צד פחות מתוקשר של נושא התחבורה והסביבה הוא הפצת מחלות ומגיפות באמצעות תחבורה. ללא תחבורה בין אזורים מרוחקים, הסיכויים להתפשטות מגיפה מאזור אחד לשני נמוכים ומוגבלים על-ידי הסביבה הפיזית. לשפעת עופות, למשל, יש פוטנציאל גדול יותר להתפתח למגיפה עולמית מכיוון שיש לנו שליטה מוגבלת על עופות נגועים שמתעופפים להם ברחבי העולם.
אמנם, גם ללא תחבורה אנושית מודרנית, מגיפות ומחלות מתפשטות. הלוחמים הספרדים של הרנן קורטס גברו על הילידים בעולם החדש בעזרת אבק שריפה, אך גם באמצעות חיידקי שפעת וחצבת שהביאו עמם באוניות שנשאו אותם מאירופה. גם המגיפה ההיסטורית הידועה ביותר - הדבר שהיכה באירופה והשמיד שליש מתושבי היבשת במאה ה-14 - הגיעה במקור ממדינה אחרת, סין, שם גרמה לתחלואה קשה ביותר. אסון בריאותי זה כנראה זירז את התמוטטות האימפריה הגדולה ביותר שידע העולם מעודו - האימפריה המונגולית, ששלטה על פני שטחים נרחבים מקוריאה במזרח ועד מזרח אירופה.
המונגולים, הודות להיותם פרשים מיומנים, הצליחו להשתלט על רוב אירו-אסיה. דרכי התחבורה המהירות (בזמנו) שפתחו בין חלקי האימפריה השונים הן אלו שהביאו להפצת הדבר ממקור המגיפה בסין, אל קוריאה, הודו, לאורך דרך המשי אל הים הכספי, אוזבקיסטן, פרס, המזרח התיכון ואל אירופה. אירוני שהתחבורה שאפשרה את התפשטות האימפריה המונגולית, הביאה בסופו של דבר לסופה.