משרד החינוך אינו מנצל את מלוא תקציב החינוך, ובעשור האחרון ניצל רק 96% ממנו בממוצע. ההפסד מגיע למאות מיליוני שקלים בשנה מתקציב של כ-25 מיליארד ש"ח. כך חושף הדוח השנתי של מרכז טאוב לחקר המדיניות החברתית של ישראל.
מהדוח עולה כי מתוך תקציב של כ-25 מיליארד שקל, מדי שנה לא בוצע חלק מהתקציב, בסכומים של מאות מיליוני שקלים, ובשנים מסוימות מדובר בלמעלה ממיליארד שקל. על-פני העשור הסכום המצטבר מגיע לכדי כ-13 מיליארדי ש"ח במחירים קבועים של 2005.
ממשרד החינוך והאוצר מסבירים את היעדר הניצול בכך שבתקציב נכללים סכומים המיועדים לרזרבה להתייקרויות ולצרכים אחרים, וכאשר לא מתעורר הצורך לנצל את כספי הרזרבה לא נעשה בהם שימוש. כמו כן טוענים אנשי משרד החינוך והאוצר כי כספים בלתי מנוצלים בסעיפים שונים של התקציב, מועברים בשנה העוקבת ומנוצלים במהלכה.
במרכז טאוב מציינים, כי על-רקע ממצאי הדוח עולה, כי לאורך כל השנים היו סעיפים מרכזיים בתקציב משרד החינוך, שקיבלו בסופו של דבר תוספות של מעל 10% מעבר להצעת התקציב, לעומת סעיפים אחרים שקיבלו הרבה פחות. מרכז טאוב ממליץ לממשלה לבחון מבנה חלופי לתקציב, אשר יאפשר מעקב טוב יותר אחר התשומות מול התפוקות המושגות מהן.
בתגובה לממצאי דוח טאוב מסר משרד החינוך, כי "בחמש השנים האחרונות קוצץ תקציב המשרד בכ-3.5 מיליארד ש"ח. עם כניסתה של השרה לתפקיד השיגה תמיר תוספות תקציביות בשנת 2006 בהיקף של 292 מלש"ח. בשנת 2007 נכנסו לבסיס התקציב 166 מיליון ש"ח לפי הפירוט הבא: 70 מיליון ש"ח, בבסיס + תוספת של 29 מיליון ש"ח + 46 מיליון ש"ח (הארכת יום הלימודים בגני הילדים - חלק מה-155 מיליון ש"ח - שנגררים מ-2006, לטובת תנועות נוער + ש"ש) + 10 מיליון נוספים (לשילוב) + 30 מיליון ש"ח הזנה + 4.8 מיליון ש"ח (תוכנית עתידים)- (שיתוף עם הצבא)+ 6 מיליון ש"ח (הפחתת שכר לימוד לסטודנטים במכללות להוראה ).
בנוסף השיגה השרה תוספות חד-פעמיות: תוספת חד פעמית של 43 מיליון במהלך 2007 בעבור הצפון, כולל פסיכולוגים (2/3 מ-65 מיליון ש"ח) + 168 מיליון ש"ח (לצפון פיתוח – ותקציב רגיל – כולל בניית כיתות והצטיידות מוסדות) + 50 מיליון ש"ח (פיתוח הנגב) + 8 מיליון ש"ח (דרוזים וצ'רקסים) + 13 מיליון ש"ח (מגזר בדווי). סה"כ הגיעו התוספות החד פעמיות ל-282 מיליון ש"ח. עוד גייסה השרה 340 מיליון ש"ח מתרומות. יודגש כי משרד החינוך זקוק לתוספות תקציביות נוספות כדי לאפשר מגוון פעילויות לשיפור מערכת החינוך".