על כוננותו ומוכנותו של צה"ל ערב מלחמת יום הכיפורים השפיעו שתי קונספציות שהיו אומנם מודיעיניות אך קבלתן על-ידי הרמטכ"ל ושר הביטחון הפכון לתפיסות צה"ליות: הראשונה, הידועה יותר, הייתה שמצרים לא תיזום מלחמה עד הצטיידותה במטוסים ארוכי-טווח לתקיפת העורף הישראלי ואילו סוריה לא תיזום מלחמה ללא מצרים. הקונספציה השנייה הייתה שמצרים וסוריה מורתעות מצה"ל ולכן "לא ילכו למלחמה ובוודאי לא גדולה" כהערכת אמ"ן אפילו בשעות הצהרים של ה-5 באוקטובר 73.
ניצני תפיסת ההרתעה הזו נזרעו ב-1971 אולם את עיקר תוקפה קיבלה באפריל 73' (כוננות "כחול לבן") כשהערכת המודיעין שמצרים וסוריה לא תצאנה למלחמה חרף הסימנים בשטח לפריצתה אכן התאמתה. איש לא ידע אז שהמלחמה ששתי המדינות התכוונו לפתוח בה נמנעה בשל לחץ סובייטי ולא בגלל רתיעה מצה"ל.
בספטמבר 73', כשהוא מחוזק מעמידתן-לכאורה של שתי הקונספציות במבחן אירועי אפריל, טען אמ"ן שהסימנים החוזרים לפרוץ מלחמה הם סימני סרק: "היום הסיבה העיקרית מבחינה צבאית לכך שאין מלחמה היא ההרגשה והערכה הערבית שכוחות האוויר שלהם אינם מספיקים למלחמה עם איזה סיכוי להצלחה". בדיון שנערך ב-1 באוקטובר אמר המודיעין ש"הסורים נכנסים למערך הזה [החירום] בגלל חששות מכוחותינו... ולא [בגלל] תוכניות התקפיות". לגורם זר שפנה לאמ"ן ב-1 באוקטובר נאמר ש"אין הם [הסורים] מאמינים שיוכלו להצליח". בדיון שנערך ב-5 באוקטובר, יום לפני פרוץ המלחמה, טען אגף המודיעין כי "המצרים... ממש חרדים" וכי "אין - לא למצרים ולא לסורים אופטימיות גדולה לגבי ההצלחות האפשריות שלהם [אם יפתחו במלחמה]".
את "הערכות" המודיעין שהאויב מורתע ולכן יימנע מליזום מלחמה קיבלו לא רק הרמטכ"ל אלא אף "הביטחוניסטים" שאיישו את ממשלתה של מאיר ובהם שר הביטחון דיין, שהיה רמטכ"ל; סגן ראש הממשלה ושר החינוך אלון, שהיה מפקד הפלמ"ח ואלוף מצטיין בתש"ח; שר המסחר והתעשיה ברלב, שהיה אף הוא רמטכ"ל; שר הדואר פרס, שהיה שנים רבות מנכ"ל משרד הביטחון, והשר בלי תיק גלילי, שעד תש"ח היה הרמ"א (הממונה האזרחי על "ההגנה").
למרות חוסר ניסיונה בענייני צבא וביטחון, רה"מ גולדה לא סמכה כנראה על ביטחונו הרב של המודיעין בנוגע לפחדם ולחששם של הערבים מצה"ל והעלתה בדיוני הממשלה מספר שאלות שנגעו לחששות-לכאורה אלה:
מה הסיבות שגרמו לחששות הערבים מצה"ל? תשובת המודיעין הייתה ש"הערבים תמיד חוששים" וכי "הכוננות נובעת מפחד מפנינו" בגלל הפלת 13 מטוסים סוריים בספטמבר.
בשאלתה השנייה, המתריסה יותר, העלתה גולדה מאיר את האפשרות ש"המצרים יעסיקו אותנו קצת כאשר הסורים ירצו לעשות משהו בגולן". תשובת המודיעין (לא הרמטכ"ל) לשאלה זו הייתה ש"אסד יודע היכן גבולותיו, כי הם מודעים לעדיפות האסטרטגית הישראלית... יש לו עמוק בתודעה[את] העדיפות האסטרטגית הישראלית".
בתשובותיו לשאלותיה הנוקבות של מאיר לא הוסיף המודיעין כל עובדות ל"הערכותיו" בדבר מורתעות הערבים, שהיו מבוססות על הערכת הגיון האויב, ניחוש כוונותיו, והערכת מצבו התודעתי והנפשי. חרף זאת לא נדלקה כל נורה אדומה אצל הרמטכ"ל ואנשי הצבא הרבים והמנוסים הנוספים שהשתתפו בדיוני הממשלה, ובעיקר לא אצל גלילי. יש להניח שבמסגרת תפקידו כרמ"א הכיר גלילי היטב את הערכת המודיעין שקדמה למלחמת העצמאות לפיה לא תפלושנה מדינות ערב לא"י, בין השאר בגלל חששן מתגובת הבריטים - "הערכה" שלידיעתו ולמזלה הטוב של מדינת ישראל השליך דוד בן-גוריון לפח.
ממחקר שנערך בצה"ל לאחר מלחמת יום הכיפורים הסתבר שמצרים וסוריה היו מודעות למשקל הגדול שניתן בישראל ל"הערכת" מידת הרתעתם ולכן דאגו להלעיטה במידע כוזב רב על פחדיהן וחששותיהן מפניה.
מאיר הכירה את תמונת המצב המבצעית הבסיסית ואת העובדה שבעוד שצבאות מצרים וסוריה היו ערוכים בגבולות במלוא עוצמתם, צה"ל היה ערוך רק עם כוחותיו הדלילים של הצבא הסדיר. לכן התמקדה שאלתה השלישית בדיוני הממשלה באורך זמן ההתרעה המוקדמת שתינתן לישראל בזירה המצרית. בתשובה מסר המודיעין שההתרעה בזירה זו תהיה לא רק טקטית אלא אף אופרטיבית, כלומר התרעה של מספר ימים. בכך חזר על דברים שראש אמ"ן אמר במאי: "אינני חושב שיכולה להיות הפתעה לצליחת התעלה... אני יכול להבטיח התרעה על נושא הצליחה".
מאיר הכירה היטב את ההתרעה שהמודיעין נדרש לספק לפני 1967, שהתבססה על זיהוי מודיעיני מוקדם ככל האפשר של תחילת הנעתם של כוחות מצריים ממחנותיהם ממערב לתעלה לעבר גבול ישראל שהיה במרחק של 300 ק"מ מהתעלה. עובדה זו אפשרה לכוחות המילואים של צה"ל שהיו ממוקמים 100 ק"מ מהגבול (בין חדרה לגדרה), להתגייס מהר, להקדים ולהשתלט על שטחים בסיני לפני תפיסתם על-ידי הצבא המצרי, ולהגן על ישראל רחוק מגבולה.
רה"מ הבינה כנראה שהעובדה שלאחר 1967 היו צה"ל ואויביו קרובים מאוד זה לזה, כשמטרים ספורים בלבד מפרידים ביניהם בצפון, ותעלת סואץ מפרידה ביניהם בדרום, מחקה את מרחב ההתרעה הגדול ממנו ישראל נהנתה קודם לכן. לפיכך, בתגובה לביטחונו הגבוה של המודיעין בדבר התרעה מוקדמת בזירה המצרית היא העלתה את שאלתה הרביעית והבלתי נמנעת: "איך נדע כאשר נדע?" כלומר, כיצד מסוגל המודיעין לספק התרעה ללא מרחב התרעה?
התשובה לשאלתה זו התייחסה בעיקר לזיהוי מוקדם של ניקוי המוצבים המצריים לאורך התעלה - לקראת חידושה של מלחמת התשה ולא לאפשרות פרוץ מלחמה רבתי. כך נחשפה הממשלה לעובדה שנדבך בסיסי נוסף בתפיסת הביטחון הישראלית - קבלת התרעה מודיעינית מוקדמת מספיק לגיוס המילואים ולשינועם לגבולות (מרחק של כ-400 ק"מ) - הוא חסר כיסוי עובדתי אמיתי.
גילוי זה היה צריך לזעזע את שולחן הממשלה עתיר אנשי הצבא והביטחון ולהביא להפסקת הדיון העקר, המתבסס על "הערכת" (בעצם ניחוש) המודיעין לגבי הגיון האויב, כוונותיו ורגשותיו, ולהחלפתו בדיון אופרטיבי המובל על-ידי הרמטכ"ל בדבר היערכות צה"ל להתמודדות עם מתקפת פתע אפשרית (כזו שאכן פרצה) באמצעות הצבא הסדיר בלבד, במשך שעות רבות ואף ימים.
לו היה נערך דיון כזה, יש להניח שהיה מסתיים בהנחיית הדרג המדיני לצה"ל להסגת חיילי קו ברלב לאחור, מיד לאחר שמשימתם להתריע על פרוץ המלחמה מולאה, משום שהשארתם בקו הקדמי הייתה הופכת אותם לנטל מבצעי ולפוטנציאל אפשרי לטראומה לאומית, כפי שאכן קרה.
שאלותיה האינטואיטיביות של מאיר בדיוני הממשלה שהתמקדו כנדרש ביכולות האויב ולא בכוונותיו, לא שינו דבר וההוכחה לכך היא שערב כניסת החג פרסם המודיעין את "הערכתו" האחרונה הידועה לפיה "לא חל שום שינוי בהערכת המצרים את יחסי הכוחות בינם לבין צה"ל. לפיכך הסבירות שהמצרים מתכוונים לחדש הלחימה היא נמוכה".
גולדה מאיר הייתה ידועה כמנהיגה עקשנית וסמכותית והדרך היחידה בה ניתן להבין את השלמתה עם התשובות הלא מספקות לשאלותיה שחשפו את חוסר המוכנות למלחמת פתע (בעיקר העדרו של מרחב התרעה מוקדם לגיוס המילואים) היא כנראה ציפייתה להתרעה מוקדמת שתסופק על-ידי סוכנים שישראל גייסה בעומק הממשל והצבא המצרי וכן, הסתמכותה על דיין שהיה עד פרוץ המלחמה שר ביטחון מיתי. בדומה לאגף המודיעין גרס דיין (כפי שאמר באחד הדיונים) שהמצרים מודעים לכך שאם הם יחצו את התעלה הם "ימצאו את עצמם במצב מאוד לא נוח... [כי] יש הרבה הוצאות הדרך בשביל לעבור את התעלה, ואחר כך עוברים בשטח שלא נגמר, ואנו באים אליהם מכל הצדדים".
