ב-1939 עם פרוץ מלחמת העולם השנייה ופלישת הגרמנים לפולין ברח בן-נתן לוילנא לשם הגיעו גם מנהיגי "המזרחי" ובראשם זרח ורהפטיג. בווילנה מתארגנת קבוצה קטנה של עסקני המזרחי למסע בריחה לארץ ישראל בראש הקבוצה עומד זרח ורהפטיג . לקבוצה מצורף רפאל בן-נתן. חברי הקבוצה יצא למוסקבה משם לבירוביז'אן, יפן, הונג קונג, סינגפור, הודו, עדן, מצרים לאחר מסע בריחה שנמשך שנתיים הם מגיעים בתחילת 1941 לארץ ישראל. בן נתן עולה לירושלים למרכז העולמי של "המזרחי" ששכן ברחוב חזנוביץ הוא נפגש שם עם פעילי ה"מזרחי" משה שפירא בצלאל בזק ונוספים. ימים ספורים לאחר בואו ארצה מתבשר בן נתן במכתב שנשלח אליו כי אביו נפטר ב-18 למרץ 1941. הוא עולה לכותל ואומר קדיש ראשון על שם אביו. משם נוסע בן-נתן לתל אביב מתייצב בבית תנועת "המזרחי" ברחוב אחד העם 108 שם נפגש עם פעילי "המזרחי" משה קרונה יוסף תירוש ואחרים ומבקש לעסוק בהדרכת נוער. בקשתו נענית ובן-נתן נשלח להיות קומנר בסניף בני עקיבא המזרחי בפתח תקוה. כן ריכז את קייטנת בית ספר בכפר אברהם. בשנת 1941 מפרסם בן-נתן בעיתון "הצופה" רשימות המתארות את המסע הבריחה שלו מפולין לארץ ישראל ואת מפגשיו עם הקהילות היהודיות בארצות אלה. על הרשימות חתם בפסבדונים בן-נתן שם שאימץ אותו כשם הרשמי.

כעבור שנה במחצית 1942 נענה לבקשת בנימין שחור לרכז את סניף בני עקיבא של תל אביב ששכן בצריף ברחוב אחד העם 108 והחליף בתפקיד זה את אליהו חן ציון ויהודה בלום לימים שגריר ישראל באו"ם. כעבור כשנה בשנת 1943 הצטרף בן-נתן לקבוצת עלומים בהרצליה(שהקימה לימים את קיבוץ סעד בנגב) בה היה חבר עד שנת 1950 במקביל היה פעיל בהסתדרות הפועל המזרחי בהרצליה והאזור. בן השנים 1944-5 והוא בן 26 בלבד היה בן-נתן מזכיר ערב בלשכת העבודה בהרצליה וביום עבד בחקלאות ובגינון בשדות הרצליה והאזור. ב-1945 נשא בן-נתן לאשה את חסייה מארק חברת קבוצת עלומים, ילידת הארץ שהייתה בת למשפחה חיפאית בתם של נחמה ואריה נחום יוסף מארק שהיה ממונה על מחלקת הדיג והחקלאות בשלטון המנדט. ב-1945 הוקמה סיעת "למפנה" בתנועת "המזרחי" שקראה לשיתוף פעולה עם תנועת העבודה, למתינות בתחום המדיני ולפעולות התיישבות חתומים על מנשר היסוד של הסיעה "הרב החלוץ" ישעיהו שפירא, אהרון קופולוביץ, פרופ' אפרים אורבך, צבי נויימרק, יהושוע כהן משדה יעקב, משה אונא ונוספים.

בן-נתן מצטרף לסיעת "למפנה" כחבר פעיל ומגייס חברים לשורותיה. בחירות לוועידה ה-9 של הפועל המזרחי שנת 1945 קיבלה "למפנה" שליש מהקולות 2500 מ-7500. ב-1947 נבחר רפאל בן-נתן לוועד הפועל של הפועל המזרחי והתמנה כמנהל מחלקת הארגון תחת דוד בית אריה ששימש כראש המחלקה בתפקידו זה עסק בן-נתן בין השאר בהקמת סניפים חדשים של "הפועל המזרחי" ברחבי הארץ. בשנות ה-50 מצטרף בן-נתן למושב הדתי חמ"ד (חילים משוחררים דתיים) שליד בית דגן כחבר מן המניין וכאן הוא קובע את ביתו ב-1956 נבחר לראש מחלקת עלייה של המזרחי ששכנה אז ברחוב סלומון 18 בתחנה המרכזית הישנה. רבים אולי לא יודעים כי עד סוף שנות ה-50 של המאה הקודמת פעלו ליד מפלגות והסתדרותיות פועלים כמו "הפועל המזרחי" ואחרות לשכות תעסוקה משלהן שדאגו למציאת וסידור עבודה לחבריהן. ב-1959 לאחר שהוחלט להלאים את לשכות התעסוקה אלה, מונה בן-נתן לסגן מנהל שירות התעסוקה של מדינת ישראל תחת שר העבודה מרדכי נמיר ואחר כך גיורא יוספטל. ב-1964 מונה בן-נתן לראש מחלקת המיסים של הפועל המזרחי מי שיעיין היטב בפנקס הפועל המזרחי ששימש עד לפני כמה עשורים כפנקס קופת חולים של קופת חולים כללית ימצא בה בוודאי את חתימתו של בן-נתן. (ברשותי פנקס כזה).

בתחילת שנות ה-70 נבחר רפאל בן-נתן למזכ"ל הפועל המזרחי תפקיד בו שימש עד 1986 עת הוחלף על-ידי אליעזר אבטבי. בן-נתן המשיך לשאת בתואר מזכ"ל המפד"ל לענייני רווחה וכלכלה ושימש בן השאר כראש רשת בתי אבות "תפארת בנים" שהפעילה בתי אבות בנתניה. ב1993 זכה בן-נתן בפרס עמינח על ספרו "בתנועה אחת" הספר סוקר את תולדות חייו וזיכרונותיו השזורים בתולדות תנועות "המזרחי" והמפד"ל ויצא לאור בשנת 1991 (הוצאת מורשת). בטבת תשנ"ז הלך רפאל בן-נתן לעולמו והוא בן 77 מותיר רעייה, חסייה, חמישה ילדים לאה, דינה ויטל, חיה אבני, נתי בן-נתן בוגר ישיבת נחלים איש נחל "במעלה הגלבוע", הנדסאי בנין מתגורר במושב חמד, מתניה בן נתן בוגר ישיבת "נחלים" וישיבת ההסדר ברמת הגולן ונכדים. מושב חמ"ד שרפאל בן-נתן התגורר היה חבר בו שנים רבות עד מותו ותרם לפיתוחו של המושב הנציח את בן-נתן בהקמת גן משחקים ופעילות לזכרו "גן רפאל" הממוקם במרכז המושב ליד בית הכנסת הראשי בישוב וכן יש במושב חמ"ד מבנה בו יש מצגת לזכרו. בנתניה נקרא רחוב על שמו כאות הוקרה על הקמת שורה של בתי אבות בעיר שהוקמו על-ידי רשת בתי אבות "תפארת בנים" בנתניה שבן נתן עמד בראשה. מקורביו של בן-נתן אומרים כי לו רצה היה יכול להתמנות לשר או לפחות לחבר כנסת. פגשתי בימים אלה בכנס באילת את חבר הכנסת ואיש המפד"ל לשעבר שאול יהלום. יהלום אומר לי והסכים שאצטט דבריו". בן-נתן הגיע לסיפוק מהעובדה שהוא בעל השפעה, בעל כוח וממליך מלכים הכיבודים פחות עניינו אותו".