כ-60 מיליארד שקל מתקציב המדינה מיועדים לשכר. אגף החשכ"ל ייעל בשנים האחרונות את הטיפול בעניין השכר; כללים חדשים נקבעו וכללים ישנים נאכפו בשורה של נושאים, כולל עליות בדרגה, אחזקת רכב, החזר הוצאות אש"ל, טלפונים, נסיעות לחו"ל ועוד. טיפול החשכ"ל בתיקון כשלים שונים בתחום המכרזים חסך למדינה כספים רבים בשנים האחרונות. ייעול הביקורת על התמיכה בעמותות הציבוריות זכה לפחות חשיפה תקשורתית.
לדברי החשב הכללי, ירון זליכה, בשלוש השנים האחרונות נערכה באגף רפורמה רבתי בעניין התמיכה בגופים ציבוריים, במטרה להעמידה על כללי מינהל תקין. למהלך אחראים, בין היתר, הסגנים הבכירים לחשכ"ל אבי גבאי וסיגי סייג, ומהכוחות הצעירים באגף, אמנון קראוס ויהלי רוטנברג.
הצעד הראשון שננקט היה קביעת קריטריונים שוויוניים עוד לפני ביצוע מבחן התמיכה לעמותה ספציפית. ב-2 בינואר אמר זליכה בוועדה לביקורת המדינה של הכנסת: "רבים אינם מבינים את הקשר הישיר, החד-משמעי, המוכח במחקרים רבים, שבין רמת השחיתות במדינה לבין רמת חיי אזרחיה וחוסר השוויון המוחלט ביניהם. יסוד היסודות בשחיתות הוא התנהגות בחוסר שוויון. פלוני מקבל יחס שלטוני טוב משל אלמוני בשל שיקולים זרים. משאבי המדינה מחולקים באורח בלתי שוויוני, משולל צדק חלוקתי, משיקולים זרים או פסולים. זו תמצית השחיתות".
לדברי זליכה, לפני שלוש שנים, כשנכנס לתפקיד החשכ"ל, מצא כאוס בכל הקשור לתמיכות. החתול, במקרים רבים, שמר על השמנת; עמותות של מקורבים קיבלו סיוע מהמדינה שלא כחוק. החשכ"ל התמקד בסעיפי השכר והרכש, וברח מנושא העמותות. כחלק מן הרפורמה של השנים האחרונות בעניין ההקצבות לעמותות, הוחלט להפריד בין המשרד התומך ובין מנגנון הבקרה. לשם כך הוקם במטה החשכ"ל מנגנון בקרה מרכזי ולתחום ניתנה עדיפות גבוהה. במקום שהמשרדים יערכו את הבקרה על העמותות שהם מתקצבים, תוך כניעה לגחמות השרים שלהם ומקורביהם, גוף מקצועי בחשכ"ל מפקח על ההקצבות. כמו בתחום הרכש, נקבע כי כל תמיכה מחייבת כפל חתימות - של החשכ"ל ושל המשרד נותן התמיכה.
חלק מהעמותות מקבלות תמיכה מכמה משרדי ממשלה. הקמת הבקרה המרכזית הביאה לשיתוף כל המשרדים במידע זה. המערך המרכזי, עם המידע שצבר, ביצע ביקורת רוחבית בשיתוף רשם העמותות, רשות המיסים והביטוח הלאומי. לראשונה התאפשרה ביקורת עומק יסודית בעמותות, לגילוי הונאות.
הוצאת כספים במרמה כפי שתוארה לעיל נחשפה בביקורת. חקירה של האגף גילתה גם כי מורה שעליו דווח למשרד החינוך, ושעבורו קיבלה העמותה כספים, עבר שבץ מוחי ואינו מלמד עוד. מאחת המכללות קוזזו 8.5 מיליון שקל בשל דיווח פיקטיבי על מספר התלמידים, ונפתחה נגדה חקירה משטרתית.
