מבקר המדינה, מיכה לינדנשטראוס, החל בבדיקת הליך מינויו של מנכ"ל נתיבי איילון, שי ברס, וכן את ההתנהלות סביב אישור התקן החדש בחברה לתפקיד משנה למנכ"ל - כך נודע ל-TheMarker.
כיסא המנכ"ל בחברה אינו מאויש קרוב לשנה, לאחר עזיבת המנכ"ל הקודם אריה בר, שמונה למנכ"ל משרד התחבורה בתקופתו של השר מאיר שטרית. ברס, ששימש מ"מ המנכ"ל בחודשים האחרונים, נבחר לתפקיד המנכ"ל על ידי הדירקטוריון לפני כמה חודשים; עם זאת הוא לא מונה לתפקיד בשל התנגדותם של שטרית ובר, שטענו כי הופעלו עליהם לחצים פוליטיים למנות את ברס. מינויו של ברס לווה בלא מעט התפתחויות, בין השאר עריכת מבחני התאמה למועמדים פעמיים.
עם עזיבת שטרית ובר את משרד התחבורה נדמה היה כי המינוי ייצא לפועל. ואולם באחרונה הודיע מנכ"ל משרד התחבורה, גדעון סיטרמן, לברס כי לא ימונה לתפקיד המנכ"ל בשל רצונו של מופז למנות לתפקיד את יועצו לשעבר, דוד לוי. העניין עורר התנגדות רבה בחברה ומחוצה לה, ומופז נאלץ לסגת מדרישתו. בתמורה הוחלט שלוי ימונה למשנה למנכ"ל.
לאחר שמופז נוכח לדעת כי לא יוכל למנות את לוי לתפקיד, הוחלט להתקין תקן חדש לתפקיד משנה למנכ"ל. דירקטוריון נתיבי איילון אישרר באחרונה את מינויו של ברס לתפקיד המנכ"ל. המינוי אמור לעבור לאישור ועדת שפניץ.
ממשרד מבקר המדינה נמסר בתגובה כי הם לא מוסרים פרטים על בדיקות שמבצע המשרד.
