועצת הביטחון לימים רביעי או חמישי "שיש לנו יסוד להניח שהיינו אז במצב של התקפה במקום מצב של הגנה". בהערכת מצב שצורפה למברק אף נכתב שבכוונת ישראל לדחוק את הסורים והמצרים כבר באותו היום חזרה אל קווי הפסקת האש ואף לעבור אותם כדי לשפר את מצבה (ראו: מברק ול/773). אולם גם גולדה שידרה באותן השעות אווירת נכאים וחרדה קיומית רבה. בישיבת הממשלה שנערכה ב-21:00 באווירה קשה מסר שר הביטחון דיווח על האבדות הכבדות של צה"ל, ועם זאת מסר תיאור מעט מעודד יותר על המצב בחזיתות. שרים אחדים כמו השר יגאל אלון החלו בעריכת חשבון נפש ובהפקת לקחים מוקדמת (הישיבה טרם אושרה לפרסום). בישיבת הממשלה לא התקבלו החלטות אופרטיביות אך הלכי הרוח, כפי שנמסר במברק מגלילי לאבן בניו-יורק על דעתה של ראש הממשלה, היו שהיעדים נשארו כשהיו: "א. הדיפת הצבא המצרי אל מעבר לתעלה, ב. הדיפת הצבא הסורי אל מעבר לקו הפסקת האש בגולן ו-ג. תוך כדי כך הנחתת מכות על שני צבאות האויב" (ראו: מברק ול/778). בעקבות הדיווחים על המצב הצבאי החמור שינתה ההנהגה הישראלית את אופי דרישותיה לגבי סיוע צבאי מארצות הברית. לא עוד בקשה לפריטים אחדים, אלא דרישה לסיוע מסיבי ובראש וראשונה אספקת מטוסי קרב וטנקים, כשראש הממשלה מטילה לעניין הזה את מלוא כובד משקלה (ראו מברק ול/775). בשעות הלילה דיווח מרדכי שלו על פגישה של השגריר שמחה דיניץ עם קיסינג'ר בה "שטח בפניו את בקשתה הדחופה [של ראש הממשלה] לפנטומים". דיניץ חזר גם הוא על החלטתה של גולדה שלא לפתוח במכת מנע, בין היתר על-פי עצתו של קיסינג'ר, וטען שזה מעמיד את ארצות הברית בעמדת מחויבות מוסרית לסייע לישראל. קיסינג'ר שיבח את החלטתה של ישראל, אך מסר שעניין אספקת המטוסים קשה מאוד. הוא סיפר על מסר שקיבל מחאפז איסמעיל שעל פיו אין בכוונתה של מצרים להרחיב את ראש הגשר שהקימו, וכי אם תודיע ישראל על הסכמתה לסגת לגבולות 67, יהיו הם מוכנים לפתוח במשא-ומתן על כך. מזכיר המדינה הוסיף שהוא רק מוסר את המידע ואינו ממליץ בכלל להתייחס לזה (ראו: מברק לו/982). על הצעתם זו חזרו המצרים כמה פעמים בהמשך ימי המלחמה. בשעות הלילה החל מצב הרוח בלשכת ראש הממשלה להשתפר. ב 20:50 מסר ישראל ליאור לגולדה שסגן הרמטכ"ל בונה עתודה - "מחר יערכו להתקפה נגדית, מעריך שיוכל להחזיר המצב לקדמותו ואולי אפילו יותר מזה". סמוך לחצות הליל התקיימה בלשכה התייעצות בהשתתפותו של יצחק רבין, שדיווח על סיור שערך בחזית הדרום עם הרמטכ"ל. רבין מסר שהוחלט לפתוח למחרת היום בהתקפת נגד על הצבא המצרי שתתבצע בהדרגה: רק אוגדה אחת מתוך השלוש המצויות במקום תתקוף בשעה נתונה, משום ש"בין תל אביב והתעלה יש רק את הטנקים האלה", כדבריו של רבין. הוא סיים בקביעה שלמרות הקשיים והבעיות אצל כוחותינו "בסך הכול המצב בסדר" (ראו לעיל).