ארה"ב ואירן ממשיכות להתכתש לגבי ההתחייבויות ההדדיות, שיאפשרו חזרה להסכם הגרעין, על בסיס המסמך שהוגש לצדדים על-ידי האיחוד האירופי לפני מספר שבועות. הממשל האמריקני קבע, כי תגובת אירן אינה מעודדת; ובהודעה שפרסמו צרפת, בריטניה וגרמניה ב-10 בספטמבר נאמר כי "דרישות אירן מעוררות ספקות משמעותיים בנוגע לכוונותיה והמחויבות שלה להסכם גרעין מחודש".
לב המחלוקת הוא הדרישה האירנית לסגור את תיקי החקירה של הסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית (סבא"א) לפני יום היישום מחדש של ההסכם (ביום ה-120 לאחר החתימה). הממשל האמריקני והשותפות האירופיות למו"מ הדגישו, כי לא ניתן להתנות את החזרה להסכם הגרעין בהפסקת חקירות סבא"א שאינן קשורות להסכם הגרעין; ומנגד נשיא אירן, איברהים ראיסי, קבע, כי "בלי פתרון החקירות הפתוחות של סבא"א חזרה להסכם הגרעין חסרת טעם". מנכ"ל סבא"א, רפאל גרוסי, הבהיר מצידו, כי לא יסגור את התיקים עד שאירן תספק הסברים מניחים את הדעת לראיות שנמצאו בשלושה אתרים לא מוצהרים.
בד בבד, אירן ממשיכה לקדם את תוכנית הגרעין. בימים האחרונים החלה להעשיר אורניום לרמה של 5% בקסקדה השנייה מתוך שלוש של הצנטריפוגות המתקדמות (IR-6), שהותקנו במתחם תת-קרקעי באתר נתנז. אלה מצטרפות להעשרה שהחלה בשנה האחרונה באמצעות צנטריפוגות מתקדמות לרמה של 60% במתקן העילי בנתנז, ובחודש שעבר הופעלה קסקדה שניה של צנטריפוגות 6-IR במתקן התת-קרקעי באתר פורדו. הדוח האחרון של סבא"א (7 בספטמבר) קובע, כי בידי אירן 55.6 ק"ג של אורניום מועשר ל-60% - כמות המספיקה להעשרה לפצצה אחת.
לפי דוח של ISIS, מכון מוביל בוושינגטון העוקב אחר התקדמות תוכנית הגרעין של אירן, במצב המלאי הנוכחי אירן תוכל תוך חודש להעשיר לרמה צבאית כמות מספקת של אורניום מועשר לשלוש פצצות, ותוך ארבעה חודשים - לחמש פצצות. זאת ועוד: לפי דוח זה, אירן צוברת ניסיון חשוב, רלוונטי להחלטה לפרוץ לפצצה, בנוגע להעשרה ישירה לרמה גבוהה תוך ויתור על שלבי ביניים. מעבר לכך, הפיקוח של סבא"א, שצומצם מאוד בשטח, וחוסר הנכונות של טהרן להשיב לשאלות לגבי הסוגיות הפתוחות בינה לבין הסוכנות, מקשים על המעקב אחר הסטה אפשרית של חומר מועשר. דובר הוועדה האירנית לאנרגיה גרעינית תקף את דוח סבא"א האחרון באומרו, כי מדובר בחזרה מונעת מאינטרסים פוליטיים על אירועים קודמים, בעקבות לחצים שמפעילות מדינות ובראשן ישראל.
סוגיית חקירות סבא"א היא סלע מחלוקת מהותי. סוגיה זאת וההד הפומבי שלה, מקשים מאוד על ארה"ב ואירן להסכים על הניסוח העמום בנושא, כפי שהופיע בטיוטה האירופית ואשר נועד לאפשר חתימה על ההסכם והתחלת יישומו, תוך דחיית פתרון סוגיית החקירות להמשך. קשה לראות כיצד ניתן לגשר על העמדות המקוטבות של וושינגטון וטהרן לגבי הסוגיה.